| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-20页 |
| 1.1 微生物基因组学 | 第12-14页 |
| 1.1.1 微生物基因组学发展现状 | 第12-13页 |
| 1.1.2 微生物基因组学研究内容 | 第13-14页 |
| 1.2 木质纤维素简介 | 第14-17页 |
| 1.2.1 木质纤维素结构及降解 | 第15页 |
| 1.2.2 木质纤维素降解菌的研究现状 | 第15-17页 |
| 1.2.3 木质素纤维素生物降解的应用 | 第17页 |
| 1.3 本研究的意义 | 第17-18页 |
| 1.4 本研究的创新点 | 第18-20页 |
| 第二章 木质纤维素降解菌的分离和筛选 | 第20-26页 |
| 2.1 引言 | 第20页 |
| 2.2 试验材料 | 第20-21页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第20-21页 |
| 2.2.2 试验主要试剂和仪器 | 第21页 |
| 2.2.3 培养基 | 第21页 |
| 2.3 试验方法 | 第21-22页 |
| 2.3.1 样品处理和初筛 | 第21-22页 |
| 2.3.2 复筛 | 第22页 |
| 2.3.3 菌株纯化 | 第22页 |
| 2.4 木质纤维素降解菌的分离和筛选结果 | 第22-25页 |
| 2.5 本章小结 | 第25-26页 |
| 第三章 菌株S12的菌种鉴定和酶活测定 | 第26-38页 |
| 3.1 引言 | 第26页 |
| 3.2 试验试剂与仪器 | 第26-27页 |
| 3.2.1 试验主要试剂 | 第26-27页 |
| 3.2.2 试验主要仪器 | 第27页 |
| 3.3 菌种鉴定 | 第27-30页 |
| 3.4 木质素降解酶活力测定 | 第30-32页 |
| 3.4.1 漆酶(Lac)活力测定 | 第30-31页 |
| 3.4.2 锰过氧化物酶(MnP)活力测定MnP只能氧化酚型木质素。 | 第31-32页 |
| 3.5 纤维素降解酶活力测定 | 第32-33页 |
| 3.5.1 试剂配制 | 第32页 |
| 3.5.2 标准曲线绘制 | 第32-33页 |
| 3.5.3 滤纸酶(FPA)活力测定 | 第33页 |
| 3.5.4 羧甲基纤维素酶(CMCase)活力测定 | 第33页 |
| 3.6 菌株S12的菌种鉴别和酶活测定结果 | 第33-37页 |
| 3.6.1 菌种鉴定 | 第33-34页 |
| 3.6.2 酶活测定结果比较 | 第34-37页 |
| 3.7 本章小结 | 第37-38页 |
| 第四章 菌株S12等的全基因组测序与注释 | 第38-66页 |
| 4.1 引言 | 第38页 |
| 4.2 试验试剂与仪器 | 第38-39页 |
| 4.2.1 试验主要试剂 | 第38页 |
| 4.2.2 试验主要仪器 | 第38-39页 |
| 4.3 全基因组测序 | 第39-41页 |
| 4.3.1 菌株培养 | 第39页 |
| 4.3.2 gDNA样品准备 | 第39页 |
| 4.3.3 2×300 Miseq library测序 | 第39-40页 |
| 4.3.4 8-kb paired-end library测序 | 第40-41页 |
| 4.4 测序数据的组装 | 第41-45页 |
| 4.4.1 测序原始数据过滤 | 第41页 |
| 4.4.2 测序数据组装 | 第41-45页 |
| 4.5 基因组注释 | 第45-46页 |
| 4.5.1 基因组功能注释 | 第45页 |
| 4.5.2 基因组其他功能分析 | 第45-46页 |
| 4.5.3 菌株S12与几株细菌的基因组比较分析 | 第46页 |
| 4.6 全基因组测序和组装结果 | 第46-47页 |
| 4.7 基因组注释结果 | 第47-63页 |
| 4.7.1 PGAAP注释结果 | 第47-48页 |
| 4.7.2 COG注释和功能分类 | 第48-49页 |
| 4.7.3 KEGG代谢通路分类及基因预测 | 第49-54页 |
| 4.7.4 基因组其他比对分析结果 | 第54-57页 |
| 4.7.5 几个细菌的共有基因维恩图 | 第57-60页 |
| 4.7.6 菌株S12的CsrA分析 | 第60-63页 |
| 4.8 本章小结 | 第63-66页 |
| 第五章 菌株S12木质素降解相关基因表达量的分析 | 第66-84页 |
| 5.1 引言 | 第66-68页 |
| 5.2 试验试剂与仪器 | 第68页 |
| 5.2.1 试验主要试剂 | 第68页 |
| 5.2.2 试验主要仪器 | 第68页 |
| 5.3 木质素化合物降解相关基因的比对 | 第68-69页 |
| 5.4 菌株S12在不同碳源培养基上的生长 | 第69-71页 |
| 5.4.1 培养基 | 第69-70页 |
| 5.4.2 生长情况统计 | 第70-71页 |
| 5.5 荧光定量RT-PCR标准品的制备 | 第71-74页 |
| 5.5.1 16S rRNA基因V3片段的获得 | 第71-72页 |
| 5.5.2 质粒标准品的制备 | 第72-74页 |
| 5.6 荧光定量RT-PCR样品的准备 | 第74-76页 |
| 5.6.1 总RNA的提取 | 第74-75页 |
| 5.6.2 反转录 | 第75-76页 |
| 5.7 荧光定量RT-PCR | 第76-79页 |
| 5.7.1 绝对定量标准曲线的制备 | 第76-78页 |
| 5.7.2 荧光定量PCR样品的C_t值测定 | 第78-79页 |
| 5.8 荧光定量RT-PCR结果 | 第79-80页 |
| 5.9 本章小结 | 第80-84页 |
| 全文总结 | 第84-88页 |
| 参考文献 | 第88-96页 |
| 附录 | 第96-102页 |
| 致谢 | 第102-104页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第104页 |
