基于混合化学反应优化算法的序列比对研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第14-20页 |
| 1.1 课题研究背景和意义 | 第14-15页 |
| 1.2 课题研究现状 | 第15-19页 |
| 1.2.1 序列比对算法的研究现状 | 第15-18页 |
| 1.2.2 化学反应优化方法的研究现状 | 第18-19页 |
| 1.3 本文的主要工作及结构组织 | 第19-20页 |
| 1.3.1 本文的主要工作 | 第19页 |
| 1.3.2 本文结构 | 第19-20页 |
| 第2章 序列比对问题的概述 | 第20-30页 |
| 2.1 序列比对的基本知识 | 第20-24页 |
| 2.1.1 相关定义 | 第20-21页 |
| 2.1.2 相似性得分矩阵 | 第21-22页 |
| 2.1.3 空位罚分 | 第22-23页 |
| 2.1.4 目标函数 | 第23-24页 |
| 2.2 序列比对问题的数学模型 | 第24-25页 |
| 2.3 现有的序列比对算法 | 第25-29页 |
| 2.3.1 基于动态规划的序列比对算法 | 第25-27页 |
| 2.3.2 基于启发式算法的双序列比对 | 第27-28页 |
| 2.3.3 基于迭代策略的序列比对算法 | 第28-29页 |
| 2.4 小结 | 第29-30页 |
| 第3章 化学反应优化 | 第30-40页 |
| 3.1 基本理论 | 第30-32页 |
| 3.1.1 势能表面PES | 第30-31页 |
| 3.1.2 操作对象及其属性 | 第31-32页 |
| 3.1.3 基本思想 | 第32页 |
| 3.2 分子的四种碰撞 | 第32-37页 |
| 3.2.1 撞墙无损碰撞 | 第33-34页 |
| 3.2.2 分解碰撞 | 第34页 |
| 3.2.3 分子间无损碰撞 | 第34-36页 |
| 3.2.4 合成碰撞 | 第36-37页 |
| 3.3 算法流程 | 第37-39页 |
| 3.3.1 初始化阶段 | 第38页 |
| 3.3.2 迭代过程 | 第38-39页 |
| 3.3.3 最终阶段 | 第39页 |
| 3.4 小结 | 第39-40页 |
| 第4章 基于混合CRO的双序列比对算法 | 第40-56页 |
| 4.1 模拟退火算法 | 第40-42页 |
| 4.1.1 模拟退火算法概述 | 第40-41页 |
| 4.1.2 模拟退火算法的基本步骤 | 第41-42页 |
| 4.2 基于混合CRO的双序列比对算法设计 | 第42-47页 |
| 4.2.1 算法参数控制 | 第42页 |
| 4.2.2 分子结构编码 | 第42-43页 |
| 4.2.3 初始化群体阶段 | 第43-44页 |
| 4.2.4 目标函数 | 第44页 |
| 4.2.5 分子碰撞操作 | 第44-47页 |
| 4.2.6 结合退火操作的群体更新 | 第47页 |
| 4.2.7 算法终止条件 | 第47页 |
| 4.3 本文算法流程 | 第47-50页 |
| 4.3.1 基本流程 | 第47-50页 |
| 4.3.2 时间复杂度分析 | 第50页 |
| 4.4 实验与结果分析 | 第50-55页 |
| 4.4.1 参数设置 | 第50-51页 |
| 4.4.2 实验数据来源 | 第51页 |
| 4.4.3 算法的实现 | 第51-55页 |
| 4.5 小结 | 第55-56页 |
| 第5章 序列比对的并行CRO模型设计 | 第56-67页 |
| 5.1 并行计算 | 第56-57页 |
| 5.2 并行CRO模型比较 | 第57-60页 |
| 5.2.1 主从式模型 | 第57-58页 |
| 5.2.2 粗粒度模型 | 第58-60页 |
| 5.2.3 细粒度模型 | 第60页 |
| 5.3 序列比对的并行CRO模型设计 | 第60-64页 |
| 5.3.1 解空间的划分 | 第60-61页 |
| 5.3.2 通信拓扑 | 第61-62页 |
| 5.3.3 并行策略 | 第62-64页 |
| 5.4 可行性分析及验证 | 第64-66页 |
| 5.4.1 可行性分析 | 第64-65页 |
| 5.4.2 实验验证 | 第65-66页 |
| 5.5 小结 | 第66-67页 |
| 结论 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-73页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的学术论文 | 第73-74页 |
| 附录B 攻读学位期间所参与的项目 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
