| 中文摘要 | 第1-13页 |
| ABSTRACT | 第13-16页 |
| 一、文献综述 | 第16-42页 |
| 1． 藏鸡的特点和研究现状 | 第16-19页 |
| 2． 鸡基因组计划和基因图谱 | 第19-23页 |
| 3． 新基因的克隆方法 | 第23-24页 |
| 4． 鸡腿肌全长cDNA文库的构建及其 ESTs测序 | 第24-28页 |
| 4．1 组织和文库的选择 | 第24-25页 |
| 4．2 cDNA文库的构建方法和种类 | 第25-27页 |
| 4．3 文库质量鉴定和ESTs随机测序 | 第27-28页 |
| 5． 表达序列标签(ESTs)及其应用概况 | 第28-31页 |
| 5．1 EST概念和特点 | 第29-30页 |
| 5．2 ESTs的应用 | 第30-31页 |
| 6． 生物信息学研究内容与分析方法 | 第31-33页 |
| 7． 几个候选基因的研究现状 | 第33-38页 |
| 7．1 GH基因的研究现状 | 第34-35页 |
| 7．2 IGF-I基因的研究现状 | 第35-36页 |
| 7．3 Ghrelin基因的研究现状 | 第36页 |
| 7．4 两个新基因 Serf1和eIF3S9的研究现状 | 第36-38页 |
| 7．4．1 eIF3S9基因 | 第36-37页 |
| 7．4．2 Serf1基因 | 第37-38页 |
| 8． 遗传标记与 SNP检测方法 | 第38-42页 |
| 8．1 遗传标记 | 第38-40页 |
| 8．2 SNP检测方法 | 第40-42页 |
| 二、本研究的目的和意义 | 第42-44页 |
| 三、材料与方法 | 第44-70页 |
| 1． 材料 | 第44-49页 |
| 1．1 组织样品 | 第44-45页 |
| 1．2 DNA样品 | 第45-47页 |
| 1．3 主要试剂及配制 | 第47-48页 |
| 1．3．1 主要试剂和试剂盒 | 第47页 |
| 1．3．2 实验载体和菌株 | 第47页 |
| 1．3．3 主要试剂的配制 | 第47-48页 |
| 1．4 主要仪器设备 | 第48页 |
| 1．5 主要分子生物学与生物信息学软件 | 第48-49页 |
| 2． 方法 | 第49-70页 |
| 2．1 藏鸡腿肌全长cDNA文库的构建方法 | 第49-54页 |
| 2．1．1 总 RNA提取 | 第51页 |
| 2．1．2 mRNA纯化 | 第51页 |
| 2．1．3 cDNA合成、酶切及分级分离 | 第51-54页 |
| 2．1．3．1 cDNA第一链合成 | 第51-52页 |
| 2．1．3．2 LD PCR扩增cDNA | 第52页 |
| 2．1．3．3 酶切 | 第52-53页 |
| 2．1．3．4 cDNA的分级分离 | 第53-54页 |
| 2．1．4 cDNA与pBluescript Ⅱ SK~*载体连接、重组质粒的转化 | 第54页 |
| 2．2 藏鸡腿肌全长cDNA文库的 ESTs序列的生物信息学分析 | 第54-57页 |
| 2．3 对感兴趣的未知基因的 ESTs所对应的克隆子重测序与分析 | 第57页 |
| 2．4 RACE技术和克隆新基因全长及分析 | 第57-60页 |
| 2．4．1 RACE技术 | 第57-58页 |
| 2．4．2 应用 RACE技术获得新基因(eIF3S9和 Serf1)全长 | 第58-59页 |
| 2．4．3 新基因(EIF3S9和 Serf1)片段的生物信息学分析 | 第59页 |
| 2．4．4 RACE-PCR产物的纯化、克隆、鉴定与测序 | 第59-60页 |
| 2．5 几个候选基因的 SNP检测方法 | 第60-62页 |
| 2．5．1 PCR-RFLP | 第60页 |
| 2．5．2 改良 ASP | 第60-62页 |
| 2．6 鸡中几个候选基因的 SNP检测 | 第62-68页 |
| 2．6．1 IGF-I基因 | 第62-63页 |
| 2．6．2 GH基因 | 第63-64页 |
| 2．6．3 Ghrelin基因 | 第64-67页 |
| 2．6．4 新基因eIF3S6和 Serf1 | 第67-68页 |
| 2．7 候选基因与鸡生长性状的关联分析 | 第68-70页 |
| 四、结果 | 第70-133页 |
