| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一节 引言 | 第10-19页 |
| 1.1 艾滋病概述 | 第10-12页 |
| 1.2 HIV的CD4依赖性侵染和CD4非依赖性侵染 | 第12-14页 |
| 1.3 蛋白质的结构、动力学以及解折叠 | 第14-16页 |
| 1.4 本文所涉及的模拟方法介绍 | 第16-19页 |
| 1.4.1 同源模建 | 第16-17页 |
| 1.4.2 分子动力学模拟 | 第17-19页 |
| 第二节 材料与方法 | 第19-23页 |
| 2.1 gp120结构模型的同源模建 | 第19-20页 |
| 2.2 模型评估 | 第20-21页 |
| 2.3 分子动力学模拟 | 第21-23页 |
| 第三节 结果 | 第23-44页 |
| 3.1 结构模型描述 | 第23-25页 |
| 3.2 全局结构波动 | 第25-27页 |
| 3.3 结构或几何性质 | 第27-29页 |
| 3.4 二级结构 | 第29-34页 |
| 3.5 解折叠的路径 | 第34-36页 |
| 3.6 本质动力学 | 第36-41页 |
| 3.7 结构柔性 | 第41-44页 |
| 第四节 结论 | 第44-46页 |
| 附录动力学模拟过程中所用的mdp文件参数 | 第46-52页 |
| 参考文献 | 第52-59页 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |