纳米颗粒与环境水结构对蛋白质构象影响的分子动力学模拟研究
| 目录 | 第1-10页 |
| 摘要 | 第10-13页 |
| ABSTRACT | 第13-16页 |
| 第一章 序言 | 第16-42页 |
| ·蛋白质组分与结构 | 第17-26页 |
| ·蛋白质的发现 | 第17页 |
| ·氨基酸 | 第17-20页 |
| ·肽键 | 第20-22页 |
| ·蛋白质结构 | 第22-24页 |
| ·蛋白质结构数据库 | 第24-26页 |
| ·蛋白质结构中的物理学问题 | 第26-32页 |
| ·蛋白质折叠 | 第26-30页 |
| ·蛋白质与蛋白质或其它分子间相互作用 | 第30-31页 |
| ·水分子的角色 | 第31-32页 |
| ·蛋白质构象的研究方法 | 第32-38页 |
| ·实验研究方法 | 第32-35页 |
| ·计算机模拟方法 | 第35-38页 |
| ·本论文主要内容 | 第38-42页 |
| 第二章 有序水对蛋白质折叠的影响 | 第42-54页 |
| ·引言 | 第42-43页 |
| ·蛋白质分子的类Go模型 | 第43-44页 |
| ·局限空间与有序水描述 | 第44-45页 |
| ·折叠轨迹与自由能 | 第45-47页 |
| ·折叠态的稳定性 | 第47-49页 |
| ·折叠速率 | 第49-51页 |
| ·小结 | 第51-54页 |
| 第三章 蛋白质折叠的玻璃化转变 | 第54-68页 |
| ·引言 | 第54-56页 |
| ·去溶剂效应模型 | 第56-58页 |
| ·自由能与协同性 | 第58-59页 |
| ·不同温度下的去溶剂过程 | 第59-61页 |
| ·水分子在蛋白质内的冻结与玻璃化转变 | 第61-66页 |
| ·小结 | 第66-68页 |
| 第四章 蛋白质部分折叠 | 第68-82页 |
| ·引言 | 第68-69页 |
| ·分子系统与模拟参数 | 第69-71页 |
| ·正确折叠过程 | 第71-74页 |
| ·错误折叠态 | 第74-76页 |
| ·构象集团分析 | 第76-77页 |
| ·系统能量变化 | 第77-79页 |
| ·小结 | 第79-82页 |
| 第五章 疏水纳米颗粒导致的蛋白质构象转变 | 第82-102页 |
| ·引言 | 第82-84页 |
| ·分子系统与模拟参数 | 第84-87页 |
| ·蛋白质与碳纳米管结合模拟 | 第84-87页 |
| ·蛋白质-碳纳米管复合物与蛋白配体相互作用 | 第87页 |
| ·蛋白结构域YAP65WW-单壁碳纳米管复合物 | 第87-93页 |
| ·复合物结构 | 第87-88页 |
| ·复合物的形成过程 | 第88-91页 |
| ·复合物与YAP65WW配体的相互作用 | 第91-93页 |
| ·蛋白结构域YJQ8WW-单壁碳纳米管复合物 | 第93-96页 |
| ·复合物结构 | 第93-94页 |
| ·复合物的形成过程 | 第94-96页 |
| ·其它蛋白质-纳米颗粒复合物 | 第96-97页 |
| ·蛋白质碳纳米管结合位点分析 | 第97-99页 |
| ·小结 | 第99-102页 |
| 第六章 纳米颗粒与配体竞争靶蛋白结合位点 | 第102-112页 |
| ·引言 | 第102-103页 |
| ·分子系统与模拟参数 | 第103-104页 |
| ·三体的复合结构 | 第104-106页 |
| ·三体的结合过程 | 第106-109页 |
| ·小结 | 第109-112页 |
| 第七章 总结与展望 | 第112-118页 |
| 附录A 蛋白质内部及周围的基本相互作用 | 第118-126页 |
| A.1 共价键相互作用 | 第118-119页 |
| A.2 范德瓦耳斯相互作用 | 第119-120页 |
| A.3 氢键 | 第120-121页 |
| A.4 疏水作用 | 第121-123页 |
| A.5 库仑相互作用 | 第123-124页 |
| A.6 其他相互作用 | 第124-126页 |
| 附录B 模型与方法 | 第126-132页 |
| B.1 分子动力学 | 第126-127页 |
| B.2 Langevin动力学 | 第127-128页 |
| B.3 多步直方图方法 | 第128页 |
| B.4 构象主元素分析法 | 第128-129页 |
| B.5 构象聚类法 | 第129-132页 |
| 参考文献 | 第132-162页 |
| 论文列表 | 第162-164页 |
| 致谢 | 第164-166页 |
