| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-18页 |
| 1.1 梨轮纹病研究进展 | 第13-14页 |
| 1.1.1 梨轮纹病的危害 | 第13页 |
| 1.1.2 梨轮纹病菌分类地位 | 第13页 |
| 1.1.3 梨轮纹病的防治策略 | 第13-14页 |
| 1.2 真菌病毒研究进展 | 第14-16页 |
| 1.2.1 真菌病毒的分类 | 第14页 |
| 1.2.2 真菌病毒的传播 | 第14-15页 |
| 1.2.3 梨树轮纹病菌真菌病毒的种类 | 第15-16页 |
| 1.3 真菌病毒与病原真菌的互作 | 第16页 |
| 1.4 本研究目的与意义 | 第16-18页 |
| 第二章 来源于湖北省梨轮纹病菌菌株携带真菌病毒的初步研究 | 第18-43页 |
| 2.1 引言 | 第18页 |
| 2.2 试验材料 | 第18-20页 |
| 2.2.1 供试梨轮纹病菌分离菌株 | 第18-19页 |
| 2.2.2 供试植物 | 第19页 |
| 2.2.3 引物设计与合成 | 第19页 |
| 2.2.4 试验所需培养基以及试剂 | 第19-20页 |
| 2.3 试验方法 | 第20-27页 |
| 2.3.1 病原菌分离和纯化 | 第20页 |
| 2.3.2 真菌基因组DNA提取 | 第20-21页 |
| 2.3.3 梨轮纹病菌分离株的PCR扩增 | 第21页 |
| 2.3.4 PCR产物回收、纯化 | 第21-22页 |
| 2.3.5 PCR产物连接 | 第22页 |
| 2.3.6 热击转化 | 第22页 |
| 2.3.7 梨轮纹菌分离株阳性克隆的PCR鉴定 | 第22-23页 |
| 2.3.8 克隆测序及系统进化树分析 | 第23页 |
| 2.3.9 梨轮纹病菌分离株的菌落形态观察及生长速率测定 | 第23页 |
| 2.3.10 梨轮纹病菌分离株的致病性测定 | 第23页 |
| 2.3.11 数据分析 | 第23页 |
| 2.3.12 真菌病毒双链RNA(Double-strand RNA,dsRNA)的提取 | 第23-24页 |
| 2.3.13 DNaseI和S1核酸酶处理dsRNA | 第24-25页 |
| 2.3.14 核酸电泳分析 | 第25页 |
| 2.3.15 RNA反转录合成cDNA模板 | 第25-26页 |
| 2.3.16 RT-PCR | 第26页 |
| 2.3.17 原生质体的制备 | 第26页 |
| 2.3.18 LW-C原生质体再生法对病毒的脱除 | 第26-27页 |
| 2.3.19 梨轮纹病菌菌株诱导产孢及其孢子垂直传播携带dsRNA检测 | 第27页 |
| 2.3.20 LW-C菌株的弱毒特性及dsRNA的水平传染试验 | 第27页 |
| 2.4 结果 | 第27-40页 |
| 2.4.1 来源于湖北省梨轮纹病菌分离菌株生物特性及其携带dsRNA的检测 | 第27-31页 |
| 2.4.1.1 来源于湖北省的梨轮纹病菌分离株的生物学培养特性 | 第28页 |
| 2.4.1.2 梨轮纹病菌菌株的分子鉴定 | 第28-30页 |
| 2.4.1.3 梨轮纹菌株致病性测定结果 | 第30-31页 |
| 2.4.1.4 来源于湖北省的梨轮纹病菌分离株携带dsRNA的检测结果 | 第31页 |
| 2.4.2 LW-1,LW-C和LW-P菌株垂直传播分生孢子的dsRNA检测 | 第31-32页 |
| 2.4.3 LW-C菌株携带BdCV1的分子鉴定结果 | 第32-34页 |
| 2.4.4 来源于LW-C原生质体再生菌株dsRNA的检测结果 | 第34-35页 |
| 2.4.5 LW-C菌株的生物学培养特性和致病性测定结果 | 第35-37页 |
| 2.4.6 LW-C菌株携带BdCV1水平传毒特性的测定结果 | 第37-40页 |
| 2.5 讨论 | 第40-43页 |
