| 摘要 | 第4-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第20-41页 |
| 1.1 跨膜蛋白简介 | 第20-25页 |
| 1.1.1 α-螺旋跨膜蛋白相互作用机制 | 第20-23页 |
| 1.1.1.1 GXXXG基序 | 第21页 |
| 1.1.1.2 亮氨酸拉链 | 第21-22页 |
| 1.1.1.3 极性残基基序 | 第22-23页 |
| 1.1.2 跨膜蛋白间相互作用的检测手段 | 第23-25页 |
| 1.1.2.1 二硫键交换 | 第23页 |
| 1.1.2.2 荧光能量共振转移 | 第23-24页 |
| 1.1.2.3 TOXCAT系统 | 第24-25页 |
| 1.2 激活型免疫受体复合物DAP12-NKG2C简介 | 第25-29页 |
| 1.2.1 自然杀伤细胞受体 | 第25-26页 |
| 1.2.2 DAP12简介 | 第26-28页 |
| 1.2.3 NKG2家族简介 | 第28-29页 |
| 1.3 脂筏简介 | 第29-35页 |
| 1.3.1 脂筏的结构 | 第29-31页 |
| 1.3.2 脂筏的信号转导功能及其与疾病的关系 | 第31-33页 |
| 1.3.3 自然杀伤细胞中的脂筏结构 | 第33-34页 |
| 1.3.4 PIP2在脂筏结构中的信号调控 | 第34-35页 |
| 1.4 跨膜蛋白的分子动力学模拟 | 第35-39页 |
| 1.4.1 分子动力学模拟 | 第36-37页 |
| 1.4.2 跨膜蛋白在双分子层中的分子动力学模拟 | 第37-39页 |
| 1.5 本论文研究目的与意义 | 第39-40页 |
| 1.6 本论文主要研究内容 | 第40-41页 |
| 第二章 DAP12跨膜区二聚自组装研究 | 第41-73页 |
| 2.1 引言 | 第41-42页 |
| 2.2 实验部分 | 第42-59页 |
| 2.2.1 实验药品与材料 | 第42-43页 |
| 2.2.2 实验仪器 | 第43-44页 |
| 2.2.3 DAP12跨膜区嵌合体序列 | 第44-45页 |
| 2.2.4 DAP12嵌合体引物序列 | 第45-46页 |
| 2.2.5 缓冲液及培养基配制 | 第46-48页 |
| 2.2.6 实验方法 | 第48-59页 |
| 2.2.6.1 TOXCAT嵌合体构建 | 第48-51页 |
| 2.2.6.2 CAT活性定量测定二聚相互作用 | 第51-52页 |
| 2.2.6.3 MalE实验 | 第52-53页 |
| 2.2.6.4 Western blot实验 | 第53-54页 |
| 2.2.6.5 Fmoc法固相合成DAP12跨膜区多肽 | 第54-56页 |
| 2.2.6.6 DAP12跨膜区多肽的分析与制备 | 第56-57页 |
| 2.2.6.7 圆二色谱(CD)实验 | 第57-58页 |
| 2.2.6.8 聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)实验 | 第58-59页 |
| 2.3 实验结果及讨论 | 第59-72页 |
| 2.3.1 DAP12跨膜区及其突变体的TOXCAT嵌合体构建 | 第59-62页 |
| 2.3.2 不同长度DAP12跨膜区嵌合体的二聚活性测定 | 第62-64页 |
| 2.3.3 DAP12跨膜区野生型嵌合体的TOXCAT特定位点突变研究 | 第64-66页 |
| 2.3.4 MalE互补实验结果 | 第66-67页 |
| 2.3.5 Western Blot实验结果 | 第67-68页 |
| 2.3.6 DAP12跨膜区野生型多肽的RP-HPLC分析结果 | 第68-69页 |
| 2.3.7 DAP12跨膜区野生型多肽的质谱鉴定结果 | 第69页 |
| 2.3.8 DAP12跨膜区野生型多肽的RP-HPLC制备结果 | 第69-70页 |
| 2.3.9 DAP12跨膜区野生型多肽的CD分析结果 | 第70-71页 |
| 2.3.10 DAP12跨膜区野生型多肽的SDS-PAGE结果 | 第71-72页 |
| 2.4 本章小结 | 第72-73页 |
| 第三章 DAP12跨膜区二聚自组装分子动力学模拟研究 | 第73-96页 |
| 3.1 引言 | 第73-74页 |
