| 摘要 | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-28页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-11页 |
| 1.2 猪肉质性状概述 | 第11-13页 |
| 1.2.1 度量猪肉质性状的常用指标 | 第11-12页 |
| 1.2.2 影响猪肉质的因素 | 第12-13页 |
| 1.3 肌纤维和眼肌面积的研究现状 | 第13-18页 |
| 1.3.1 肌纤维组织学对肉质的影响 | 第13页 |
| 1.3.2 肌纤维的类型 | 第13-15页 |
| 1.3.3 家畜的肌纤维生长发育规律 | 第15页 |
| 1.3.4 影响畜禽肌纤维性状的因素 | 第15-17页 |
| 1.3.5 眼肌面积的研究现状 | 第17-18页 |
| 1.4 鉴定主效基因的几种主要方法 | 第18-22页 |
| 1.4.1 基因组扫描(Genome scanning)法 | 第18-20页 |
| 1.4.2 候选基因(Candidate gene)法 | 第20-21页 |
| 1.4.3 全基因组关联分析(GWAS)法 | 第21-22页 |
| 1.4.4 肌纤维和眼肌面积的QTL研究现状 | 第22页 |
| 1.5 全基因组关联分析的研究进展 | 第22-27页 |
| 1.5.1 全基因组关联分析的优势及现状 | 第22-23页 |
| 1.5.2 影响全基因组关联分析准确性的因素 | 第23-24页 |
| 1.5.3 全基因组关联分析在动物育种中的应用现状 | 第24-25页 |
| 1.5.4 全基因组关联分析在人类复杂疾病中的研究成果 | 第25-26页 |
| 1.5.5 全基因组关联分析中存在的一些问题 | 第26页 |
| 1.5.6 全基因组关联分析的展望 | 第26-27页 |
| 1.6 研究目的及意义 | 第27-28页 |
| 第二章 材料与方法 | 第28-39页 |
| 2.1 试验材料 | 第28-31页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第28-29页 |
| 2.1.2 组织样品采集与保存 | 第29页 |
| 2.1.3 主要试剂和溶液配制 | 第29-31页 |
| 2.2 试验方法 | 第31-36页 |
| 2.2.1 试验程序 | 第31页 |
| 2.2.2 肌纤维组织学性状与眼肌面积的测定以及记录 | 第31-33页 |
| 2.2.3 猪基因组DNA的提取与检测 | 第33-34页 |
| 2.2.4 SNP基因型的判定 | 第34-36页 |
| 2.3 数据整理与分析 | 第36-39页 |
| 2.3.1 表型数据分析 | 第36页 |
| 2.3.2 全基因组关联分析 | 第36-37页 |
| 2.3.3 单倍型分析 | 第37-38页 |
| 2.3.4 群体分层 | 第38页 |
| 2.3.5 基因注释与位置候选基因的搜寻 | 第38-39页 |
| 第三章 结果与分析 | 第39-61页 |
| 3.1 基因组DNA的检测 | 第39-40页 |
| 3.1.1 基因组DNA的琼脂糖凝胶电泳检测 | 第39页 |
| 3.1.2 基因组DNA的核酸分析仪检测 | 第39-40页 |
| 3.2 肌纤维和眼肌面积性状表型数据分析结果 | 第40-41页 |
| 3.2.1 性状表型值的描述性统计分析(Descriptive analysis) | 第40页 |
| 3.2.2 各性状间的相关性 | 第40-41页 |
| 3.3 SNP质控结果 | 第41-43页 |
| 3.3.1 全基因组SNP分型 | 第41-42页 |
| 3.3.2 基因型质量控制(Quality control,QC) | 第42-43页 |
| 3.4 肌纤维和眼肌面积性状全基因组关联分析结果 | 第43-50页 |
| 3.4.1 不同染色体的显著水平 | 第43-44页 |
| 3.4.2 肌纤维和眼肌面积性状的GWAS结果 | 第44-50页 |
| 3.5 群体分层评估结果 | 第50-52页 |
| 3.6 肌纤维和眼肌面积性状GWAS显著SNPs的功能注释 | 第52-58页 |
| 3.6.1 肌纤维组织学性状 | 第52-55页 |
| 3.6.2 眼肌面积GWAS结果 | 第55-58页 |
| 3.7 单倍型分析结果 | 第58-61页 |
| 第四章 讨论与分析 | 第61-76页 |
| 4.1 关于群体分层 | 第61页 |
| 4.2 关于单倍型 | 第61-63页 |
| 4.3 关于全基因组关联分析方法 | 第63-66页 |
| 4.3.1 GWAS的应用前提与注意事项 | 第63-64页 |
| 4.3.2 GWAS的局限性 | 第64-66页 |
| 4.4 关于全基因组关联分析结果 | 第66-71页 |
| 4.4.1 肌纤维组织学性状GWAS | 第66-69页 |
| 4.4.2 关于眼肌面积性状的GWAS | 第69-71页 |
| 4.5 关键候选基因 | 第71-76页 |
| 4.5.1 一些候选基因在其他物种上的功能 | 第71-72页 |
| 4.5.2 MYH家族 | 第72-73页 |
| 4.5.3 SLC家族 | 第73-76页 |
| 第五章 结论 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-88页 |
| Abstract | 第88-90页 |
| 致谢 | 第92-93页 |
| 博士期间发表的论文及所获奖励 | 第93页 |
