| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-30页 |
| 1.1 引言 | 第14页 |
| 1.2 植物成花诱导定义 | 第14-15页 |
| 1.3 植物成花诱导调控途径 | 第15-20页 |
| 1.3.1 光周期途径 | 第15-16页 |
| 1.3.2 自主途径 | 第16页 |
| 1.3.3 春化途径 | 第16-17页 |
| 1.3.4 赤霉素途径 | 第17-18页 |
| 1.3.5 年龄途径 | 第18页 |
| 1.3.6 温敏途径 | 第18-19页 |
| 1.3.7 植物成花调控途径的整合 | 第19-20页 |
| 1.4 植物成花诱导调控的影响因素 | 第20-25页 |
| 1.4.1 激素在植物成花诱导中的作用 | 第20-22页 |
| 1.4.2 糖在植物成花诱导中的作用 | 第22-23页 |
| 1.4.3 miRNAs在植物成花诱导中的作用 | 第23-25页 |
| 1.5 IDD转录因子家族基因研究进展 | 第25-27页 |
| 1.5.1 IDD转录因子的结构与类型 | 第25-26页 |
| 1.5.2 IDD转录因子的功能 | 第26-27页 |
| 1.6 苹果成花诱导研究概况 | 第27-28页 |
| 1.7 本研究的目的意义和内容 | 第28-30页 |
| 第二章 苹果花芽孕育阶段基因表达模式分析 | 第30-61页 |
| 2.1 材料和方法 | 第30-31页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第30页 |
| 2.1.2 糖含量及其代谢相关酶活性及激素含量测定 | 第30页 |
| 2.1.3 RNA-seq文库构建及测序分析 | 第30-31页 |
| 2.1.4 基因表达趋势和聚类分析 | 第31页 |
| 2.1.5 RNA提取及qRT-PCR定量验证 | 第31页 |
| 2.2 结果与分析 | 第31-57页 |
| 2.2.1 形态和生理特性变化 | 第31-36页 |
| 2.2.2 芽样本RNA-Seq测序质量 | 第36-37页 |
| 2.2.3 差异表达基因分类、趋势分析及功能注释 | 第37-40页 |
| 2.2.4 糖代谢相关基因筛选及其表达模式分析 | 第40-45页 |
| 2.2.5 激素相关基因筛选及其表达模式分析 | 第45-50页 |
| 2.2.6 成花相关基因筛选及其表达模式分析 | 第50-57页 |
| 2.3 讨论 | 第57-61页 |
| 第三章 苹果全基因组成花相关基因DNA多态性变异分析 | 第61-83页 |
| 3.1 材料和方法 | 第61-62页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第61页 |
| 3.1.2 DNA测序与匹配比对 | 第61页 |
| 3.1.3 SNP、INDEL和SV多态性检测及定位 | 第61-62页 |
| 3.1.4 DNA多态性相关基因的鉴定及其功能分析 | 第62页 |
| 3.1.5 数据分析 | 第62页 |
| 3.2 结果与分析 | 第62-80页 |
| 3.2.1 农艺特性比较 | 第62-63页 |
| 3.2.2 与‘金冠’参考基因组比对分析 | 第63页 |
| 3.2.3 SNPs、SVs和INDELs鉴定和分布 | 第63-68页 |
| 3.2.4 SNPs、SVs和INDELs特征 | 第68-72页 |
| 3.2.5 基因组DNA多态性变异基因注释及功能分析 | 第72-76页 |
| 3.2.6 成花相关基因DNA多态性变异分析 | 第76页 |
| 3.2.7 成花相关基因的表达特性 | 第76-78页 |
| 3.2.8 MdFT2基因启动子克隆及序列分析 | 第78-80页 |
| 3.3 讨论 | 第80-83页 |
| 第四章 拉枝促进苹果花芽孕育的生理分子机制 | 第83-118页 |
| 4.1 材料和方法 | 第83-84页 |
| 4.1.1 植物材料 | 第83页 |
| 4.1.2 树体生长发育及成花相关指标测定 | 第83页 |
| 4.1.3 糖含量、糖代谢相关酶活性及激素含量测定 | 第83页 |
| 4.1.4 RNA-seq文库构建和测序分析 | 第83页 |
| 4.1.5 基因功能注释及表达分析 | 第83-84页 |
| 4.2 结果与分析 | 第84-116页 |
| 4.2.1 树体生长发育及成花相关指标的变化 | 第84-86页 |
| 4.2.2 生理相关指标变化 | 第86-90页 |
| 4.2.3 芽样本RNA-Seq测序质量分析 | 第90-94页 |
| 4.2.4 成花诱导糖代谢相关差异基因鉴定、功能注释及表达分析 | 第94-97页 |
| 4.2.5 激素相关差异基因鉴定、功能注释及表达分析 | 第97-106页 |
| 4.2.6 重要转录因子鉴定、功能注释及表达分析 | 第106-107页 |
| 4.2.7 R基因鉴定、功能注释及表达分析 | 第107-109页 |
| 4.2.8 成花相关基因鉴定、功能注释及表达分析 | 第109-116页 |
| 4.3 讨论 | 第116-118页 |
| 第五章 MiRNAs介导调控拉枝促进苹果花芽孕育的分子机制 | 第118-146页 |
| 5.1 材料和方法 | 第118-119页 |
| 5.1.1 植物材料 | 第118页 |
