| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-23页 |
| ·计算机辅助药物分子设计的发展及意义 | 第15-17页 |
| ·计算机辅助药物设计中的理论方法的应用 | 第17-20页 |
| ·分子动力学方法的应用 | 第17-18页 |
| ·分子对接方法的应用 | 第18-19页 |
| ·自由能计算的应用 | 第19-20页 |
| ·研究甲状腺结合前清蛋白淀粉抑制剂的意义 | 第20页 |
| ·论文的主要研究内容 | 第20-23页 |
| 第二章 计算模拟的理论与方法 | 第23-35页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第23-27页 |
| ·分子动力学的基本原理 | 第23-24页 |
| ·分子力场 | 第24-26页 |
| ·主要算法 | 第26-27页 |
| ·分子对接方法 | 第27-30页 |
| ·分子对接的原理 | 第27页 |
| ·分子对接方法 | 第27-28页 |
| ·DOCK程序简介 | 第28-30页 |
| ·结合自由能计算 | 第30-33页 |
| ·自由能计算方法的分类 | 第30-31页 |
| ·MM/PBSA方法 | 第31-33页 |
| ·本章小结 | 第33-35页 |
| 第三章 甲状腺结合前清蛋白及其抑制剂的研究进展 | 第35-43页 |
| ·甲状腺结合前清蛋白简介 | 第35-37页 |
| ·甲状腺结合蛋白的致病原因及应对策略 | 第37-39页 |
| ·甲状腺结合前清蛋白淀粉抑制剂的研究现状 | 第39-41页 |
| ·N10-phenyl-4,6-phenoxazine Dicarboxylic Acid类抑制剂 | 第39-40页 |
| ·双氯芬酸(Diclofenac)类抑制剂 | 第40页 |
| ·羟基多氯联苯(Hydroxylated polychlorinated biphenyl)类抑制剂 | 第40页 |
| ·二氟尼柳(Diflunisal)类抑制剂 | 第40-41页 |
| ·本章小结 | 第41-43页 |
| 第四章 TTR与FLU、BPD结合的分子动力学模拟 | 第43-65页 |
| ·用MD模拟方法研究TTR与抑制剂复合物的意义 | 第43页 |
| ·模拟体系与方案 | 第43页 |
| ·结果与讨论 | 第43-63页 |
| ·体系MD稳定性分析 | 第43-49页 |
| ·MD模拟所得平均结构 | 第49-52页 |
| ·体系MD模拟过程中TTR二级、三级结构变化 | 第52-59页 |
| ·TTR中心空腔状态变化 | 第59-60页 |
| ·TTR中残基构象变化 | 第60-61页 |
| ·体系MD模拟结论 | 第61-63页 |
| ·本章小结 | 第63-65页 |
| 第五章 TTR与FLU、BPD的结合自由能计算 | 第65-79页 |
| ·计算TTR与FLU、BPD结合自由能的意义 | 第65页 |
| ·计算方法 | 第65-66页 |
| ·MM/PBSA自由能计算 | 第65-66页 |
| ·能量分解 | 第66页 |
| ·结果与讨论 | 第66-78页 |
| ·MM/PBSA结果与讨论 | 第66-67页 |
| ·MM/GBSA结果与讨论 | 第67-68页 |
| ·能量分解 | 第68-78页 |
| ·本章小结 | 第78-79页 |
| 第六章 TTR与其他几个系列抑制剂分子对接与动力学研究 | 第79-91页 |
| ·研究TTR与抑制剂结合位点的意义 | 第79页 |
| ·研究方案 | 第79-80页 |
| ·对接方案 | 第79-80页 |
| ·动力学模拟方案 | 第80页 |
| ·结果与讨论 | 第80-90页 |
| ·对接结果分析与讨论 | 第80-87页 |
| ·FLU与TTR分子对接结果 | 第80-81页 |
| ·双氯芬酸系列分子与TTR分子对接结果分析 | 第81-83页 |
| ·二氟尼柳系列分子与TTR分子对接结果分析 | 第83-87页 |
| ·动力学模拟结果分析与讨论 | 第87-90页 |
| ·双氯芬酸系列抑制剂动力学模拟轨迹分析 | 第87-88页 |
| ·TTR与双氯芬酸系列抑制剂的结合自由能 | 第88-89页 |
| ·二氟尼柳系列抑制剂动力学模拟轨迹分析 | 第89-90页 |
| ·本章小结 | 第90-91页 |
| 第七章 结论 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-98页 |
| 附录 | 第98-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 研究成果及发表的学术论文 | 第107-108页 |
| 作者简介 | 第108-109页 |
| 硕士研究生学位论文答辩委员会决议书 | 第109-110页 |
