| 中文摘要 | 第5-7页 |
| 英文摘要 | 第7-8页 |
| 前言 | 第9-22页 |
| 一、真核基因表达调控网络的架构和层次 | 第9-14页 |
| 1.1 真核基因表达调控网络的三个层次 | 第9-11页 |
| 1.2 序列水平的调控是最基本最保守的调控方式 | 第11-12页 |
| 1.3 序列水平调控的高度复杂性 | 第12-14页 |
| 二、利用生物信息学计算预测转录调控网络 | 第14-21页 |
| 2.1 生物信息学研究的主要内容和进展 | 第15-16页 |
| 2.2 利用生物信息学解码转录调控网络 | 第16-21页 |
| 2.2.1 单个转录因子结合位点的预测 | 第16-17页 |
| 2.2.2 启动子的预测 | 第17-20页 |
| 2.2.3 顺式调控序列的预测 | 第20-21页 |
| 三、本研究中拟解决的理论和实际问题 | 第21-22页 |
| 材料与方法 | 第22-34页 |
| 一、计算分析的软件和硬件环境 | 第22-23页 |
| 二、数据资源的提取、整合和MySQL数据库的建立 | 第23-26页 |
| 2.1 基因注释信息、上游序列、基因表达和功能相关数据的提取与整合 | 第23-24页 |
| 2.1.1 基因注释系统的建立 | 第23-24页 |
| 2.1.2 GO数据的提取与分析 | 第24页 |
| 2.1.3 生物通路数据的提取与整合 | 第24页 |
| 2.1.4 基因表达谱数据分析 | 第24页 |
| 2.2 转录调控相关数据的获取、解析与整合 | 第24-25页 |
| 2.3 MySQL数据库的建立 | 第25-26页 |
| 三、顺式调控模体的特征分析 | 第26-28页 |
| 3.1 顺式调控元件数据集的获取 | 第26页 |
| 3.2 转录因子结合位点间隔的统计分析 | 第26页 |
| 3.3 顺式调控模体的确定 | 第26-27页 |
| 3.4 顺式调控模体的长度、位置特征分析 | 第27-28页 |
| 四、计算预测基因上游的转录因子结合位点 | 第28-29页 |
| 4.1 用位点权重矩阵法计算转录因子结合位点 | 第28-29页 |
| 4.1.1 测试数据集的提取 | 第28页 |
| 4.1.2 利用位点加权矩阵计算基因上游的转录因子结合位点 | 第28-29页 |
| 4.2 基因上游转录因子结合位点的特征分析 | 第29页 |
| 五、顺式调控模体的预测 | 第29-32页 |
| 5.1 调控相关基因的转录因子的分析模型 | 第29-32页 |
| 5.2 相关基因中顺式调控模体的计算预测 | 第32页 |
| 六、转录调控的生物信息学分析平台的构建 | 第32-34页 |
| 结果 | 第34-91页 |
| 一、数据资源与MysQL数据库 | 第34-40页 |
| 1.1 基因上游序列、注释信息和功能相关数据的提取 | 第34-35页 |
| 1.2 转录调控相关数据统计 | 第35-36页 |
| 1.3 顺式调控模体、重复位点簇和组合元件数据集 | 第36-40页 |
| 二、顺式调控模体的统计学研究 | 第40-41页 |
| 2.1 转录因子间隔的概率密度估计 | 第40页 |
| 2.2 顺式调控模体长度和位置的概率密度估计 | 第40-41页 |
| 三、通过位点加权矩阵预测的基因上游转录因子结合位点 | 第41-53页 |
| 3.1 用位点权重矩阵计算转录因子结合位点的敏感性与特异性 | 第41-44页 |
| 3.2 计算基因上游的转录因子结合位点 | 第44-51页 |
| 3.3 转录因子结合位点的位置偏好性 | 第51-53页 |
| 四、顺式调控模体的计算预测 | 第53-86页 |
| 五、转录调控的生物信息学分析平台 | 第86-91页 |
| 5.1 数据整合 | 第86-88页 |
| 5.2 网络服务功能的实现 | 第88-91页 |
| 讨论 | 第91-98页 |
| 一、顺式调控元件具有分级特征，离散地分布在染色体上 | 第91-92页 |
| 二、顺式调控元件的结构与其调控功能存在密切关系 | 第92页 |
| 三、顺式调控模体的特征分析 | 第92-93页 |
| 四、顺式调控模体及其靶基因的计算预测 | 第93-95页 |
| 4.1 PWM算法对转录因子结合位点的估计 | 第93-94页 |
| 4.2 转录因子调控能力的分析模型 | 第94-95页 |
| 五、转录因子结合位点的位置偏好性的生物学意义 | 第95-96页 |
| 六、Co-Trans系统的不足与后续工作 | 第96-98页 |
| 小结 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-104页 |
| 附录 | 第104-107页 |
| 文献综述 | 第107-116页 |
| 英文名词及缩写 | 第116-118页 |
| 个人简历 | 第118-119页 |
| 致谢 | 第119页 |
