| 目 录 | 第4-2页 |
| 中文摘要 | 第2-3页 |
| ABSTRACT | 第3-5页 |
| 第一章 文献综述 | 第5-15页 |
| 1.1 系统生物学和代谢网络的分析 | 第5-7页 |
| 1.2 基元模式 | 第7页 |
| 1.3 极端途径 | 第7-8页 |
| 1.4 两种概念的应用 | 第8-9页 |
| 1.5 选择基元模式概念 | 第9-12页 |
| 1.6 面临的问题 | 第12页 |
| 1.7 其他研究者的解决方法和他们的缺陷之所在 | 第12-13页 |
| 1.8 本文的研究方法和研究内容 | 第13-15页 |
| 第二章 一个基于基因组的大规模代谢网络的基元模式的计算方法 | 第15-30页 |
| 2.1 代谢网络的确定 | 第15-16页 |
| 2.2 代谢网络的输入和输出代谢物的确定 | 第16-18页 |
| 2.3 网络的分解 | 第18-19页 |
| 2.4 基元模式的组合 | 第19-29页 |
| 2.5 本章小结 | 第29-30页 |
| 第三章 基于基因组的肺炎链球菌的代谢网络的基元模式的分析 | 第30-40页 |
| 3.1 酶组 | 第30-32页 |
| 3.2 环基元模式 | 第32-36页 |
| 3.3 途径冗余性 | 第36-39页 |
| 3.4 本章小结 | 第39-40页 |
| 第四章 基元模式概念在简化的 E.coli 代谢网络的功能分析中的应用 | 第40-48页 |
| 4.1 基元模式的贡献值的计算 | 第41-43页 |
| 4.1.1 基元模式的相对通量的权值的计算 | 第41-42页 |
| 4.1.2 基元模式对于特定反应的贡献值的计算 | 第42页 |
| 4.1.3 其他使系统确定的限制条件 | 第42-43页 |
| 4.2 在一个扩展网络中的应用 | 第43-47页 |
| 4.3 本章小结 | 第47-48页 |
| 第五章 结论和展望 | 第48-51页 |
| 5.1 结论 | 第48-49页 |
| 5.2 展望 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 论文发表 | 第55-56页 |
| 附录 | 第56-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
