| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 前言 | 第10-13页 |
| 1.1 龋病 | 第10页 |
| 1.2 唾液 | 第10页 |
| 1.3 微生物 | 第10-11页 |
| 1.4 pH及微量元素铁 | 第11-12页 |
| 1.5 16S rRNA高通量测序技术 | 第12-13页 |
| 第二章 材料与方法 | 第13-20页 |
| 2.1 材料 | 第13-14页 |
| 2.1.1 主要实验仪器 | 第13页 |
| 2.1.2 主要实验试剂 | 第13-14页 |
| 2.2 样本采集方法 | 第14页 |
| 2.2.1 样本的筛选 | 第14页 |
| 2.2.2 样本的采集 | 第14页 |
| 2.3 样本细菌DNA提取 | 第14-16页 |
| 2.3.1 样品预处理 | 第14-15页 |
| 2.3.2 实验前准备 | 第15页 |
| 2.3.3 具体实验步骤 | 第15-16页 |
| 2.4 生物信息学分析 | 第16-19页 |
| 2.4.1 优质序列的获取 | 第16-17页 |
| 2.4.2 OTU聚类及注释 | 第17-18页 |
| 2.4.3 稀释曲线 | 第18页 |
| 2.4.4 Alpha多样性分析 | 第18页 |
| 2.4.5 样品群落组成分析 | 第18页 |
| 2.4.6 Beta多样性分析 | 第18-19页 |
| 2.5 物种相关性分析 | 第19页 |
| 2.6 群落功能基因预测 | 第19页 |
| 2.7 pH测定 | 第19-20页 |
| 2.7.1 设置pH仪并对pH仪读数进行校准 | 第19-20页 |
| 2.7.2 pH测定 | 第20页 |
| 2.8 铁元素测定 | 第20页 |
| 2.9 分析pH及铁元素在CA组与HE组差异 | 第20页 |
| 第三章 实验结果与分析 | 第20-44页 |
| 3.1 样本基本信息 | 第20-22页 |
| 3.2 龋病组及健康组的序列丰度及多样性分析 | 第22-23页 |
| 3.3 生物信息学分析结果 | 第23-34页 |
| 3.3.1 Venn图 | 第23-24页 |
| 3.3.2 稀释曲线 | 第24-25页 |
| 3.3.3 Alpha多样性 | 第25-27页 |
| 3.3.4 Shannon-Wiener曲线 | 第27-28页 |
| 3.3.5 微生物物种分布图 | 第28-30页 |
| 3.3.6 物种丰度差异分析 | 第30-32页 |
| 3.3.7 低丰度的差异属 | 第32-34页 |
| 3.4 CA组及HE组唾液菌群结构比较 | 第34-36页 |
| 3.4.1 UniFrac PCo A（UniFrac principal coordinates analysis）分析 | 第34-35页 |
| 3.4.2 主成分分析（principal components analysis, PCA） | 第35-36页 |
| 3.5 物种分析 | 第36-38页 |
| 3.5.1 物种相关性分析（Species correlation analysis） | 第36-38页 |
| 3.6 群落功能基因预测(The prediction of community functional genes) | 第38-39页 |
| 3.7 pH值与铁元素检测 | 第39-43页 |
| 3.7.1 pH值检测 | 第39-41页 |
| 3.7.2 铁(Fe)元素检测 | 第41-43页 |
| 3.8 冗余分析(Redundancy analysis, RDA) | 第43-44页 |
| 第四章 讨论 | 第44-48页 |
| 第五章 结论 | 第48-50页 |
| 参考文献 | 第50-55页 |
| 在学期间的研究成果 | 第55-56页 |
| 致谢 | 第56页 |