| 第三章 真菌病毒对梨轮纹病菌mRNA和小RNA表达的影响 | 第43-74页 |
| 3.1 引言 | 第43页 |
| 3.2 试验材料 | 第43-44页 |
| 3.2.1 供试菌株 | 第43页 |
| 3.2.2 培养基 | 第43-44页 |
| 3.2.3 分子试剂 | 第44页 |
| 3.3 试验方法 | 第44-49页 |
| 3.3.1 梨轮纹病菌中真菌病毒cp和RdRp基因表达量变化分析 | 第44-45页 |
| 3.3.1.1 梨轮纹病菌分离株培养 | 第44页 |
| 3.3.1.2 Trizol法提取梨轮纹病菌总RNA | 第44页 |
| 3.3.1.3 DNaseI酶消化总RNA含有的基因组DNA | 第44页 |
| 3.3.1.4 RT-qPCR | 第44-45页 |
| 3.3.2 cDNA文库构建以及de novo高通量测序 | 第45-46页 |
| 3.3.2.1 De novo原始数据数据处理及其组装 | 第46页 |
| 3.3.2.2 真菌病毒感染条件下梨轮纹病菌Unigene注释 | 第46页 |
| 3.3.2.3 真菌病毒感染条件下梨轮纹病菌差异表达基因(DEG)的筛选及功能分析 | 第46页 |
| 3.3.3 真菌病毒感染条件下梨轮纹病菌小RNA测序及其分析 | 第46-47页 |
| 3.3.3.1 小RNA文库构建和高通量测序 | 第46-47页 |
| 3.3.3.2 小RNA测序数据处理 | 第47页 |
| 3.3.3.3 真菌病毒感染条件下梨轮纹病菌小RNA注释分类 | 第47页 |
| 3.3.3.4 miRNA靶基因的预测 | 第47页 |
| 3.3.4 RT-PCR检测转录组测序Unigene基因序列一致性 | 第47-48页 |
| 3.3.4.1 总RNA反转录 | 第47-48页 |
| 3.3.4.2 RT-PCR及其产物回收、克隆和测序 | 第48页 |
| 3.3.5 RT-qPCR检测Unigene基因表达量 | 第48-49页 |
| 3.4 试验结果 | 第49-71页 |
| 3.4.1 梨轮纹病菌中真菌病毒cp和RdRp基因表达量变化分析 | 第49-50页 |
| 3.4.2 梨轮纹病菌(B. dothdiea)高通量测序的de novo组装 | 第50-51页 |
| 3.4.3 RT-PCR检测梨轮纹病菌(B.dothdiea)高通量测序unigene序列的一致性 | 第51-52页 |
| 3.4.4 梨轮纹病菌unigene转录组注释及其功能分类 | 第52-54页 |
| 3.4.5 真菌病毒感染条件下梨轮纹病菌差异表达分析及基因注释和功能富集 | 第54-61页 |
| 3.4.6 小RNA测序挖掘病毒感染条件下梨轮纹病菌响应的miRNA及其分析 | 第61-68页 |
| 3.4.6.1 小RNA测序数据质量及长度分布 | 第61-63页 |
| 3.4.6.2 病毒感染条件下梨轮纹病菌已知miRNA差异表达分析 | 第63-65页 |
| 3.4.6.3 病毒感染条件下梨轮纹病菌新的miRNA预测及差异表达分析 | 第65-68页 |
| 3.4.7 病毒感染条件下梨轮纹菌株miRNA/mRNA负调控的联合分析 | 第68-71页 |
| 3.5 讨论 | 第71-74页 |
| 参考文献 | 第74-79页 |
| 附录A 常用试剂和培养基的配方 | 第79-80页 |
| 附录B 病毒感染条件下3组对比文库(LW-CP/Mock、LW-C/Mock和LW-P/Mock)中梨轮纹病菌差异表达已知miRNAs表达量变化 | 第80-85页 |
| 附录C 差异表达novel miRNAs前体二级发夹结构 | 第85-86页 |
| 附录D 病毒感染条件下梨轮纹病菌3组对比文库差异表达mRNA和miRNA靶基因差异表达热图 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87页 |
