| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 ：引言 | 第13-36页 |
| 1.1 衰老研究的背景 | 第13-28页 |
| 1.1.1 衰老研究的进化学假说时代 | 第13-16页 |
| 1.1.2 衰老研究的遗传学分析时代 | 第16-23页 |
| 1.1.3 衰老研究的系统生物学时代 | 第23-28页 |
| 1.2 定量蛋白质组学介绍及研究进展 | 第28-34页 |
| 1.2.1 蛋白质组学的工作流程 | 第29页 |
| 1.2.2 多肽的鉴定 | 第29-31页 |
| 1.2.3 在蛋白质组学水平进行定量研究 | 第31-33页 |
| 1.2.4 进行定量蛋白质组学实验时需要考虑的几点关键因素 | 第33-34页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第34-36页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第36-63页 |
| 2.1 细菌菌株 | 第36页 |
| 2.2 线虫品系 | 第36页 |
| 2.3 线虫培养 | 第36-39页 |
| 2.3.1 线虫培养基所需试剂 | 第36-37页 |
| 2.3.2 线虫生长培养基的配制方法 | 第37页 |
| 2.3.3 HG琼脂培养基 | 第37-38页 |
| 2.3.4 M9溶液的配制 | 第38页 |
| 2.3.5 LB培养基的配制 | 第38页 |
| 2.3.6 线虫培养方法 | 第38-39页 |
| 2.4 线虫的同步化培养 | 第39-40页 |
| 2.5 N-15标记线虫的培养方法 | 第40-42页 |
| 2.6 线虫基因组DNA的提取 | 第42-44页 |
| 2.6.1 单条线虫基因组DNA提取 | 第42页 |
| 2.6.2 酚氯仿抽提法大量纯化线虫基因组DNA | 第42-44页 |
| 2.7 线虫总RNA提取以及cDNA合成 | 第44-47页 |
| 2.7.1 试剂及材料 | 第44页 |
| 2.7.2 线虫总RNA提取 | 第44-45页 |
| 2.7.3 使用DNaseI从提取的总RNA中去除DNA | 第45-46页 |
| 2.7.4 第一链cDNA合成 | 第46-47页 |
| 2.8 定量real-time PCR | 第47-48页 |
| 2.9 Feeding RNAi实验 | 第48-49页 |
| 2.9.1 实验试剂及材料 | 第48-49页 |
| 2.9.2 实验方法 | 第49页 |
| 2.10 线虫寿命的测定 | 第49-50页 |
| 2.11 使用FASP方法制备线虫蛋白质组样品 | 第50-54页 |
| 2.11.1 试剂及材料 | 第50-52页 |
| 2.11.2 实验步骤 | 第52-54页 |
| 2.12 色谱柱制备 | 第54-57页 |
| 2.12.1 试剂、材料及仪器 | 第54-55页 |
| 2.12.2 离线分离柱 | 第55-56页 |
| 2.12.3 预柱 | 第56页 |
| 2.12.4 分析柱 | 第56-57页 |
| 2.13 样品的离线分离 | 第57-58页 |
| 2.13.1 试剂与材料 | 第57页 |
| 2.13.2 实验方法 | 第57-58页 |
| 2.14 高效液相色谱方法 | 第58页 |
| 2.15 质谱方法 | 第58-59页 |
| 2.16 蛋白质鉴定 | 第59页 |
| 2.17 蛋白质定量 | 第59页 |
| 2.18 定量数据处理 | 第59-60页 |
| 2.19 判断蛋白质表达量变化是否依赖于DAF-16活性的标准 | 第60-61页 |
| 2.20 聚类分析 | 第61页 |
| 2.21 Gene Ontology富集分析 | 第61页 |
| 2.22 Gene Set Enrichment Analysis | 第61页 |
| 2.23 Promoter分析 | 第61-62页 |
| 2.24 3'UTR分析 | 第62页 |
| 2.25 网络拓扑特征分析 | 第62-63页 |
| 第三章 实验结果 | 第63-112页 |
| 3.1 秀丽线虫定量蛋白质组学方法的建立与优化 | 第63-75页 |
| 3.1.1 样品制备方法的优化 | 第63-65页 |
| 3.1.2 离线预分离方法的建立 | 第65-68页 |
| 3.1.3 质谱条件的优化 | 第68-72页 |
| 3.1.4 数据分析流程的特点 | 第72-75页 |
| 3.2 对胰岛素信号通路突变体线虫在蛋白质组水平上进行定量描绘 | 第75-83页 |
| 3.2.1 用作内参的线虫的N-15标记效率达到99% | 第75-76页 |
| 3.2.2 N-14、N-15混合比例接近1：1 | 第76-77页 |
| 3.2.3 定量蛋白质组结果概况 | 第77-78页 |
| 3.2.4 色谱与质谱方法具有很好的技术可重复性 | 第78-79页 |
| 3.2.5 样品和实验流程具有较好的生物可重复性 | 第79-81页 |
| 3.2.6 定量结果具有较高的蛋白质组覆盖率和可靠性 | 第81-83页 |
| 3.3 daf-2突变体线虫中的差异表达蛋白质富集了已知的寿命调控蛋白 | 第83-84页 |
| 3.4 DAF-16转录活性在重塑daf-2突变体线虫蛋白质组中的作用 | 第84-86页 |
| 3.5 转录后调控机制在重塑daf-2突变体线虫蛋白质组中的作用 | 第86-88页 |
| 3.6 只在蛋白质水平发生下调的基因拥有更为复杂的3'UTR结构 | 第88-90页 |
| 3.7 daf-2突变体中差异表达蛋白的功能富集分析 | 第90-92页 |
| 3.8 合成代谢过程在daf-2突变体线虫中受到广泛抑制 | 第92-100页 |
| 3.8.1 蛋白质翻译过程在daf-2突变体线虫中显著下降 | 第92-97页 |
| 3.8.2 RNA转录及剪接过程在daf-2突变体线虫中显著下降 | 第97-99页 |
| 3.8.3 蛋白酶体的组成蛋白在daf-2突变体线虫中全面下降 | 第99-100页 |
| 3.9 分解代谢过程在daf-2突变体线虫中得到全面提升 | 第100-103页 |
| 3.9.1 糖酵解途径相关的酶在daf-2突变体线虫中升高 | 第100-102页 |
| 3.9.2 脂肪酸分解途径相关的酶在daf-2突变体线虫中升高 | 第102-103页 |
| 3.9.3 多种氨基酸分解途径相关的酶在daf-2突变体线虫中升高 | 第103页 |
| 3.9.4 三大营养物质的分解代谢在daf-2突变体线虫中同时增强 | 第103页 |
| 3.10 核糖体RNA的转录后修饰过程参与寿命调节 | 第103-106页 |
| 3.11 daf-2突变体线虫中差异表达蛋白的网络拓扑特征分析 | 第106-108页 |
| 3.12 胰岛素信号通路调控蛋白的模块化分析 | 第108-112页 |
| 讨论 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-122页 |
| 附录 | 第122-133页 |
| 致谢 | 第133-135页 |
