| 缩略语表 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-14页 |
| 第二章 铜绿假单胞菌 PA1 及其噬菌体 PaP1 一般生物学特性的补充研究 | 第14-29页 |
| 2.1 铜绿假单胞菌 PA1 的一般生物学特性 | 第14-20页 |
| 2.2 噬菌体 PaP1 的一般生物学特性 | 第20-29页 |
| 第三章 噬菌体 PaP1 基因组的测序与末端的鉴定 | 第29-46页 |
| 3.1 噬菌体 PaP1 的基因组测序 | 第29-33页 |
| 3.2 噬菌体 PaP1 基因组末端位置的推定 | 第33-39页 |
| 3.3 噬菌体 PaP1 基因组末端冗余的鉴定 | 第39-46页 |
| 第四章 噬菌体 PaP1 的基因组学研究：建立 PaP1 样噬菌体新属 | 第46-78页 |
| 4.1 噬菌体 PaP1 基因组一般特征的分析 | 第46-52页 |
| 4.2 噬菌体 PaP1 基因组的注释 | 第52-66页 |
| 4.3 基于序列的分类学研究：建立 PaP1 样噬菌体新属 | 第66-78页 |
| 第五章 噬菌体 PaP1 结构蛋白的 SDS-PAGE 及质谱鉴定 | 第78-91页 |
| 5.1 噬菌体 PaP1 结构蛋白的 SDS-PAGE | 第78-84页 |
| 5.2 噬菌体 PaP1 结构蛋白的质谱鉴定 | 第84-91页 |
| 第六章 噬菌体 PaP1 难测序之解：发现 EndoⅤ介导的细菌免疫新机制 | 第91-121页 |
| 6.1 噬菌体 PaP1 基因组“鸟枪法”测序失败及其原因推断 | 第91-97页 |
| 6.2 噬菌体 PaP1 基因组 DNA 的 EndoⅤ酶切实验 | 第97-102页 |
| 6.3 大肠杆菌 DH5α EndoⅤ编码基因（nfi）的敲除 | 第102-111页 |
| 6.4 使用 DH5αΔnfi 作为宿主菌重新对 PaP1 进行“鸟枪法”测序 | 第111-114页 |
| 6.5 噬菌体 PaP1 基因组 DNA 中稀有碱基的鉴定 | 第114-121页 |
| 全文总结 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-132页 |
| 文献综述 | 第132-153页 |
| 参考文献 | 第148-153页 |
| 攻读博士学位期间的科研成果 | 第153-154页 |
| 致谢 | 第154页 |
