| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 前言 | 第10-22页 |
| 1.1 胃癌研究概述 | 第10-12页 |
| 1.2 基因调控网络研究现状及在癌症研究中的应用 | 第12-16页 |
| 1.3 差异调控分析研究进展 | 第16-19页 |
| 1.4 本课题的研究目的、内容及意义 | 第19-22页 |
| 第2章 差异调控分析方法的建立 | 第22-27页 |
| 2.1 生物学假设 | 第22-24页 |
| 2.2 差异调控的度量 | 第24-25页 |
| 2.3 差异调控关系的识别 | 第25-26页 |
| 2.4 GRN全局水平的拓扑分析 | 第26-27页 |
| 第3章 利用差异调控分析策略探究胃癌发生过程中TF和miRNA的异常调控机制 | 第27-44页 |
| 3.1 简介 | 第27页 |
| 3.2 数据与方法 | 第27-31页 |
| 3.2.1 表达谱数据预处理 | 第27页 |
| 3.2.2 参考基因调控网络 | 第27-28页 |
| 3.2.3 已知的癌基因和oncomiRNA | 第28-29页 |
| 3.2.4 构建复合基因调控网络 | 第29-30页 |
| 3.2.5 分析不同条件下cGRN的拓扑差异 | 第30页 |
| 3.2.6 度量差异调控 | 第30-31页 |
| 3.2.7 识别差异调控关系 | 第31页 |
| 3.2.8 筛选master regulators | 第31页 |
| 3.3 结果 | 第31-41页 |
| 3.3.1 复合基因调控网络的构建 | 第31-33页 |
| 3.3.2 复合基因调控网络的拓扑差异 | 第33-34页 |
| 3.3.3 miRNA微调效应 | 第34-35页 |
| 3.3.4 差异调控关系的识别 | 第35-38页 |
| 3.3.5 胃癌形成的机制假说 | 第38-41页 |
| 3.4 讨论 | 第41-43页 |
| 3.5 结论 | 第43-44页 |
| 第4章 基于中国人胃癌表达谱数据GSE54129对差异调控分析结果的验证 | 第44-48页 |
| 4.1 数据来源及预处理 | 第44页 |
| 4.2 构建基因和调控 | 第44-45页 |
| 4.3 对基因和调控关系排序 | 第45-47页 |
| 4.4 讨论 | 第47-48页 |
| 第5章 总结与展望 | 第48-53页 |
| 5.1 总结 | 第48-51页 |
| 5.1.1 胃癌机制研究总结 | 第48-49页 |
| 5.1.2 差异调控分析方法总结 | 第49-51页 |
| 5.2 展望 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-62页 |
| 附件 | 第62-82页 |
| 科研成果 | 第82-83页 |
| 致谢 | 第83页 |
