基于芯片数据的水稻非生物逆境相关基因筛选及其启动子分析
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-23页 |
| 1. 基因芯片研究进展 | 第9-17页 |
| ·基因芯片的原理 | 第9页 |
| ·基因芯片的分类 | 第9页 |
| ·芯片数据分析软件 | 第9-10页 |
| ·基因芯片数据库GEO | 第10-12页 |
| ·GEO水稻相关数据 | 第12-17页 |
| 2. 启动子元件识别与共现研究进展 | 第17-23页 |
| ·启动子的概念 | 第17-18页 |
| ·顺式调控元件的识别 | 第18页 |
| ·植物顺式调控元件相关数据库 | 第18-19页 |
| ·顺式调控元件的共现 | 第19-21页 |
| ·转录调控网络 | 第21-23页 |
| 第二章 基于GEO芯片数据的水稻逆境相关基因筛选 | 第23-46页 |
| 1. 材料与方法 | 第23-25页 |
| ·基因芯片数据来源及处理软件 | 第23页 |
| ·GEO水稻逆境相关数据的筛选与获取 | 第23-24页 |
| ·质量评估与控制 | 第24页 |
| ·基因表达数据的标准化 | 第24页 |
| ·识别差异表达基因 | 第24-25页 |
| ·聚类分析 | 第25页 |
| ·GO分类与富集分析 | 第25页 |
| 2. 结果与分析 | 第25-43页 |
| ·GEO非生物逆境胁迫相关芯片数据 | 第25-29页 |
| ·干旱胁迫相关基因筛选 | 第29-36页 |
| ·盐胁迫相关基因筛选 | 第36-39页 |
| ·高温胁迫相关基因筛选 | 第39-41页 |
| ·低温胁迫相关基因筛选 | 第41-43页 |
| 3. 讨论 | 第43-46页 |
| ·干旱胁迫响应基因 | 第44页 |
| ·盐胁迫响应基因 | 第44页 |
| ·高温胁迫响应基因 | 第44-45页 |
| ·低温胁迫相关基因 | 第45-46页 |
| 第三章 非生物逆境相关启动子元件分析 | 第46-73页 |
| 1. 材料与方法 | 第46-50页 |
| ·数据来源 | 第46页 |
| ·模体的从头(De novo)预测 | 第46-47页 |
| ·已知元件的共现分析系统的构建 | 第47-50页 |
| ·已知元件的富集与共现分析 | 第50页 |
| 2. 结果与分析 | 第50-71页 |
| ·已知元件共现系统 | 第50-51页 |
| ·干旱胁迫相关元件分析结果 | 第51-59页 |
| ·盐胁迫相关元件分析结果 | 第59-65页 |
| ·高温胁迫相关元件分析结果 | 第65-67页 |
| ·低温胁迫相关元件分析结果 | 第67-71页 |
| 3. 讨论 | 第71-73页 |
| ·De novo预测存在相似的模体 | 第71页 |
| ·在多种逆境中富集的已知元件 | 第71页 |
| ·元件共现网络的核心元件 | 第71页 |
| ·元件共现分布及距离存在偏好性 | 第71-73页 |
| 第四章 全文总结 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 作者简介 | 第82页 |
