| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第12-19页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-13页 |
| 1.2 研究的目的及意义 | 第13页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第13-17页 |
| 1.3.1 基于哈希索引的比对算法 | 第13-15页 |
| 1.3.2 基于前缀/后缀索引的比对算法 | 第15-17页 |
| 1.4 本文主要研究内容 | 第17-18页 |
| 1.4.1 面向中长序列比对算法索引结构的研究及改进 | 第17页 |
| 1.4.2 找最佳模式下种子选取及候选位置过滤的研究 | 第17-18页 |
| 1.4.3 比对系统的实现 | 第18页 |
| 1.5 论文组织结构 | 第18-19页 |
| 第二章 高通量测序序列比对相关介绍 | 第19-30页 |
| 2.1 引言 | 第19页 |
| 2.2 高通量测序平台 | 第19-23页 |
| 2.2.1Roche454 | 第19-20页 |
| 2.2.2 Illumina | 第20-21页 |
| 2.2.3 SOLiD | 第21-22页 |
| 2.2.4 PacBioRSII第三代测序 | 第22-23页 |
| 2.3 序列比对中使用和生成的数据格式 | 第23-25页 |
| 2.3.1 FASTA/FASTQ格式 | 第23-24页 |
| 2.3.2 SAM格式 | 第24-25页 |
| 2.4 序列比对的定义与基本方法 | 第25-28页 |
| 2.4.1 精确匹配 | 第25-27页 |
| 2.4.2 近似匹配 | 第27-28页 |
| 2.5 序列比对算法的评价标准 | 第28-29页 |
| 2.6 本章小结 | 第29-30页 |
| 第三章 面向中长序列比对算法的索引结构研究及改进 | 第30-43页 |
| 3.1 引言 | 第30页 |
| 3.2 基于Burrows-WheelerTransform(BWT)索引结构的搜索算法 | 第30-34页 |
| 3.2.1 BWT的基本原理 | 第30-32页 |
| 3.2.2 基于BWT的FM-Index搜索算法 | 第32-34页 |
| 3.3 改进的索引结构设计与算法 | 第34-39页 |
| 3.3.1 改进的索引结构总体设计 | 第34-36页 |
| 3.3.2 改进的索引结构定位算法 | 第36-39页 |
| 3.3.3 改进的索引结构算法性能分析 | 第39页 |
| 3.4 实验结果与讨论 | 第39-42页 |
| 3.5 本章小结 | 第42-43页 |
| 第四章 找最佳模式下种子选取及候选位置过滤的研究 | 第43-52页 |
| 4.1 引言 | 第43页 |
| 4.2 种子选取及候选位置过滤的研究 | 第43-44页 |
| 4.2.1 固定长度种子的选取及过滤 | 第43-44页 |
| 4.2.2 可变长度种子的选取及过滤 | 第44页 |
| 4.3 找最佳模式下种子选取及候选位置过滤算法 | 第44-48页 |
| 4.3.1 种子的选取 | 第44-46页 |
| 4.3.2 最优覆盖链接算法 | 第46-48页 |
| 4.4 比对系统的整体流程与实现 | 第48-49页 |
| 4.5 系统测试 | 第49-51页 |
| 4.6 本章小结 | 第51-52页 |
| 第五章 总结与展望 | 第52-54页 |
| 5.1 本文工作总结 | 第52-53页 |
| 5.2 后续工作展望 | 第53-54页 |
| 附录一 基于改进索引结构的分块定位算法伪代码 | 第54-56页 |
| 附录二 软件参数设置 | 第56-57页 |
| 附录三 部分核心代码 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 在学期间的研究成果及学术论文情况 | 第64页 |