| 5.1.2 miRNAs和降解组文库的构建和测序分析 | 第118页 |
| 5.1.3 已知和新miRNAs靶基因预测分析 | 第118-119页 |
| 5.1.4 已知和新miRNAs的韦恩分析及其表达模式分析 | 第119页 |
| 5.1.5 qRT-PCR鉴定miRNAs及其靶基因和成花基因表达特性 | 第119页 |
| 5.2 结果与分析 | 第119-142页 |
| 5.2.1 芽样本miRNAs和降解组文库构建 | 第119-122页 |
| 5.2.2 已知miRNAs鉴定及其表达模式分析 | 第122-126页 |
| 5.2.3 Novel miRNAs鉴定及其表达模式分析 | 第126-129页 |
| 5.2.4 已知miRNAs和novel miRNAs靶基因鉴定及功能注释 | 第129-138页 |
| 5.2.5 生长素相关miRNAs及其靶基因qRT-PCR定量验证 | 第138-139页 |
| 5.2.6 脱落酸和赤霉素相关miRNAs及其靶基因qRT-PCR定量验证 | 第139页 |
| 5.2.7 成花调控关键miRNAs及其靶基因qRT-PCR定量验证 | 第139-140页 |
| 5.2.8 苹果花芽孕育相关基因表达模式分析 | 第140-142页 |
| 5.3 讨论 | 第142-146页 |
| 第六章 miRNAs介导果树阶段转变的生理分子机制 | 第146-173页 |
| 6.1 材料和方法 | 第146-148页 |
| 6.1.1 植物材料 | 第146页 |
| 6.1.2 叶片形态及生理特性指标 | 第146-147页 |
| 6.1.3 miRNAs和降解组文库构建 | 第147页 |
| 6.1.4 平邑甜茶已知miRNAs鉴定及novel miRNAs预测 | 第147页 |
| 6.1.5 靶基因预测和鉴定 | 第147-148页 |
| 6.1.6 qRT-PCR验证miRNAs及其靶基因表达特性 | 第148页 |
| 6.2 结果与分析 | 第148-170页 |
| 6.2.1 童期和成年期叶片形态及生理特性分析 | 第148-150页 |
| 6.2.2 miRNAs和降解组文库构建和测序分析 | 第150-152页 |
| 6.2.3 已知miRNAs鉴定及其表达模式分析 | 第152-154页 |
| 6.2.4 平邑甜茶novelmiRNA的测分析 | 第154-155页 |
| 6.2.5 已知和novelmiRNAs靶基因预测分析 | 第155-160页 |
| 6.2.6 靶基因GO和KEGG功能分析 | 第160-164页 |
| 6.2.7 qRT-PCR定量验证不同发育阶段叶片miRNAs及其靶基因 | 第164-166页 |
| 6.2.8 qRT-PCR定量验证不同树龄叶片miRNAs及其靶基因 | 第166-168页 |
| 6.2.9 qRT-PCR定量验证不同组织miRNAs及其靶基因 | 第168-169页 |
| 6.2.10 qRT-PCR定量验证novel miRNAs表达特性 | 第169-170页 |
| 6.3 讨论 | 第170-173页 |
| 第七章 苹果IDD转录因子家族基因克隆、表达分析及功能研究 | 第173-197页 |
| 7.1 材料与方法 | 第173-175页 |
| 7.1.1 植物材料 | 第173页 |
| 7.1.2 苹果MdIDD基因家族生物信息学分析 | 第173页 |
| 7.1.3 实时荧光定量PCR | 第173页 |
| 7.1.4 苹果MdIDD家族基因全长克隆 | 第173-174页 |
| 7.1.5 苹果MdIDD2基因表达载体构建及转化拟南芥 | 第174-175页 |
| 7.2 结果与分析 | 第175-195页 |
| 7.2.1 苹果MdIDD家族基因鉴定及其蛋白理化性质分析 | 第175-177页 |
| 7.2.2 苹果及其它物种IDD基因家族系统进化树分析 | 第177-178页 |
| 7.2.3 苹果MdIDD基因家族染色体定位 | 第178-180页 |
| 7.2.4 苹果MdIDD基因家族结构分析 | 第180-182页 |
| 7.2.5 苹果MdIDD家族基因组织特异性表达分析 | 第182-183页 |
| 7.2.6 苹果MdIDD家族基因不同品种芽组织表达分析 | 第183-184页 |
| 7.2.7 苹果MdIDD家族基因大小年结果树芽组织表达分析 | 第184-185页 |
| 7.2.8 苹果MdIDD家族基因赤霉素处理芽组织表达分析 | 第185-186页 |
| 7.2.9 苹果MdIDD家族基因蔗糖处理芽和叶片表达分析 | 第186-187页 |
| 7.2.10 苹果糖动态相关基因蔗糖处理芽和叶片表达分析 | 第187页 |
| 7.2.11 苹果光周期途径相关基因蔗糖处理芽和叶片表达分析 | 第187-188页 |
| 7.2.12 苹果成花相关基因蔗糖处理芽和叶片表达分析 | 第188-189页 |
| 7.2.13 苹果MdIDD家族基因克隆与序列分析 | 第189-193页 |
| 7.2.14 苹果MdIDD2基因过表达载体构建及阳性转基因拟南芥筛选 | 第193-195页 |
| 7.3 讨论 | 第195-197页 |
| 全文结论 | 第197-198页 |
| 参考文献 | 第198-216页 |
| 附录 | 第216-220页 |
| 缩略 词 | 第220-221页 |
| 致谢 | 第221-223页 |
| 作者简介 | 第223-224页 |
