| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-21页 |
| 1.1 微型真核生物及稀有生物圈 | 第11-12页 |
| 1.2 水生生态系统中微型真核生物多样性研究进展 | 第12-15页 |
| 1.2.1 海洋生态系统中微型真核生物多样性研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2.2 淡水生态系统中微型真核生物多样性研究进展 | 第14-15页 |
| 1.3 海洋底栖生态系统中微型真核生物多样性研究进展 | 第15-17页 |
| 1.3.1 厌氧沉积物中微型真核生物多样性研究进展 | 第16-17页 |
| 1.3.2 极端环境沉积物中微型真核生物多样性研究进展 | 第17页 |
| 1.4 微型真核生物分子生态研究方法及应用 | 第17-19页 |
| 1.4.1 传统方法 | 第17页 |
| 1.4.2 克隆文库技术 | 第17-18页 |
| 1.4.3 基于mRNA的cDNA文库 | 第18-19页 |
| 1.4.4 高通量测序技术 | 第19页 |
| 1.4.5 宏基因组测序 | 第19页 |
| 1.5 研究内容 | 第19-21页 |
| 第二章 海草床表层沉积物中微型真核生物的分子多样性与群落结构比较 | 第21-55页 |
| 2.1 引言 | 第21-22页 |
| 2.2 材料方法 | 第22-29页 |
| 2.2.1 试剂与设备 | 第22-23页 |
| 2.2.1.1 生化试剂 | 第22页 |
| 2.2.1.2 仪器设备 | 第22-23页 |
| 2.2.2 样品采集 | 第23页 |
| 2.2.3 实验方法 | 第23-27页 |
| 2.2.3.1 样品总DNA提取 | 第23-25页 |
| 2.2.3.2 克隆文库构建与高通量测序 | 第25-26页 |
| 2.2.3.3 Lecudina polymorpha 18S rDNA特异性引物的设计与验证 | 第26-27页 |
| 2.2.3.4 荧光实时定量PCR | 第27页 |
| 2.2.4 环境因子的测定 | 第27-28页 |
| 2.2.5 数据处理与统计分析 | 第28-29页 |
| 2.2.5.1 克隆文库数据的处理 | 第28页 |
| 2.2.5.2 Miseq高通量数据的处理 | 第28-29页 |
| 2.3 结果 | 第29-51页 |
| 2.3.1 环境因子测量结果 | 第29页 |
| 2.3.2 海草床沉积物中微型真核生物 18S rDNA克隆文库序列数据统计 | 第29-32页 |
| 2.3.3 海草床沉积物中微型真核生物 α -多样性与群落组成 | 第32-34页 |
| 2.3.4 海草床沉积物中微型真核生物 α -多样性、相对丰度与环境因子相关关系 | 第34-36页 |
| 2.3.5 海草床草区与无草区底栖微型真核生物群落结构差异 | 第36-43页 |
| 2.3.6 环境因子对海草床底栖微型真核生物群落结构的影响 | 第43-44页 |
| 2.3.7 Lecudina polymorpha 18S rDNA特异性引物的设计与验证 | 第44-48页 |
| 2.3.8 Lecudina polymorpha的宿主 | 第48-49页 |
| 2.3.9 海草床沉积物中微型真核生物及Lecudina polymorpha定量分析 | 第49-50页 |
| 2.3.10 计算而得的绝对丰度VS. 真实的绝对丰度 | 第50-51页 |
| 2.4 讨论 | 第51-55页 |
| 第三章 黄渤海表层沉积物中纤毛虫多样性及生物地理学研究 | 第55-71页 |
| 3.1 引言 | 第55-56页 |
| 3.2 材料方法 | 第56-58页 |
| 3.2.1 试剂与设备 | 第56页 |
| 3.2.1.1 生化试剂 | 第56页 |
| 3.2.1.2 仪器设备 | 第56页 |
| 3.2.2 样品采集 | 第56-57页 |
| 3.2.3 样品总DNA提取 | 第57页 |
| 3.2.4 454 焦磷酸高通量测序 | 第57页 |
| 3.2.5 环境因子的测定 | 第57页 |
| 3.2.6 数据处理与统计分析 | 第57-58页 |
| 3.3 实验结果 | 第58-68页 |
| 3.3.1 环境因子测量结果 | 第58-59页 |
| 3.3.2 底栖纤毛虫 α-多样性和群落组成 | 第59-61页 |
| 3.3.3 季节和海域对底栖纤毛虫群落结构的影响 | 第61-64页 |
| 3.3.4 环境因子对底栖纤毛虫群落结构的影响 | 第64-67页 |
| 3.3.5 水体深度与地理距离对底栖纤毛虫群落结构的影响 | 第67-68页 |
| 3.4 讨论 | 第68-71页 |
| 第四章 缘毛类纤毛虫核糖体DNA-转录间隔区 (ITS) 特异性引物的设计与验证 | 第71-83页 |
| 4.1 引言 | 第71-72页 |
| 4.2 材料方法 | 第72-75页 |
| 4.2.1 试剂与设备 | 第72页 |
| 4.2.1.1 生化试剂 | 第72页 |
| 4.2.1.2 仪器设备 | 第72页 |
| 4.2.2 样品采集 | 第72-73页 |
| 4.2.3 实验方法 | 第73-75页 |
| 4.2.3.1 样品总DNA提取 | 第73页 |
| 4.2.3.2 引物设计和PCR验证 | 第73页 |
| 4.2.3.3 克隆文库构建 | 第73-74页 |
| 4.2.3.4 测序序列与系统进化分析 | 第74页 |
| 4.2.3.5 缘毛类纤毛虫V9、ITS与D1变异速率比较 | 第74-75页 |
| 4.3 实验结果 | 第75-80页 |
| 4.3.1 缘毛类纤毛虫ITS区引物及特异性验证 | 第75-76页 |
| 4.3.2 环境序列的系统进化分析 | 第76-79页 |
| 4.3.3 缘毛类纤毛虫V9区与ITS、28S区相对变异速率的比较 | 第79-80页 |
| 4.4 讨论 | 第80-83页 |
| 第五章 结论与展望 | 第83-85页 |
| 5.1 结论 | 第83-84页 |
| 5.2 创新点 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-99页 |
| 致谢 | 第99-101页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第101页 |
