| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 1 引言 | 第7-22页 |
| ·马的起源进化 | 第7-10页 |
| ·马属动物的起源与驯化 | 第7-8页 |
| ·西南马的形成、类型和分布 | 第8-9页 |
| ·西南地区矮马 | 第9页 |
| ·西南马研究现状 | 第9-10页 |
| ·线粒体基因组特征与进化速率 | 第10-13页 |
| ·动物mtDNA 基因组的基本特征 | 第10-12页 |
| ·线粒体基因组的各基因的进化速率 | 第12-13页 |
| ·NADH 脱氢酶亚基基因在动物分子遗传学中的研究动态 | 第13-16页 |
| ·线粒体 DNA 在保护生物学中的运用及研究动态 | 第16-19页 |
| ·线粒体 DNA 在建立分子钟的运用及研究动态 | 第19-21页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第21-22页 |
| 2 材料和方法 | 第22-31页 |
| ·实验材料 | 第22-24页 |
| ·材料来源 | 第22页 |
| ·实验仪器设备 | 第22-23页 |
| ·主要实验试剂及工具酶 | 第23页 |
| ·主要试剂和溶液的配制 | 第23-24页 |
| ·实验方法 | 第24-31页 |
| ·DNA 的提取与分离 | 第24-25页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳检测 DNA | 第25-26页 |
| ·分光光度法检测 DNA | 第26页 |
| ·DNA 扩增及其扩增产物的琼脂糖检测 | 第26-28页 |
| ·聚丙烯酰胺凝胶的制备、电泳、染色和图象分析 | 第28-29页 |
| ·马mtDNA 各位点 PCR 产物纯化回收以及测序 | 第29-30页 |
| ·统计分析 | 第30-31页 |
| 3 结果与分析 | 第31-56页 |
| ·马基因组 DNA 提取与检测 | 第31-32页 |
| ·马线粒体 DNA ND4 基因（上游）PCR-SSCP 结果和序列分析 | 第32-35页 |
| ·ND4 亚基上游PCR 扩增结果 | 第32页 |
| ·ND4 亚基上游PCR-SSCP 分析 | 第32页 |
| ·ND4 亚基上游序列分析 | 第32-35页 |
| ·马线粒体 DNA 的ND4 基因（下游）PCR-SSCP 结果和序列分析 | 第35-40页 |
| ·ND4 亚基下游 PCR 扩增结果 | 第35-36页 |
| ·ND4 亚基下游PCR-SSCP 分析 | 第36页 |
| ·ND4 亚基下游序列分析 | 第36-40页 |
| ·马线粒体 DNA 的ND4L 基因PCR-SSCP 结果和序列分析 | 第40-44页 |
| ·ND4L 基因PCR 扩增结果 | 第40-41页 |
| ·ND4L 基因PCR-SSCP 分析 | 第41页 |
| ·ND4L 基因序列分析 | 第41-44页 |
| ·马线粒体 DNA 的 ND3 和 Ctyb 基因 PCR-SSCP 结果和序列分析 | 第44-49页 |
| ·ND3 基因PCR-SSCP 结果 | 第44-45页 |
| ·Ctyb 基因PCR-SSCP 结果 | 第45-49页 |
| ·MT2、MT3 和MT4 三对引物所扩增片断单倍型分布 | 第49-50页 |
| ·西南马品种遗传结构分析 | 第50-56页 |
| ·ND4 基因序列单倍型分析 | 第50-51页 |
| ·种群遗传多样性、品种间 DNA 差异 | 第51-53页 |
| ·群体间的遗传分化和遗传距离 | 第53-54页 |
| ·系统进化树 | 第54-56页 |
| 4 讨论 | 第56-61页 |
| ·关于实验方法 | 第56-57页 |
| ·基因组 DNA 的提取 | 第56页 |
| ·PCR 扩增条件摸索 | 第56-57页 |
| ·PCR-SSCP 条件摸索 | 第57页 |
| ·ND4 基因作为分子遗传标记在马系统发育关系研究中的探讨 | 第57页 |
| ·NADH 脱氢酶亚基基因密码子使用偏倚和碱基替换模式 | 第57-58页 |
| ·ND3 和 ctyb 基因部分片断的多态分析 | 第58页 |
| ·中国西南马 mtDNA 遗传多样性和种群遗传结构 | 第58-59页 |
| ·保护和管理建议 | 第59页 |
| ·需要进一步研究和解决的问题 | 第59-61页 |
| 5 结论 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-68页 |
| 作者简介 | 第68页 |
