| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 1 前言 | 第12-18页 |
| 1.1 宜兴地区茶树群体种研究进展 | 第12页 |
| 1.2 茶叶PPO研究进展 | 第12-15页 |
| 1.2.1 PPO在茶叶加工中的应用 | 第13页 |
| 1.2.2 PPO的生化性质研究 | 第13页 |
| 1.2.3 PPO的蛋白分子结构研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2.4 茶树PPO基因克隆研究进展 | 第14-15页 |
| 1.3 SNP标记及其关联分析 | 第15页 |
| 1.4 基于不同基因的茶树品种鉴别 | 第15-16页 |
| 1.5 适应性进化研究进展 | 第16页 |
| 1.6 本研究的目的及意义 | 第16-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-28页 |
| 2.1 材料与试剂 | 第18-21页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第18-19页 |
| 2.1.2 菌种及载体 | 第19页 |
| 2.1.3 实验所用生化试剂 | 第19-20页 |
| 2.1.4 实验所用仪器 | 第20页 |
| 2.1.5 分析软件及网站 | 第20-21页 |
| 2.2 实验方法 | 第21-25页 |
| 2.2.1 茶树品种物候期调查与生化成分测定 | 第21页 |
| 2.2.2 植物基因组DNA的提取 | 第21-22页 |
| 2.2.3 引物设计 | 第22页 |
| 2.2.4 PCR扩增与检测 | 第22页 |
| 2.2.5 电泳检测 | 第22-23页 |
| 2.2.6 PCR产物胶回收 | 第23页 |
| 2.2.7 PCR产物的连接与克隆测序 | 第23页 |
| 2.2.8 制备大肠杆菌感受态细胞 | 第23-24页 |
| 2.2.9 PCR产物连接产物的转化 | 第24页 |
| 2.2.10 阳性克隆子的鉴定 | 第24-25页 |
| 2.3 数据分析与软件运用 | 第25-28页 |
| 2.3.1 基因全长的序列分析 | 第25页 |
| 2.3.2 蛋白质结构及其功能预测 | 第25页 |
| 2.3.3 单核苷酸多态性分析与种群间遗传分化 | 第25-26页 |
| 2.3.4 密码子偏性分析 | 第26页 |
| 2.3.5 构建系统进化树 | 第26页 |
| 2.3.6 适应性进化检测 | 第26-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-69页 |
| 3.1 不同茶树品种物候期调查及主要生化成分测量 | 第28-30页 |
| 3.2 宜兴茶树群体品种酚氨比 | 第30页 |
| 3.3 不同茶树品种总DNA的提取 | 第30-31页 |
| 3.4 不同茶树品种PPO基因扩增及序列分析 | 第31-47页 |
| 3.4.1 茶树PPO基因扩增、克隆及序列分析 | 第31-32页 |
| 3.4.2 单核苷酸多态性分析 | 第32-36页 |
| 3.4.3 茶树PPO基因种群间遗传分化 | 第36页 |
| 3.4.4 茶树品种PPO基因密码子偏性分析 | 第36-39页 |
| 3.4.5 茶树品种PPO基因密码子使用相对概率 | 第39-41页 |
| 3.4.6 茶多酚含量与SNP位点关联性分析 | 第41-42页 |
| 3.4.7 基于PPO基因SNP位点鉴别不同品种 | 第42-47页 |
| 3.5 蛋白质结构预测及其结构功能域分析 | 第47-53页 |
| 3.5.1 白叶1号二级结构预测 | 第47-50页 |
| 3.5.2 茶树PPO基因蛋白结构功能域分析 | 第50页 |
| 3.5.3 蛋白质理化性质、亲/疏水性及跨膜结构的分析 | 第50-51页 |
| 3.5.4 白叶1号PPO基因蛋白信号肽预测 | 第51-52页 |
| 3.5.5 白叶1号三级结构预测 | 第52-53页 |
| 3.6 茶树品种PPO基因的系统进化和遗传距离分析 | 第53-69页 |
| 3.6.1 不同茶树品种遗传距离分析 | 第53页 |
| 3.6.2 茶树品种PPO基因的替换饱和性分析 | 第53-54页 |
| 3.6.3 基于不同茶树品种PPO基因编码序列的系统进化分析 | 第54-55页 |
| 3.6.4 不同茶树品种ML进化树构建 | 第55-56页 |
| 3.6.5 茶树PPO基因选择压力检测结果 | 第56-64页 |
| 3.6.6 选择压力结果在二级结构中的定位 | 第64-68页 |
| 3.6.7 选择压力结果在三级结构中的定位 | 第68-69页 |
| 4.讨论 | 第69-72页 |
| 4.1 宜兴茶树群体优良品种初步筛选及其适制性讨论 | 第69页 |
| 4.2 单核苷酸多态性分析 | 第69页 |
| 4.3 密码子偏性及密码子使用相对概率讨论 | 第69-70页 |
| 4.4 茶多酚含量与SNP位点关联性分析 | 第70页 |
| 4.5 利用PPO基因SNP位点鉴别不同品种 | 第70页 |
| 4.6 蛋白质结构预测及其结构功能域分析 | 第70-71页 |
| 4.7 不同茶树品种进化关系讨论 | 第71-72页 |
| 5.结论与展望 | 第72-74页 |
| 5.1 结论 | 第72-73页 |
| 5.2 展望 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-77页 |
| 附录 | 第77-83页 |
| 附录1 | 第77-79页 |
| 附录2 | 第79-83页 |
| 作者简介 | 第83-84页 |
| 导师简介 | 第84-85页 |
| 获得成果目录 | 第85-86页 |
| 致谢 | 第86页 |
