| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 缩略词表 | 第8-15页 |
| 第一部分 文献综述及研究目的和意义 | 第15-24页 |
| 1 林麝的研究概况 | 第15页 |
| 2 林麝肺炎的研究概况 | 第15-16页 |
| 3 林麝肺源致病性大肠杆菌的研究概况 | 第16-17页 |
| 4 肠外致病性大肠杆菌毒力因子的研究概况 | 第17-18页 |
| 5 小鼠病理模型构建的意义 | 第18页 |
| 6 微生物基因组学研究进展 | 第18-23页 |
| 6.1 微生物基因组学的研究历史 | 第18-19页 |
| 6.2 微生物基因组测序技术的发展 | 第19-20页 |
| 6.3 微生物基因组研究的现状 | 第20-21页 |
| 6.4 微生物基因组学的应用 | 第21-23页 |
| 6.4.1 未知功能基因的鉴定 | 第21页 |
| 6.4.2 病原菌致病机理的研究 | 第21-22页 |
| 6.4.3 新型疫苗和药物的研发 | 第22页 |
| 6.4.4 微生物进化关系分析 | 第22-23页 |
| 6.4.5 微生物生物学功能图谱研究 | 第23页 |
| 7 研究的目的与意义 | 第23-24页 |
| 第二部分 研究内容 | 第24-62页 |
| 第一章 林麝LPEC O78感染BALB/c小鼠感染模型的建立 | 第24-34页 |
| 1 试验材料 | 第24页 |
| 1.1 菌株和试验动物 | 第24页 |
| 1.2 主要试剂 | 第24页 |
| 1.3 主要仪器 | 第24页 |
| 2 试验方法 | 第24-27页 |
| 2.1 林麝LPEC O78菌液的制备 | 第24-25页 |
| 2.2 小鼠LD_(50)的测定 | 第25页 |
| 2.3 林麝LPEC O78感染BALB/c小鼠模型的建立 | 第25-27页 |
| 2.3.1 动物试验及临床观察 | 第25页 |
| 2.3.2 样品的采集 | 第25-26页 |
| 2.3.3 血液生化指标测定 | 第26页 |
| 2.3.4 细菌感染情况的检测 | 第26页 |
| 2.3.5 病理组织切片的制备及HE染色 | 第26-27页 |
| 3 试验结果 | 第27-32页 |
| 3.1 小鼠LD_(50)试验 | 第27-28页 |
| 3.2 动物试验及临床观察 | 第28页 |
| 3.3 血液生化指标检测 | 第28-29页 |
| 3.4 细菌感染情况检测 | 第29-30页 |
| 3.5 小鼠的剖检及组织切片HE染色 | 第30-32页 |
| 4 讨论 | 第32-34页 |
| 4.1 动物感染模型的建立 | 第32页 |
| 4.2 病理组织学变化 | 第32-33页 |
| 4.3 生化指标变化 | 第33-34页 |
| 第二章 林麝LPEC O78的全基因组测序与分析 | 第34-62页 |
| 1 试验材料 | 第34-35页 |
| 1.1 试验菌株 | 第34页 |
| 1.2 主要试剂及培养基 | 第34页 |
| 1.3 主要仪器 | 第34页 |
| 1.4 基因组分析所用数据库及软件基本信息 | 第34-35页 |
| 2 试验方法 | 第35-40页 |
| 2.1 林麝LPEC O78的复苏与培养 | 第35页 |
| 2.2 林麝LPEC O78全基因组的提取 | 第35-36页 |
| 2.3 林麝LPEC O78全基因组的测序与组装 | 第36页 |
| 2.3.1 林麝LPEC O78全基因组Illumina Miseq测序 | 第36页 |
| 2.3.2 基因组序列的拼接和组装 | 第36页 |
| 2.4 林麝LPEC O78基因组分析流程图 | 第36-37页 |
| 2.5 林麝LPEC O78株基因组注释与分析 | 第37-38页 |
| 2.5.1 开放阅读框(ORF)的预测 | 第37页 |
| 2.5.2 基因功能的注释 | 第37页 |
| 2.5.3 非编码RNA的预测 | 第37页 |
| 2.5.4 序列类型(ST)的预测 | 第37页 |
| 2.5.5 前噬菌体的预测 | 第37-38页 |
| 2.5.6 毒力因子(VFs)的预测 | 第38页 |
| 2.5.7 其他元件的预测 | 第38页 |
| 2.5.8 注释信息的整合和提交 | 第38页 |
| 2.6 林麝LPEC O78基因组的进化分析 | 第38页 |
| 2.7 林麝LPEC O78比较基因组学分析 | 第38-40页 |
| 2.7.1 同源基因聚类比较分析 | 第39页 |
| 2.7.2 特有基因簇和核心基因簇的功能注释分析 | 第39-40页 |
| 3 试验结果 | 第40-56页 |
| 3.1 林麝LPEC O78基因组的基本特征 | 第40-43页 |
| 3.1.1 基因组测序的基本信息 | 第40页 |
| 3.1.2 基因组基本特征和结构 | 第40-41页 |
| 3.1.3 基因组中的插入序列的预测分析 | 第41-43页 |
| 3.2 基因组中前噬菌体的预测分析 | 第43-45页 |
| 3.3 序列类型分析 | 第45页 |
| 3.4 毒力因子分析 | 第45-46页 |
| 3.5 基因组进化分析 | 第46-48页 |
| 3.6 林麝LPEC O78比较基因组学分析 | 第48-56页 |
| 3.6.1 D群菌株同源基因聚类比较分析 | 第48-49页 |
| 3.6.2 D群菌株COG和GO数据库功能注释 | 第49-52页 |
| 3.6.3 O78血清型菌株同源基因聚类比较分析 | 第52-53页 |
| 3.6.4 O78血清型菌株COG和GO数据库功能分析 | 第53-56页 |
| 4 讨论 | 第56-62页 |
| 4.1 基因组测序策略 | 第56页 |
| 4.2 MLST的分型分析 | 第56-57页 |
| 4.3 前噬菌体分析 | 第57页 |
| 4.4 毒力基因分析 | 第57-59页 |
| 4.5 插入序列分析 | 第59页 |
| 4.6 进化关系分析 | 第59页 |
| 4.7 同源聚类分析 | 第59-60页 |
| 4.8 COG、GO功能注释分析 | 第60-62页 |
| 第三部分 结论 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-73页 |
| 致谢 | 第73-75页 |
| 附录 | 第75-87页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第87页 |
