| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第13-19页 |
| 1.1 背景介绍:生物学问题的物理描述 | 第13-16页 |
| 1.1.1 蛋白质和细胞功能 | 第13-14页 |
| 1.1.2 蛋白质折叠和能量面理论 | 第14-15页 |
| 1.1.3 分子动力学模拟 | 第15-16页 |
| 1.2 蛋白质MD模拟中的模型问题 | 第16-17页 |
| 1.3 本文主要研究内容 | 第17-19页 |
| 第二章 全原子简化模型(All-Atom Go model)的原理与实现 | 第19-27页 |
| 2.1 All-Atom Go model的原理机制 | 第19-22页 |
| 2.1.1 参与相互作用的最小运动单元 | 第19-20页 |
| 2.1.2 系统考虑哪些相互作用 | 第20页 |
| 2.1.3 系统势函数的构造 | 第20-22页 |
| 2.1.4 侧链的刚体化处理 | 第22页 |
| 2.2 All-Atom Go model的具体实现流程和方法 | 第22-27页 |
| 2.2.1 文件的读取和初始化 | 第22-23页 |
| 2.2.2 关于盒子的构造和元胞的划分 | 第23页 |
| 2.2.3 根据势函数计算相互作用 | 第23-24页 |
| 2.2.4 运动方程 | 第24页 |
| 2.2.5 原子移动方式——数值积分方法 | 第24-25页 |
| 2.2.6 参数的选择 | 第25-27页 |
| 第三章 全原子简化模型用以模拟WW Domain的动力学、热力学及溶剂效应机制 | 第27-47页 |
| 3.1 引言:关于WW Domain和溶剂效应 | 第27-33页 |
| 3.1.1 本文研究对象——WW Domain | 第27-28页 |
| 3.1.2 为何使用全原子Go模型研究WW Domain | 第28-29页 |
| 3.1.3 具体选用的蛋白质 | 第29-30页 |
| 3.1.4 溶剂效应的原理机制 | 第30-33页 |
| 3.2 WW Domain的MD模拟结果 | 第33-42页 |
| 3.2.1 长达23微秒的平衡模拟轨迹 | 第33-35页 |
| 3.2.2 WW Domain的动力学性质 | 第35-39页 |
| 3.2.3 WW Domain的热力学性质 | 第39-42页 |
| 3.3 溶剂效应对于WW Domain的影响 | 第42-47页 |
| 3.3.1 变性剂在热力学方面的影响 | 第42页 |
| 3.3.2 变性剂在动力学方面的影响 | 第42-47页 |
| 第四章 蛋白质平衡态轨迹的统计分析研究 | 第47-51页 |
| 4.1 归一化自动关联函数 | 第47-48页 |
| 4.2 归一化自动关联函数的研究意义 | 第48页 |
| 4.3 全原子Go模拟结果计算关联函数 | 第48页 |
| 4.4 cafemol简化模型模拟结果计算关联函数 | 第48-51页 |
| 第五章 总结与展望 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
