| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 前言 | 第12-34页 |
| 1.1 丹参研究概况 | 第12-13页 |
| 1.1.1 丹参药用历史和资源情况 | 第12页 |
| 1.1.2 丹参次生代谢产物研究 | 第12页 |
| 1.1.3 丹参基因组研究进展 | 第12-13页 |
| 1.2 DNA测序 | 第13-17页 |
| 1.2.1 第一代测序技术 | 第13-14页 |
| 1.2.2 第二代测序技术 | 第14页 |
| 1.2.3 第三代测序技术 | 第14-16页 |
| 1.2.4 DNA测序技术发展趋势 | 第16-17页 |
| 1.3 高等植物细胞器基因组学研究 | 第17-31页 |
| 1.3.1 叶绿体 | 第17-25页 |
| 1.3.1.1 叶绿体的起源 | 第17-18页 |
| 1.3.1.2 叶绿体基因组结构及特点 | 第18-21页 |
| 1.3.1.3 叶绿体基因组的应用 | 第21-24页 |
| 1.3.1.4 叶绿体基因组测序方法 | 第24-25页 |
| 1.3.2 线粒体 | 第25-30页 |
| 1.3.2.1 线粒体的起源 | 第25页 |
| 1.3.2.2 线粒体基因组结构及特点 | 第25-29页 |
| 1.3.2.3 线粒体基因组的应用 | 第29页 |
| 1.3.2.4 线粒体基因组测序方法 | 第29-30页 |
| 1.3.3 植物叶绿体、线粒体和核基因组之间的序列迁移 | 第30-31页 |
| 1.4 本课题研究意义和创新 | 第31-34页 |
| 第二章 研究材料与方法 | 第34-48页 |
| 2.1 材料、试剂与设备 | 第34-35页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第34页 |
| 2.1.2 试剂 | 第34页 |
| 2.1.3 主要设备 | 第34-35页 |
| 2.2 方法 | 第35-48页 |
| 2.2.1 总DNA提取 | 第35-36页 |
| 2.2.2 总RNA提取 | 第36-37页 |
| 2.2.3 DNA测序 | 第37-40页 |
| 2.2.4 RNA测序 | 第40页 |
| 2.2.5 序列拼接与分析 | 第40-48页 |
| 第三章 结果与分析 | 第48-102页 |
| 3.1 丹参基因组和转录组测序数据 | 第48-49页 |
| 3.2 丹参细胞器基因组组装与验证 | 第49-53页 |
| 3.2.1 叶绿体基因组denovo组装策略 | 第49-51页 |
| 3.2.2 线粒体基因组denovo组装策略 | 第51-53页 |
| 3.3 丹参细胞器基因组分析 | 第53-102页 |
| 3.3.1 丹参叶绿体基因组 | 第53-76页 |
| 3.3.1.1 基本特征 | 第53-58页 |
| 3.3.1.2 重复序列分析 | 第58-61页 |
| 3.3.1.2.1 散在重复与串联重复序列 | 第58-59页 |
| 3.3.1.2.2 SSR分析 | 第59-61页 |
| 3.3.1.3 叶绿体基因组反向重复区的收缩与扩张 | 第61-62页 |
| 3.3.1.4 叶绿体比较基因组分析 | 第62-69页 |
| 3.3.1.4.1 基因组大小 | 第62-63页 |
| 3.3.1.4.2 基因组重排与序列相似性 | 第63-69页 |
| 3.3.1.5 叶绿体蛋白编码基因变异分析 | 第69-73页 |
| 3.3.1.6 系统进化分析 | 第73-76页 |
| 3.3.2 丹参线粒体基因组 | 第76-97页 |
| 3.3.2.1 基本特征 | 第76-81页 |
| 3.3.2.2 重复序列分析 | 第81-83页 |
| 3.3.2.2.1 散在重复序列 | 第81-83页 |
| 3.3.2.2.2 SSR分析 | 第83页 |
| 3.3.2.3 线粒体基因组重组分析 | 第83-86页 |
| 3.3.2.4 线粒体比较基因组分析 | 第86-97页 |
| 3.3.2.4.1 基因组大小、GC含量及重复序列 | 第88页 |
| 3.3.2.4.2 蛋白编码基因、内含子、tRNA、rRNA | 第88-93页 |
| 3.3.2.4.3 RNA编辑 | 第93-95页 |
| 3.3.2.4.4 序列相似性和基因顺序 | 第95-97页 |
| 3.3.3 丹参叶绿体与线粒体基因组比较和序列迁移 | 第97-102页 |
| 3.3.3.1 基因组比较 | 第97-98页 |
| 3.3.3.2 基因组间序列迁移 | 第98-102页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第102-108页 |
| 4.1 叶绿体基因组组装 | 第102页 |
| 4.2 线粒体基因组组装 | 第102-103页 |
| 4.3 丹参叶绿体基因组的组织结构 | 第103-104页 |
| 4.4 丹参线粒体基因组的组织结构 | 第104-105页 |
| 4.5 系统进化关系 | 第105页 |
| 4.6 线粒体重复序列介导的基因组重组 | 第105-106页 |
| 4.7 丹参细胞器基因组间的序列迁移 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-121页 |
| 缩略词 | 第121-122页 |
| 附录 | 第122-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 作者简历 | 第147页 |
