跨膜蛋白自组装机理的研究
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第16-34页 |
| 1.1 RAGE、C99介绍 | 第16-28页 |
| 1.1.1 膜蛋白简介 | 第16-19页 |
| 1.1.2 RAGE简介 | 第19-23页 |
| 1.1.3 C99蛋白简介 | 第23-28页 |
| 1.2 粗粒化分子动力学模拟介绍 | 第28-30页 |
| 1.2.1 分子动力学模拟简介 | 第28页 |
| 1.2.2 动力学模拟软件介绍 | 第28-29页 |
| 1.2.3 Martini粗粒化力场 | 第29-30页 |
| 1.3 检测螺旋间相互作用的实验方法 | 第30-31页 |
| 1.3.1 SDS-PAGE | 第30页 |
| 1.3.2 FRET(荧光共振能量转移) | 第30页 |
| 1.3.3 TOXCAT | 第30-31页 |
| 1.4 设计思路和研究内容 | 第31-34页 |
| 1.4.1 实验意义 | 第31-32页 |
| 1.4.2 实验内容 | 第32页 |
| 1.4.3 实验方法 | 第32-34页 |
| 第二章 TOXCAT实验研究 | 第34-48页 |
| 2.1 引言 | 第34页 |
| 2.2 实验材料与仪器 | 第34-35页 |
| 2.2.1 实验仪器 | 第34-35页 |
| 2.2.2 实验材料 | 第35页 |
| 2.3 TOXCAT实验方法 | 第35-42页 |
| 2.3.1 设计引物 | 第36页 |
| 2.3.2 PCR实验 | 第36-37页 |
| 2.3.3 提取全长质粒 | 第37页 |
| 2.3.4 酶切 | 第37-38页 |
| 2.3.5 酶连 | 第38-39页 |
| 2.3.6 MM39感受态细胞的制备 | 第39页 |
| 2.3.7 琼脂糖凝胶电泳 | 第39-40页 |
| 2.3.8 热转化及验证实验 | 第40-41页 |
| 2.3.9 二聚活性定量 | 第41-42页 |
| 2.4 实验结果及讨论 | 第42-48页 |
| 2.4.1 浓度及纯度测定 | 第43页 |
| 2.4.2 PCR实验结果 | 第43页 |
| 2.4.3 酶切实验结果 | 第43-44页 |
| 2.4.4 单菌落培养 | 第44-45页 |
| 2.4.5 菌液PCR结果 | 第45-46页 |
| 2.4.6 测序结果 | 第46页 |
| 2.4.7 TOXCAT活性测定 | 第46-48页 |
| 第三章 粗粒化模拟研究 | 第48-58页 |
| 3.1 引言 | 第48页 |
| 3.2 实验材料与仪器 | 第48-49页 |
| 3.3 实验方法 | 第49-58页 |
| 3.3.1 模拟过程 | 第49-55页 |
| 3.3.2 后期数据处理 | 第55-58页 |
| 第四章 RAGE模拟结果与讨论 | 第58-74页 |
| 4.1 RAGE跨膜TM区域二聚分析 | 第58-62页 |
| 4.1.1 主链距离(bdist图) | 第58页 |
| 4.1.2 二面角(angle)图 | 第58-60页 |
| 4.1.3 sdist频率图 | 第60-61页 |
| 4.1.4 残基接触图 | 第61-62页 |
| 4.2 各个单点突变与野生型对比研究 | 第62-68页 |
| 4.2.1 单突变bdist图 | 第63页 |
| 4.2.2 单突变angle图 | 第63-64页 |
| 4.2.3 空间分布图 | 第64-66页 |
| 4.2.4 突变型残基接触图 | 第66-67页 |
| 4.2.5 残基最小距离图 | 第67-68页 |
| 4.3 加入CYTO、PR区域在二聚中的作用 | 第68-74页 |
| 4.3.1 PR-TM-CYTO | 第68-70页 |
| 4.3.2 PR-TM | 第70-71页 |
| 4.3.3 TM-CYTO | 第71-74页 |
| 第五章 C99模拟结果与讨论 | 第74-98页 |
| 5.1 C99二聚 | 第74-79页 |
| 5.1.1 二聚的构象 | 第74-76页 |
| 5.1.2 二聚构象的接触模式 | 第76-79页 |
| 5.2 C99单链与胆固醇 | 第79-89页 |
| 5.2.1 相互作用的方式 | 第79-85页 |
| 5.2.2 相互作用的机理 | 第85-87页 |
| 5.2.3 胆固醇结合的影响因素 | 第87-89页 |
| 5.3 胆固醇中C99二聚 | 第89-94页 |
| 5.3.1 300K温度下 | 第89-93页 |
| 5.3.2 323K温度下 | 第93-94页 |
| 5.4 C99双链与胆固醇作用 | 第94-98页 |
| 第六章 结论与展望 | 第98-100页 |
| 6.1 RAGE小结 | 第98-99页 |
| 6.2 C99小结 | 第99页 |
| 6.3 展望 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-108页 |
| 附录 | 第108-110页 |
| 致谢 | 第110-112页 |
| 研究成果及发表论文 | 第112-114页 |
| 作者和导师介绍 | 第114-115页 |
| 附件 | 第115-116页 |
