| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 前言 | 第11-34页 |
| 1.1 SMRT测序技术概述 | 第12-20页 |
| 1.1.1 技术原理 | 第12-14页 |
| 1.1.2 技术优势 | 第14-17页 |
| 1.1.3 重要应用领域 | 第17-20页 |
| 1.2 植物基因组DE NOVO组装策略概述 | 第20-25页 |
| 1.2.1 测序前期工作 | 第22-23页 |
| 1.2.2 测序策略 | 第23-24页 |
| 1.2.3 组装策略 | 第24-25页 |
| 1.3 叶绿体基因组研究概述 | 第25-31页 |
| 1.3.1 叶绿体基因组结构特点 | 第25-28页 |
| 1.3.2 基于叶绿体基因组序列的植物DNA条形码研究 | 第28-31页 |
| 1.4 转录组测序技术概述 | 第31-34页 |
| 第二章 可行性分析与研究意义 | 第34-44页 |
| 2.1 SMRT测序技术辅助复杂植物基因组组装研究 | 第34-37页 |
| 2.2 基于SMRT-CCS策略的贝母叶绿体基因组研究 | 第37-39页 |
| 2.3 基于SMRT测序技术的灵芝全长转录本研究 | 第39-44页 |
| 第三章 研究材料与方法 | 第44-72页 |
| 3.1 材料、试剂与设备 | 第44-47页 |
| 3.1.1 材料 | 第44-45页 |
| 3.1.2 试剂 | 第45-46页 |
| 3.1.3 设备 | 第46-47页 |
| 3.2 方法 | 第47-72页 |
| 3.2.1 丹参总DNA提取 | 第47-48页 |
| 3.2.2 贝母叶绿体分离及叶绿体基因组DNA提取 | 第48-49页 |
| 3.2.3 灵芝子实体总RNA提取,cDNA合成与均一化,片段筛选 | 第49-57页 |
| 3.2.4 SMRT短片段(500bp-3kb)文库构建与上机测序 | 第57-62页 |
| 3.2.5 SMRT长片段(3kb-10kb)文库构建与上机测序 | 第62-66页 |
| 3.2.6 序列拼接与分析 | 第66-72页 |
| 第四章 结果与分析 | 第72-96页 |
| 4.1 丹参基因组SMRT测序及辅助组装 | 第72-75页 |
| 4.1.1 丹参基因组SMRT测序 | 第72页 |
| 4.1.2 SMRT CLR辅助丹参基因组组装与验证 | 第72-75页 |
| 4.2 贝母叶绿体基因组分析 | 第75-89页 |
| 4.2.1 贝母属三种药用植物叶绿体基因组测序 | 第75-78页 |
| 4.2.2 贝母属三种药用植物叶绿体基因组基本特征 | 第78-83页 |
| 4.2.3 贝母属三种药用植物叶绿体基因组比较 | 第83-84页 |
| 4.2.4 百合目叶绿体基因组序列比较 | 第84-87页 |
| 4.2.5 测序拼接策略与准确度验证 | 第87-89页 |
| 4.3 灵芝子实体全长转录本分析结果 | 第89-96页 |
| 4.3.1 灵芝子实体总RNA质控结果 | 第90-91页 |
| 4.3.2 灵芝子实体SMRT测序数据 | 第91-93页 |
| 4.3.3 灵芝子实体全长转录本鉴别 | 第93-94页 |
| 4.3.4 灵芝子实体全长转录本cluster | 第94-95页 |
| 4.3.5 生物信息学验证 | 第95-96页 |
| 第五章 讨论与结论 | 第96-103页 |
| 5.1 丹参基因组组装研究 | 第96-98页 |
| 5.2 基于SMRT-CCS策略的药用植物绿体基因组研究 | 第98-101页 |
| 5.3 基于SMRT测序技术的灵芝子实体全长转录本分析 | 第101-103页 |
| 第六章 展望 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-119页 |
| 附录 | 第119-136页 |
| 后记 | 第136-138页 |
| 作者简历 | 第138-139页 |
