| 中文摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 中文文摘 | 第5-10页 |
| 绪论 | 第10-16页 |
| 0.1 振动探针用于溶剂化蛋白质结构研究的现状及趋势 | 第10-12页 |
| 0.2 振动频率的静电转换模型的研究现状 | 第12-13页 |
| 0.3 本论文的研究现状和意义 | 第13-16页 |
| 第一章 FTIR及分子模拟手段在光谱研究中的应用 | 第16-34页 |
| 1.1 液相NEPA的红外实验 | 第16页 |
| 1.2 振动频率的静电转换模型 | 第16-18页 |
| 1.3 GROMACS中SDF的计算 | 第18页 |
| 1.4 振动光谱的探究方法 | 第18-26页 |
| 1.4.1 计算方法和基组的影响 | 第18-20页 |
| 1.4.2 单点能计算 | 第20-21页 |
| 1.4.3 几何优化 | 第21-23页 |
| 1.4.4 频率分析 | 第23-24页 |
| 1.4.5 势能分布分析 | 第24-25页 |
| 1.4.6 同位素效应 | 第25-26页 |
| 1.4.7 溶剂化效应 | 第26页 |
| 1.5 分子动力学模拟手段 | 第26-34页 |
| 1.5.1 MD初始文件 | 第27-29页 |
| 1.5.2 MD模拟步骤及参数 | 第29-31页 |
| 1.5.3 周期性边界条件 | 第31-34页 |
| 第二章 Gaussian软件在红外光谱中的应用 | 第34-40页 |
| 2.1 高斯软件(Gaussian和Gaussview)简介 | 第34-35页 |
| 2.2 红外光谱模拟 | 第35-37页 |
| 2.3 分子振动形式及光谱吸收峰的归属 | 第37-38页 |
| 2.4 小结 | 第38-40页 |
| 第三章 溶液中丙氨酸二肽(ALAD)结构及振动光谱研究 | 第40-60页 |
| 3.1 隐式溶剂中ALAD结构与振动光谱研究 | 第41-51页 |
| 3.1.1 计算方法 | 第41-42页 |
| 3.1.2 隐式溶剂中ALAD的能量分布及结构稳定性 | 第42-46页 |
| 3.1.3 ALAD中酰胺-I带的频率变化 | 第46-51页 |
| 3.2 显式溶剂中ALAD的结构和振动光谱研究 | 第51-56页 |
| 3.2.1 计算方法 | 第51-52页 |
| 3.2.2 显式溶剂中ALAD的结构 | 第52-54页 |
| 3.2.3 ALAD-溶剂聚集体的光谱特性 | 第54-56页 |
| 3.3 复合溶剂环境下的ALAD的振动频率和结构特点 | 第56-58页 |
| 3.4 小结 | 第58-60页 |
| 第四章 β肽中酰胺-I带光谱参数的静电频率转换模型 | 第60-76页 |
| 4.1 NEPA静电频率转换图的构建 | 第61-63页 |
| 4.1.1 不同溶液中NEPA的动力学模拟 | 第61页 |
| 4.1.2 NEPA聚集体的频率量化计算 | 第61页 |
| 4.1.3 GH map的构建 | 第61-63页 |
| 4.2 NEPA在不同溶液中的FTIR光谱 | 第63页 |
| 4.3 溶液相中NEPA的微结构 | 第63-66页 |
| 4.4 NEPA聚集体酰胺-I带光谱参数与结构的关系 | 第66-67页 |
| 4.5 液相NEPA酰胺-I带的频率分布和红外光谱模拟 | 第67-69页 |
| 4.6 GH map中来自参考点、溶剂和溶质分子骨架的静电贡献 | 第69-72页 |
| 4.7 β二肽体系中转换图的应用 | 第72-73页 |
| 4.8 小结 | 第73-76页 |
| 第五章 水溶液中Aβ(37-42)在石墨烯表面的吸附作用 | 第76-84页 |
| 5.1 模型构建和模拟方法 | 第76-77页 |
| 5.2 Aβ(37-42)与石墨烯的吸附过程 | 第77-80页 |
| 5.3 石墨烯表面上Aβ(37-42)片段的构型分布及特征光谱 | 第80-83页 |
| 5.4 小结 | 第83-84页 |
| 第六章 服务器软件硬件的介绍 | 第84-92页 |
| 6.1 服务器系统简介 | 第84-86页 |
| 6.2 Linux系统的简介和安装 | 第86-88页 |
| 6.3 常用软件介绍 | 第88-90页 |
| 6.3.1 Gaussian | 第89页 |
| 6.3.2 NAMD | 第89页 |
| 6.3.3 GROMACS | 第89-90页 |
| 6.3.4 CHARMM | 第90页 |
| 6.4 管理集群遇到的问题 | 第90-92页 |
| 6.4.1 磁盘克隆 | 第90-91页 |
| 6.4.2 硬盘挂载 | 第91-92页 |
| 第七章 总结 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-112页 |
| 攻读学位期间承担的科研任务与主要成果 | 第112-114页 |
| 致谢 | 第114-116页 |
| 个人简历 | 第116-120页 |
