| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-20页 |
| 1.1 产气荚膜梭菌概述 | 第11-12页 |
| 1.2 生物被膜研究进展 | 第12-17页 |
| 1.2.1 生物被膜的结构 | 第12页 |
| 1.2.2 生物被膜的形成过程 | 第12-13页 |
| 1.2.3 影响生物被膜形成的因素 | 第13-14页 |
| 1.2.4 生物被膜形成调控机制 | 第14-16页 |
| 1.2.5 生物被膜的耐药性及其机制 | 第16-17页 |
| 1.2.6 生物被膜的防治方法 | 第17页 |
| 1.3 转录组测序技术 | 第17-18页 |
| 1.4 蛋白质组学技术 | 第18-20页 |
| 第二章 产气荚膜梭菌生物被膜的形态观察 | 第20-24页 |
| 2.1 材料 | 第20-21页 |
| 2.1.1 菌种 | 第20页 |
| 2.1.2 主要试剂和用品 | 第20页 |
| 2.1.3 仪器设备 | 第20-21页 |
| 2.2 方法 | 第21页 |
| 2.2.1 普通光学显微镜观察产气荚膜梭菌生物被膜 | 第21页 |
| 2.2.2 扫描电镜观察产气荚膜梭菌生物被膜 | 第21页 |
| 2.3 结果与分析 | 第21-23页 |
| 2.3.1 普通光学显微镜观察产气荚膜梭菌生物被膜 | 第21-22页 |
| 2.3.2 扫描电镜观察产气荚膜梭菌生物被膜 | 第22-23页 |
| 2.4 讨论 | 第23-24页 |
| 第三章 产气荚膜梭菌生物被膜转录组测序与分析 | 第24-46页 |
| 3.1 材料 | 第24-25页 |
| 3.1.1 主要试剂 | 第24页 |
| 3.1.2 仪器设备 | 第24页 |
| 3.1.3 主要软件 | 第24-25页 |
| 3.2 方法 | 第25-28页 |
| 3.2.1 产气荚膜梭菌生物被膜的收集 | 第25页 |
| 3.2.2 总RNA的提取 | 第25页 |
| 3.2.3 RNA完整性、纯度及浓度检测 | 第25页 |
| 3.2.4 文库构建 | 第25-26页 |
| 3.2.5 库检及RNA测序 | 第26页 |
| 3.2.6 测序数据质量评估 | 第26页 |
| 3.2.7 Reads与参考基因组比对 | 第26页 |
| 3.2.8 基因表达水平分析 | 第26页 |
| 3.2.9 差异基因表达分析 | 第26页 |
| 3.2.10 差异基因GO富集分析 | 第26-27页 |
| 3.2.11 差异基因KEGG富集分析 | 第27页 |
| 3.2.12 差异基因的实时荧光定量PCR验证 | 第27-28页 |
| 3.3 结果与分析 | 第28-43页 |
| 3.3.1 测序数据质量评估 | 第28-31页 |
| 3.3.2 Reads与参考基因组比对 | 第31页 |
| 3.3.3 基因表达水平分析 | 第31-32页 |
| 3.3.4 差异基因表达分析 | 第32-33页 |
| 3.3.5 差异基因GO富集分析 | 第33-35页 |
| 3.3.6 差异基因KEGG富集分析 | 第35-40页 |
| 3.3.7 差异基因的实时荧光定量PCR验证 | 第40-43页 |
| 3.4 讨论 | 第43-46页 |
| 第四章 产气荚膜梭菌生物被膜蛋白质组学分析 | 第46-67页 |
| 4.1 材料 | 第46-47页 |
| 4.1.1 主要试剂 | 第46页 |
| 4.1.2 仪器设备 | 第46-47页 |
| 4.2 方法 | 第47-53页 |
| 4.2.1 蛋白提取 | 第47-48页 |
| 4.2.2 蛋白质的Bradford定量 | 第48页 |
| 4.2.3 蛋白质检测 | 第48页 |
| 4.2.4 酶切和除盐 | 第48-49页 |
| 4.2.5 iTRAQ标记 | 第49页 |
| 4.2.6 HighpHC18分组分 | 第49-50页 |
| 4.2.7 LC-MS/MS质谱检测 | 第50页 |
| 4.2.8 生物信息学分析 | 第50-52页 |
| 4.2.9 转录组与蛋白质组关联分析 | 第52-53页 |
| 4.3 结果与分析 | 第53-65页 |
| 4.3.1 数据质控 | 第53-56页 |
| 4.3.2 差异蛋白分析 | 第56页 |
| 4.3.3 GO富集分析 | 第56-57页 |
| 4.3.4 KEGG富集分析 | 第57-60页 |
| 4.3.5 转录组和蛋白质组关联分析 | 第60-65页 |
| 4.4 讨论 | 第65-67页 |
| 第五章 结论与展望 | 第67-69页 |
| 5.1 结论 | 第67-68页 |
| 5.2 创新点 | 第68页 |
| 5.3 展望 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 作者简介 | 第76-77页 |