| 第一部分 文献综述 | 第1-46页 |
| 第一章 人类免疫缺陷病毒(HIV)简介 | 第13-23页 |
| 第一节 HIV-1的生活周期 | 第14-15页 |
| 第二节 HIV-1编码的蛋白 | 第15-23页 |
| ·基质蛋白(MA,matrix/p17) | 第15页 |
| ·衣壳蛋白(CA,capsid/p24) | 第15-16页 |
| ·核衣壳(NC,nucleocapsid) | 第16页 |
| ·p6蛋白 | 第16页 |
| ·蛋白酶(PR,protease) | 第16-17页 |
| ·逆转录酶(RT,reverse transcriptase) | 第17-18页 |
| ·整合酶(IN,integrase) | 第18-19页 |
| ·HIV-1表面膜蛋白(SU,surface/gp120)和跨膜蛋白(TM,transmembrane/gp41) | 第19-20页 |
| ·Tat(Transactivator) | 第20-21页 |
| ·Rev(Regulator of viral protein) | 第21页 |
| ·Vpu(Viral protein U) | 第21页 |
| ·Nef | 第21-22页 |
| ·Vif(viral infectivity factor) | 第22页 |
| ·Vpr(viral protein R) | 第22-23页 |
| 第二章 HIV-1的分子流行病学 | 第23-36页 |
| 第一节 HIV的分类和命名 | 第23-25页 |
| 第二节 HIV基因型的鉴定方法 | 第25页 |
| 第三节 HIV-1在全球的流行情况概述 | 第25-27页 |
| 第四节 HIV在我国的流行 | 第27-36页 |
| 第三章 HIV-1耐药性检测 | 第36-46页 |
| 第一节 HIV-1耐药性 | 第36-41页 |
| ·HIV-1耐药性突变的产生 | 第36-37页 |
| ·对HIV-1蛋白酶抑制剂(PIs)的耐药性突变 | 第37-38页 |
| ·针对HIV-1逆转录酶抑制剂的突变 | 第38-40页 |
| ·与HIV-1融合抑制剂有关的突变 | 第40-41页 |
| 第二节 HIV-1耐药性的检测方法 | 第41-44页 |
| ·HIV-1样品的来源 | 第41页 |
| ·耐药性病毒的表型检测(Phenotypic drug susceptibility testing) | 第41-42页 |
| ·HIV-1基因型检测(HIV-1 Genotypic testing) | 第42-43页 |
| ·多克隆及群基础上的测序分析(Clonal and Population-based sequencing) | 第43-44页 |
| 第三节 序列的分析 | 第44-46页 |
| ·斯坦福大学逆转录酶和蛋白酶序列数据库 | 第44-45页 |
| ·非B亚型序列的分析 | 第45-46页 |
| 第二部分 实验研究 | 第46-90页 |
| 第四章 HIV-1的分子流行病学研究 | 第46-65页 |
| 一、实验材料和方法 | 第47-58页 |
| 1.研究对象 | 第47-48页 |
| 2.实验仪器、试剂和耗材 | 第48-50页 |
| 3.实验方法 | 第50-58页 |
| ·从血液中提取基因组DNA(Gentra Genomic DNA Purification Kit) | 第50-52页 |
| ·PCR扩增gag和env片断 | 第52-53页 |
| ·PCR产物的回收和纯化(Qiaquick Extraction kit回收) | 第53-54页 |
| ·PCR产物的T-A克隆 | 第54页 |
| ·菌种的培养和保藏 | 第54页 |
| ·质粒DNA的提取 | 第54-55页 |
| ·质粒的转化 | 第55-57页 |
| ·质粒酶切鉴定 | 第57页 |
| ·序列的测定 | 第57页 |
| ·系统进化分析 | 第57-58页 |
| 二、实验结果 | 第58-61页 |
| 1.河南和湖北两省有偿供血人群中HIV-1的分子流行病学 | 第58-59页 |
| 2.新疆、北京等地HIV-1的分子流行病学 | 第59-61页 |
| 三、讨论 | 第61-65页 |
| 第五章 HIV-1耐药性突变检测 | 第65-90页 |
| 第一节.抗病毒治疗前耐药性突变分析 | 第66-85页 |
| 一、实验材料和方法 | 第66-71页 |
| 1.研究对象 | 第66-67页 |
| 2.实验试剂 | 第67-68页 |
| 3.实验方法 | 第68-71页 |
| ·血浆的分离 | 第68页 |
| ·血浆中病毒RNA的提取(High Pure Viral RNA Kit,Roche公司) | 第68页 |
| ·RT-PCR荧光定量PCR检测病毒载量(深圳匹基生物工程有限股份公司) | 第68-69页 |
| ·RT-PCR扩增与耐药性突变相关基因 | 第69-71页 |
| ·耐药性HIV-1基因型分析 | 第71页 |
| ·统计分析 | 第71页 |
| 二、实验结果 | 第71-81页 |
| 1.HIV-1毒株系统进化分析 | 第71-76页 |
| 2.与蛋白酶抑制剂相关的次突变 | 第76-77页 |
| 3.与蛋白酶抑制剂相关的主突变 | 第77-78页 |
| 4.与逆转录酶抑制剂相关的突变 | 第78-80页 |
| 5.病毒基因型与耐药性突变的关系 | 第80-81页 |
| 三、讨论 | 第81-85页 |
| 1.对HIV-1蛋白酶和逆转录酶的系统进化分析 | 第81-82页 |
| 2.耐药性突变 | 第82-85页 |
| 第二节 开展抗病毒治疗后湖北省HIV-1感染者中体内病毒耐药性突变分析 | 第85-90页 |
| 一、试验材料和方法 | 第85-86页 |
| 1.研究对象 | 第85页 |
| 2.实验试剂和方法 | 第85-86页 |
| 二、实验结果 | 第86-88页 |
| 1.RT片断的系统进化分析 | 第86页 |
| 2.耐药性突变株的产生 | 第86-88页 |
| 三、讨论 | 第88-90页 |
| 第三部分 研究总结 | 第90-93页 |
| 参考文献： | 第93-117页 |
| 博士期间发表论文 | 第117-118页 |
| 致谢 | 第118页 |