| 1． 藏鸡腿肌全长cDNA文库的构建与质量鉴定 | 第70-73页 |
| 1．1 藏鸡腿肌全长cDNA文库的构建 | 第70-72页 |
| 1．1．1 腿肌组织总 RNA提取与质量检测 | 第70-71页 |
| 1．1．2 m RNA的分离和纯化 | 第71页 |
| 1．1．3 cDNA第一链和第二链的合成、酶切与分级分离 | 第71-72页 |
| 1．2 文库质量鉴定 | 第72-73页 |
| 2． 文库插入片段的5’端随机测序及其初步分析 | 第73-75页 |
| 2．1 cDNA的5’端随机测序 | 第73页 |
| 2．2 ESTs序列的初步分析 | 第73-75页 |
| 3． ESTs的生物信息学分析与鉴定 | 第75-113页 |
| 3．1 ESTs序列的同源性比对 | 第75-87页 |
| 3．2 新 ESTs序列的全长标注 | 第87-92页 |
| 3．3 新 ESTs序列对应克隆子的重新测序和序列分析 | 第92-96页 |
| 3．4 不包含完整基因的 ESTs序列的电子延伸 | 第96-98页 |
| 3．5 电子延伸的 ESTs序列的全长鉴定与分析 | 第98-102页 |
| 3．6 包含完整基因或CDS的ESTs序列分析 | 第102-113页 |
| 3．6．1 核酸序列的生物信息学分析 | 第103-106页 |
| 3．6．2 蛋白质序列的生物信息学分析 | 第106-113页 |
| 4． 两条 EST序列的RACE结果 | 第113-114页 |
| 5． 几个基因的 SNP检测及其与鸡生长性状关联分析 | 第114-133页 |
| 5．1 GH基因内含子4的SNP及其与鸡生长性状的关联分析 | 第114-117页 |
| 5．1．1 PCR扩增结果和酶切结果及基因型分布 | 第114-116页 |
| 5．1．2 总体效应分析 | 第116页 |
| 5．1．3 品种间基因型效应分析 | 第116-117页 |
| 5．1．4 品种内基因型效应分析 | 第117页 |
| 5．2 IGF-I基因5’UTR的SNP及其与鸡生长性状的关联分析 | 第117-122页 |
| 5．2．1 PCR扩增和酶切结果 | 第117-118页 |
| 5．2．2 基因型频率和单倍型频率 | 第118-119页 |
| 5．2．3 两品种之间基因型和单倍型组合频率的x~2检验结果 | 第119-120页 |
| 5．2．4 总体效应分析 | 第120页 |
| 5．2．5 两品种间基因型效应分析 | 第120-121页 |
| 5．2．6 品种内基因型效应分析 | 第121-122页 |
| 5．3 Ghrelin基因 SNP及其与鸡生长性状关联分析 | 第122-128页 |
| 5．3．1 同源性比对分析 | 第122页 |
| 5．3．2 SNP检测结果 | 第122-124页 |
| 5．3．3 三个位点基因型频率、基因频率、单倍型频率与单倍型组合频率 | 第124-126页 |
| 5．3．4 品种和基因型或单倍型组合与鸡生长性状之间的关联分析 | 第126-128页 |
| 5．3．5 藏鸡生长相关的 M-ASP多态性标记快速检测试剂盒的构建 | 第128页 |
| 5．4 eIF3S9基因和 Seif1基因 SNP及其与鸡生长性状关联分析 | 第128-133页 |
| 5．4．1 eIF3S9基因SNP及其与鸡生长性状关联分析 | 第128-131页 |
| 5．4．2 Serf1基因SNP及其与鸡生长性状关联分析 | 第131-133页 |
| 五、讨论 | 第133-142页 |
| 1． 关于藏鸡腿肌的取样、RNA提取和全长cDNA文库构建 | 第133-134页 |
| 2． 关于 EST的生物信息学分析以及新基因的克隆与鉴定 | 第134-136页 |
| 3． 关于利用 EST序列查找 SNPs的方法 | 第136-137页 |
| 4． 关于改良ASP技术与多态性检测方法 | 第137-138页 |
| 5． 关于引物设计的想法 | 第138-139页 |
| 6． 关于基因与鸡生长性状的关联分析 | 第139-142页 |
| 六、小结 | 第142-144页 |
| 参考文献 | 第144-160页 |
| 在读期间发表论文题录、申请发明专利和参编专著 | 第160-162页 |
| 致谢 | 第162-163页 |
