| 致谢 | 第4-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-41页 |
| 1.1 软体动物贝壳 | 第16-24页 |
| 1.1.1 生物矿物 | 第16-17页 |
| 1.1.2 软体动物的贝壳微结构 | 第17-20页 |
| 1.1.3 合浦珠母贝贝壳结构特点 | 第20-24页 |
| 1.2 贝壳蛋白的分离鉴定与序列特征 | 第24-28页 |
| 1.2.1 贝壳蛋白的分离鉴定 | 第24-26页 |
| 1.2.2 贝壳蛋白的序列特征与分类 | 第26-28页 |
| 1.3 贝壳蛋白功能研究 | 第28-29页 |
| 1.4 贝壳形成模型 | 第29-34页 |
| 1.5 贝壳形成的细胞调控及相关通路 | 第34-39页 |
| 1.6 本研究目的和意义与研究展望 | 第39-41页 |
| 第二章 合浦珠母贝贝壳蛋白组学分析 | 第41-64页 |
| 2.1 引言 | 第41页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第41-44页 |
| 2.2.1 蛋白提取 | 第41-42页 |
| 2.2.2 蛋白质的分离和消化 | 第42-43页 |
| 2.2.3 LC-ESI-MS/MS | 第43页 |
| 2.2.4 数据分析 | 第43-44页 |
| 2.2.5 功能注释 | 第44页 |
| 2.2.6 贝壳同源基因筛选 | 第44页 |
| 2.3 结果 | 第44-57页 |
| 2.3.1 合浦珠母贝贝壳基质蛋白分离与鉴定 | 第44-50页 |
| 2.3.2 不同结晶层酸可溶性和酸不溶性蛋白含量分析 | 第50-55页 |
| 2.3.3 珍珠层与棱柱层基质蛋白的IPR富集 | 第55-57页 |
| 2.3.4 三种贝类贝壳蛋白的进化分析 | 第57页 |
| 2.4 讨论 | 第57-63页 |
| 2.4.1 结晶层共有基质蛋白 | 第58-59页 |
| 2.4.2 结晶层差异基质蛋白 | 第59-61页 |
| 2.4.3 三个贝类物种贝壳基质蛋白的比较 | 第61-63页 |
| 2.5 小结 | 第63-64页 |
| 第三章 合浦珠母贝贝壳蛋白（家族） | 第64-111页 |
| 3.1 酪氨酸酶（tyrosinase, Tyr） | 第64-92页 |
| 3.1.1 前言 | 第64页 |
| 3.1.2 实验材料与方法 | 第64-74页 |
| 3.1.3 结果 | 第74-88页 |
| 3.1.4 讨论 | 第88-91页 |
| 3.1.5 小结 | 第91-92页 |
| 3.2 类纤连蛋白（fibronectin-like protein, FLP） | 第92-102页 |
| 3.2.1 前言 | 第92页 |
| 3.2.2 实验材料与方法 | 第92-93页 |
| 3.2.3 结果 | 第93-99页 |
| 3.2.4 讨论 | 第99-101页 |
| 3.2.5 小结 | 第101-102页 |
| 3.3 珍珠层的无序蛋白 | 第102-111页 |
| 3.3.1 前言 | 第102-103页 |
| 3.3.2 实验材料与方法 | 第103页 |
| 3.3.3 结果 | 第103-108页 |
| 3.3.4 讨论 | 第108-110页 |
| 3.3.5 小结 | 第110-111页 |
| 第四章 WGCNA构建高温和酸化矿化基因的应激网络 | 第111-141页 |
| 4.1 引言 | 第111-112页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第112-114页 |
| 4.2.1 数据来源 | 第112页 |
| 4.2.2 WGCNA网络分析和模块的筛选 | 第112页 |
| 4.2.3 模块关键基因的筛选 | 第112页 |
| 4.2.4 探针与基因组CDS序列的对应 | 第112-113页 |
| 4.2.5 模块功能富集 | 第113页 |
| 4.2.6 酸化条件下矿化基因表达 | 第113-114页 |
| 4.3 结果 | 第114-135页 |
| 4.3.1 样品聚类 | 第114-115页 |
| 4.3.2 选择合适的阈值 | 第115-116页 |
| 4.3.3 基因共表达网络的构建 | 第116-117页 |
| 4.3.4 海洋环境变化响应模块的查找和功能富集 | 第117-131页 |
| 4.3.5 海水酸化对贝壳珍珠层和矿化基因表达的影响 | 第131-135页 |
| 4.4 讨论 | 第135-140页 |
| 4.5 小结 | 第140-141页 |
| 参考文献 | 第141-164页 |
| 附录 | 第164-167页 |
| 作者简历 | 第167页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第167页 |
