基于群体智能的分子对接算法研究与实现
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 引言 | 第9-14页 |
| 1 绪论 | 第14-17页 |
| ·研究背景及意义 | 第14页 |
| ·计算机辅助药物设计 | 第14页 |
| ·最优化方法 | 第14-15页 |
| ·基于优化方法的药物分子设计 | 第15-16页 |
| ·本文主要工作和内容概要 | 第16-17页 |
| 2 药物分子设计中的分子对接 | 第17-21页 |
| ·药物分子设计中的分子对接原理 | 第17-18页 |
| ·分子对接原理概述 | 第17-18页 |
| ·分子对接模型分类 | 第18页 |
| ·分子对接中的打分函数 | 第18-19页 |
| ·常用分子对接软件 | 第19-21页 |
| ·DOCK对接软件 | 第19页 |
| ·GOLD对接软件 | 第19页 |
| ·FlexX对接软件 | 第19页 |
| ·AutoDock对接软件 | 第19-21页 |
| 3 AutoDock目前使用的遗传算法研究 | 第21-24页 |
| ·遗传算法的起源与发展 | 第21页 |
| ·遗传算法的基本原理 | 第21-22页 |
| ·遗传算法的基本步骤 | 第22-23页 |
| ·遗传算法的流程图 | 第23-24页 |
| 4 设计基于群体智能算法的分子对接程序 | 第24-42页 |
| ·群体智能算法简介 | 第24页 |
| ·分子对接问题定义 | 第24-25页 |
| ·本文使用的分子对接打分函数 | 第25-26页 |
| ·基于群体智能的分子对接方法体系 | 第26-28页 |
| ·基于群体智能的分子对接方法体系简介 | 第26页 |
| ·基于群体智能的分子对接方法体系具体实施步骤 | 第26-28页 |
| ·对接程序FIPSDock | 第28-33页 |
| ·粒子群算法简介 | 第28页 |
| ·粒子群算法原理 | 第28-29页 |
| ·粒子群算法流程 | 第29页 |
| ·粒子群算法伪代码 | 第29-30页 |
| ·处理分子对接的SODOCK | 第30页 |
| ·全连通的粒子群优化算法 | 第30-33页 |
| ·FIPSDock算法伪代码 | 第33页 |
| ·对接程序ABCDock | 第33-37页 |
| ·人工蜂群算法起源和发展 | 第33-34页 |
| ·人工蜂群算法基本原理 | 第34-36页 |
| ·人工蜂群算法流程 | 第36页 |
| ·人工蜂群算法伪代码 | 第36-37页 |
| ·对接程序AFSADock | 第37-42页 |
| ·人工鱼群算法起源和发展 | 第37-38页 |
| ·人工鱼群算法基本原理 | 第38-39页 |
| ·人工鱼群算法伪代码 | 第39-40页 |
| ·AFSADock的实现 | 第40页 |
| ·简化的人工鱼群算法流程 | 第40-42页 |
| 5 实验与结果分析 | 第42-57页 |
| ·算法实现与运行环境 | 第42页 |
| ·参数设置和数据准备 | 第42-45页 |
| ·参数设置 | 第42-43页 |
| ·同源对接数据集 | 第43页 |
| ·交叉对接数据集 | 第43-44页 |
| ·数据处理 | 第44-45页 |
| ·结果与分析 | 第45-57页 |
| ·同源对接精度 | 第45-50页 |
| ·高维对接实例分析 | 第50-51页 |
| ·运行时间 | 第51页 |
| ·交叉对接精度 | 第51-54页 |
| ·对接失败实例的分析 | 第54-57页 |
| 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
