| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 文献综述 | 第10-20页 |
| 1.1 植物CMS的生理生化研究 | 第10-11页 |
| 1.2 植物CMS败育机制的研究 | 第11-13页 |
| 1.2.1 线粒体与CMS | 第12-13页 |
| 1.2.2 核质互作与CMS | 第13页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第13-15页 |
| 1.4 可变剪接 | 第15-19页 |
| 1.4.1 可变剪接类型 | 第15-16页 |
| 1.4.2 可变剪接的调控 | 第16-17页 |
| 1.4.3 可变剪接的生物学意义 | 第17-18页 |
| 1.4.4 可变剪接的序列保守性和相邻内含子外显子长度 | 第18-19页 |
| 1.5 新转录本 | 第19-20页 |
| 2 研究的目的意义与技术路线 | 第20-21页 |
| 2.1 目的意义 | 第20页 |
| 2.2 技术路线 | 第20-21页 |
| 3 材料与方法 | 第21-34页 |
| 3.1 材料 | 第21页 |
| 3.2 方法 | 第21-22页 |
| 3.2.1 Illumina/Solexa技术测序流程 | 第21-22页 |
| 3.2.2 数据过滤及与参考序列比对 | 第22页 |
| 3.3 基因表达量及差异表达基因的鉴定 | 第22-23页 |
| 3.4 可变剪接分析 | 第23-28页 |
| 3.4.1 可变剪接位点 | 第24-27页 |
| 3.4.2 可变剪接事件分析 | 第27页 |
| 3.4.3 剪接位点序列保守性分析 | 第27页 |
| 3.4.4 可变剪接外显子长度分析 | 第27-28页 |
| 3.5 候选基因分析 | 第28页 |
| 3.6 新转录本分析 | 第28-29页 |
| 3.6.1 新转录本鉴定及组装 | 第28-29页 |
| 3.6.2 新转录本的功能注释 | 第29页 |
| 3.7 RT-PCR验证可变剪接和新转录本 | 第29-34页 |
| 3.7.1 DNA的提取 | 第29-30页 |
| 3.7.2 总RNA的提取 | 第30-31页 |
| 3.7.3 cDNA第一链的合成 | 第31页 |
| 3.7.4 RT-PCR验证可变剪接事件 | 第31-33页 |
| 3.7.5 RT-PCR验证新转录本 | 第33页 |
| 3.7.6 RT-PCR验证花粉发育相关基因的剪接异构体 | 第33-34页 |
| 4 结果与分析 | 第34-54页 |
| 4.1 DNA的检测 | 第34页 |
| 4.2 RNA的检测 | 第34-35页 |
| 4.3 cDNA的检测 | 第35-36页 |
| 4.4 可变剪接事件分析 | 第36-37页 |
| 4.5 可变剪接的验证 | 第37-39页 |
| 4.5.1 内含子保留型 | 第38页 |
| 4.5.2 外显子跳跃型 | 第38-39页 |
| 4.6 剪接位点序列保守性 | 第39-42页 |
| 4.7 可变剪接外显子长度 | 第42-43页 |
| 4.8 候选基因的分析及验证 | 第43-49页 |
| 4.8.1 候选基因的分析 | 第43-46页 |
| 4.8.2 候选基因的验证 | 第46-49页 |
| 4.9 新转录本分析及验证 | 第49-54页 |
| 4.9.1 新转录本的分析 | 第49-52页 |
| 4.9.2 新转录本的验证 | 第52-54页 |
| 5 讨论 | 第54-59页 |
| 5.1 可变剪接机制的推测 | 第54-55页 |
| 5.2 全基因组可变剪接的研究方法 | 第55-57页 |
| 5.3 新转录本的预测 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 附录 | 第66-69页 |
