| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-19页 |
| 1.1 论文的研究背景及意义 | 第9-12页 |
| 1.1.1 二代测序技术与全基因组重测序 | 第10-12页 |
| 1.1.2 Hadoop分布式平台 | 第12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-16页 |
| 1.3 论文的主要研究内容 | 第16-17页 |
| 1.4 章节安排 | 第17-19页 |
| 第二章 相关技术及原理 | 第19-28页 |
| 2.1 Hadoop相关技术和原理 | 第19-22页 |
| 2.1.1 HDFS分布式存储系统 | 第19-21页 |
| 2.1.2 MapReduce并行计算模型 | 第21-22页 |
| 2.2 全基因组重测序数据处理相关技术和流程 | 第22-27页 |
| 2.2.1 序列比对技术 | 第22-24页 |
| 2.2.2 突变检测技术 | 第24-25页 |
| 2.2.3 相关文件格式概述 | 第25-27页 |
| 2.3 本章小结 | 第27-28页 |
| 第三章 基于Hadoop测序数据处理关键技术的研究 | 第28-35页 |
| 3.1 处理逻辑的MapReduce化 | 第29-31页 |
| 3.1.1 MapReduce化的提出 | 第29-30页 |
| 3.1.2 MapReduce化的分析 | 第30-31页 |
| 3.2 不同格式数据的访问与存储 | 第31-32页 |
| 3.2.1 数据访问与存储面临的问题 | 第31-32页 |
| 3.2.2 数据的存储与访问分析 | 第32页 |
| 3.3 分析流程的完整性 | 第32-34页 |
| 3.3.1 分析流程面临的问题 | 第32页 |
| 3.3.2 整体流程设计分析 | 第32-34页 |
| 3.4 本章小结 | 第34-35页 |
| 第四章 基于Hadoop的测序数据处理流程的实现 | 第35-48页 |
| 4.1 Hadoop-BWA的实现 | 第35-40页 |
| 4.1.1 文件的存储与读取 | 第36-38页 |
| 4.1.2 双端测序数据的比对 | 第38-40页 |
| 4.2 Hadoop-GATK的实现 | 第40-47页 |
| 4.2.1 插入缺失局部重比对 | 第40-43页 |
| 4.2.2 质量值校正 | 第43-45页 |
| 4.2.3 突变检测 | 第45-47页 |
| 4.3 本章小结 | 第47-48页 |
| 第五章 系统的测试及优化 | 第48-55页 |
| 5.1 系统的测试与分析 | 第48-52页 |
| 5.1.1 测试环境与测试数据 | 第48页 |
| 5.1.2 系统的测试 | 第48-51页 |
| 5.1.3 与传统处理程序的对比分析 | 第51-52页 |
| 5.2 程序的优化方案 | 第52-54页 |
| 5.2.1 分析程序的优化方案 | 第52-53页 |
| 5.2.2 任务效率的优化方案 | 第53-54页 |
| 5.3 本章小结 | 第54-55页 |
| 第六章 总结 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |