| 本研究主要创新点 | 第5-9页 |
| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第13-40页 |
| 1. 鼠伤寒沙门氏菌及其毒力调控介绍 | 第13-18页 |
| 1.1. 鼠伤寒沙门氏菌与人类健康 | 第13页 |
| 1.2. 鼠伤寒沙门氏菌致病机制 | 第13-15页 |
| 1.3. 鼠伤寒沙门氏菌二元调控系统 | 第15-17页 |
| 1.4. H-NS介绍 | 第17-18页 |
| 2. 细菌蛋白磷酸化研究 | 第18-27页 |
| 2.1. 细菌蛋白磷酸化研究现状 | 第18-22页 |
| 2.2. 细菌蛋白激酶 | 第22-27页 |
| 3. 基于生物质谱的蛋白质组学 | 第27-40页 |
| 3.1. 液相色谱-质谱联用仪 | 第27-33页 |
| 3.1.1. 液相色谱-质谱联用仪概述 | 第27页 |
| 3.1.2. 离子源 | 第27-28页 |
| 3.1.3. 质量分析器 | 第28-30页 |
| 3.1.4. 串联质谱 | 第30-33页 |
| 3.2. 蛋白质组学 | 第33-40页 |
| 3.2.1. 蛋白质组学概述 | 第33-34页 |
| 3.2.2. 蛋白质组学标记技术 | 第34-35页 |
| 3.2.3. 磷酸化蛋白质组学 | 第35-37页 |
| 3.2.4. 靶向蛋白质组学 | 第37-40页 |
| 第二章 鼠伤寒沙门氏菌磷酸化蛋白组及H-NS磷酸化功能研究 | 第40-80页 |
| 1. PhoP/PhoQ二元调控系统对鼠伤寒沙门氏菌磷酸化蛋白组的调控 | 第40-53页 |
| 1.1. 引言 | 第40-41页 |
| 1.2. 材料和方法 | 第41-45页 |
| 1.2.1. 细菌培养 | 第41页 |
| 1.2.2. 细菌蛋白提取、酶解、脱盐 | 第41-42页 |
| 1.2.3. 双甲基化标记 | 第42-43页 |
| 1.2.4. 强阳离子交换层析分离(SCX)、二氧化钛富集 | 第43-44页 |
| 1.2.5. 质谱分析 | 第44页 |
| 1.2.6. 生物信息学分析 | 第44-45页 |
| 1.3. 结果与讨论 | 第45-53页 |
| 1.3.1. 鼠伤寒沙门氏菌中磷酸化蛋白质的鉴定 | 第45-49页 |
| 1.3.2. 各组中磷酸化位点分析 | 第49-53页 |
| 2. 鼠伤寒沙门氏菌H-NS蛋白的磷酸化功能研究 | 第53-80页 |
| 2.1. 引言 | 第53页 |
| 2.2. 材料与方法 | 第53-62页 |
| 2.2.1. 磷酸化位点的鉴定 | 第53-55页 |
| 2.2.2. 点突变菌株以及质粒的构建 | 第55-57页 |
| 2.2.3. 运用蛋白质组学方法研究H-NS Thr-13磷酸化的功能 | 第57-58页 |
| 2.2.4. 细菌运动性实验 | 第58页 |
| 2.2.5. 细菌侵染巨噬细胞实验 | 第58页 |
| 2.2.6. β-galactosidase测定 | 第58-59页 |
| 2.2.7. Western Blotting | 第59页 |
| 2.2.8. 染色质免疫共沉淀 | 第59-60页 |
| 2.2.9. 蛋白质交联实验 | 第60-61页 |
| 2.2.10. 胰蛋白酶酶切实验 | 第61-62页 |
| 2.3. 实验结果 | 第62-76页 |
| 2.3.1. H-NS上两个磷酸化位点的鉴定 | 第62-64页 |
| 2.3.2. Thr-13的磷酸化调控运动性、趋化性和SPI-1基因的表达 | 第64-67页 |
| 2.3.3. Thr-13的磷酸化解除了H-NS对PhoP/PhoQ下游某些基因转录的抑制作用 | 第67-69页 |
| 2.3.4. Tyr-97的磷酸化解除了H-NS对PhoP/PhoQ下游某些基因转录的抑制作用 | 第69-71页 |
| 2.3.5. Tyr-97的磷酸化导致H-NS降解 | 第71-72页 |
| 2.3.6. 在hns-HA T13E菌株中H-NS结合DNA的能力减弱 | 第72-73页 |
| 2.3.7. 在hns-HA T13E菌株中H-NS形成二聚体的能力减弱 | 第73页 |
| 2.3.8. 在hns-HA T13E菌株中H-NS构象发生了变化 | 第73-74页 |
| 2.3.9. 寻找H-NS的激酶 | 第74-76页 |
| 2.4. 结果讨论 | 第76-80页 |
| 第三章 运用靶向蛋白质组学方法研究鼠伤寒沙门氏菌PhoP/PhoQ二元调控系统 | 第80-100页 |
| 1. 引言 | 第80-81页 |
| 2. 材料与方法 | 第81-84页 |
| 2.1. 细菌构建及培养 | 第81页 |
| 2.2. 蛋白提取、酶解、标记 | 第81-82页 |
| 2.3. 建立双甲基标记的鼠伤寒沙门氏菌肽段谱图文库 | 第82页 |
| 2.4. SRM方法的建立 | 第82-83页 |
| 2.5. MIDAS | 第83页 |
| 2.6. Western Blotting | 第83-84页 |
| 3. 结果与讨论 | 第84-100页 |
| 3.1. Time-scheduled SRM方法的建立 | 第84-90页 |
| 3.2. PhoP/PhoQ激活蛋白在不同的Mg~(2+)浓度梯度下的动态变化 | 第90-92页 |
| 3.3. PhoP/PhoQ激活蛋白在不同的激活时间下的动态变化 | 第92-94页 |
| 3.4. 其他一些蛋白的动态变化 | 第94-100页 |
| 第四章 总结与展望 | 第100-103页 |
| 参考文献 | 第103-116页 |
| 中英文对照表 | 第116-118页 |
| 附表 | 第118-136页 |
| 读博期间发表的科研成果 | 第136-137页 |
| 致谢 | 第137页 |