| 3.2 模拟体系构建以及参数设定 | 第74-84页 |
| 3.2.1 GROMACS模拟软件 | 第74-79页 |
| 3.2.1.1 周期性边界条件 | 第75-76页 |
| 3.2.1.2 组的设置 | 第76-77页 |
| 3.2.1.3 GROMACS常用文件格式 | 第77页 |
| 3.2.1.4 GROMACS模拟跨膜蛋白的一般步骤 | 第77-79页 |
| 3.2.2 Martini粗粒化力场 | 第79-81页 |
| 3.2.2.1 Martini水分子 | 第79-80页 |
| 3.2.2.2 Martini脂分子 | 第80页 |
| 3.2.2.3 Martini蛋白模型 | 第80-81页 |
| 3.2.3 DAP12跨膜区自组装序列 | 第81页 |
| 3.2.4 DAP12跨膜区自组装模拟参数设置 | 第81-84页 |
| 3.2.4.1 粗粒化模拟参数设置 | 第81-82页 |
| 3.2.4.2 粗粒化结构转化全原子结构设置 | 第82-83页 |
| 3.2.4.3 全原子模拟参数设置 | 第83-84页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第84-95页 |
| 3.3.1 DAP12跨膜区野生型在DPPC膜中二聚自组装粗粒化模拟研究 | 第84-88页 |
| 3.3.2 DAP12-WT跨膜区二聚体全原子模拟研究 | 第88-91页 |
| 3.3.3 DAP12跨膜区突变体二聚相互作用粗粒化模拟研究 | 第91-95页 |
| 3.4 本章小结 | 第95-96页 |
| 第四章 DAP12-NKG2C跨膜区自组装机制分子动力学模拟 | 第96-117页 |
| 4.1 引言 | 第96-97页 |
| 4.2 模拟体系的搭建及参数设定 | 第97-100页 |
| 4.2.1 DAP12-NKG2C跨膜区自组装序列选择 | 第97页 |
| 4.2.2 DAP12-NKG2C跨膜区自组装模拟体系 | 第97页 |
| 4.2.3 DAP12-NKG2C跨膜区自组装模拟参数设置 | 第97-100页 |
| 4.2.3.1 粗粒化模拟参数设置 | 第97-98页 |
| 4.2.3.2 粗粒化结构转化全原子结构设置 | 第98页 |
| 4.2.3.3 全原子模拟参数设置 | 第98-100页 |
| 4.3 实验结果与讨论 | 第100-116页 |
| 4.3.1 DAP12-NKG2C跨膜区野生型自组装的粗粒化模拟 | 第100-106页 |
| 4.3.2 DAP12-NKG2C跨膜区自组装的全原子模拟研究 | 第106-109页 |
| 4.3.3 DAP12-NKG2C跨膜区突变体三聚相互作用粗粒化模拟研究 | 第109-112页 |
| 4.3.4 DAP12-NKG2C跨膜区形成四聚体的可能性探讨 | 第112-116页 |
| 4.4 本章小结 | 第116-117页 |
| 第五章 DAP12-NKG2C在混合膜中自组装分子动力学模拟 | 第117-130页 |
| 5.1 引言 | 第117-118页 |
| 5.2 脂筏模拟体系构建及参数设置 | 第118-120页 |
| 5.2.1 DAP12-NKG2C在混合膜中自组装序列选择 | 第118页 |
| 5.2.2 DAP12-NKG2C在混合膜中自组装模拟体系 | 第118页 |
| 5.2.3 DAP12-NKG2C在混合膜中自组装模拟参数设置 | 第118-120页 |
| 5.3 实验结果与讨论 | 第120-128页 |
| 5.3.1 脂筏结构的形成及分析 | 第120-123页 |
| 5.3.2 DAP12-NKG2C在脂筏环境中的定位 | 第123-126页 |
| 5.3.3 PIP2对DAP12-NKG2C信号转导的调控作用 | 第126-128页 |
| 5.4 本章小结 | 第128-130页 |
| 第六章 总结与展望 | 第130-132页 |
| 参考文献 | 第132-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
| 研究成果及发表的学术论文 | 第143-144页 |
| 作者简介 | 第144-145页 |
| 导师简介 | 第145-146页 |
| 附件 | 第146-147页 |
