| 摘要 | 第3-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第一章 绪论 | 第17-24页 |
| 1.1 研究背景 | 第17-23页 |
| 1.1.1 基因组k-mer的研究 | 第17-19页 |
| 1.1.2 核小体结构及定位特征 | 第19-22页 |
| 1.1.3 CpG岛序列的研究 | 第22-23页 |
| 1.2 论文结构 | 第23-24页 |
| 第二章 人类基因组8-mer频谱的内在规律 | 第24-36页 |
| 2.1 人类基因组序列数据集 | 第24页 |
| 2.2 研究方法 | 第24-26页 |
| 2.2.1 8-mer频谱 | 第24-25页 |
| 2.2.2 8-mer按照二核苷成分分类 | 第25页 |
| 2.2.3 -mer频谱的平均值和标准差 | 第25页 |
| 2.2.4 三种XY类8-mer频谱的位置分离度和保守性 | 第25-26页 |
| 2.3 人类基因组序列8-mer频谱 | 第26-27页 |
| 2.4 独立选择定律 | 第27-30页 |
| 2.5 验证基因组独立选择定律 | 第30-36页 |
| 第三章 CG类模体生物功能的理论猜想及验证 | 第36-48页 |
| 3.1 数据集 | 第36-37页 |
| 3.1.1 核小体占据序列数据集 | 第36-37页 |
| 3.1.2 CpG岛序列的选取 | 第37页 |
| 3.2 研究方法 | 第37-39页 |
| 3.2.1 8-mer子集中m核苷的相对频率 | 第37页 |
| 3.2.2 序列特征参数的构建 | 第37-38页 |
| 3.2.3 ROC检验方法 | 第38-39页 |
| 3.3 CG类模体生物功能的理论猜想 | 第39页 |
| 3.4 CG类模体信息的特征 | 第39-41页 |
| 3.5 理论猜想在核小体结合序列上的验证 | 第41-43页 |
| 3.6 理论猜想在CpG岛序列上的验证 | 第43页 |
| 3.7 核小体结合模体的序列模式 | 第43-45页 |
| 3.8 总结 | 第45-48页 |
| 第四章 核小体占据序列特征分析 | 第48-57页 |
| 4.1 数据集 | 第48页 |
| 4.2 研究方法 | 第48-50页 |
| 4.2.1 k-mer频率 | 第48-49页 |
| 4.2.2 G+C含量与CG二核苷相对丰度 | 第49页 |
| 4.2.3 k-mer频数分布 | 第49页 |
| 4.2.4 二核苷酸位置分布 | 第49-50页 |
| 4.3 核小体占据序列中的偏好模体 | 第50-53页 |
| 4.4 核小体占据序列中k-mer频数分布特征 | 第53-54页 |
| 4.5 二核苷酸位置分布特征 | 第54-55页 |
| 4.6 核小体占据序列8-mer相对模体数分布 | 第55-56页 |
| 4.7 总结 | 第56-57页 |
| 第五章 人和小鼠核小体占据序列含CG模体对距离保守性分析 | 第57-61页 |
| 5.1 数据集 | 第57-58页 |
| 5.1.1 人类核小体占据序列与缺乏序列数据集 | 第57页 |
| 5.1.2 小鼠核小体占据序列与缺乏序列数据集 | 第57-58页 |
| 5.1.3 约化后的含CG类8-mer集合 | 第58页 |
| 5.2 研究方法 | 第58-59页 |
| 5.2.1 模体对的平均距离 | 第58页 |
| 5.2.2 物种间距离差值均值和方差差值均值 | 第58-59页 |
| 5.3 含CG二核苷8-mer对距离保守性检验 | 第59-61页 |
| 第六章 总结与展望 | 第61-64页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第61-62页 |
| 6.2 工作展望 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-78页 |
| 附录1 | 第78-88页 |
| 附录2 | 第88-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的学术论文 | 第91页 |