| 符号说明 | 第1-7页 |
| 中文摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 1 前言 | 第11-22页 |
| ·常规育种方法 | 第11-12页 |
| ·表型选择 | 第11页 |
| ·常规 BLUP 方法 | 第11-12页 |
| ·标记辅助选择（MAS） | 第12-13页 |
| ·全基因组关联分析（GWAS） | 第13页 |
| ·基因组选择（GS） | 第13-19页 |
| ·基因组选择的概念 | 第14页 |
| ·适合于基因组选择的标记类型 | 第14页 |
| ·基因组选择的原理 | 第14-15页 |
| ·基因组选择的特点及优势 | 第15页 |
| ·影响基因组选择估计准确度的因素 | 第15-16页 |
| ·基因组选择中的各种算法 | 第16-19页 |
| ·高密度标记的基因组选择的优点及缺点 | 第19-20页 |
| ·通过预选标记法进行基因组选择 | 第20页 |
| ·模拟方法介绍 | 第20-22页 |
| 2. 材料与方法 | 第22-32页 |
| ·通过预选标记法估计基因组育种值（GEBV） | 第22-28页 |
| ·自然群体模拟（重复 50 次） | 第22-25页 |
| ·设置不同参数组合 | 第25-26页 |
| ·标记矩阵标准化 | 第26-27页 |
| ·筛选标记方法 | 第27页 |
| ·估计 GEBV 的算法 | 第27-28页 |
| ·R-SMA 方法制作低密度芯片的初步探讨 | 第28-32页 |
| ·选择模拟群体 | 第28-30页 |
| ·LD 值的计算方法 | 第30-31页 |
| ·筛选标记方法 | 第31-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-46页 |
| ·通过预选标记法估计 GEBV 的结果 | 第32-41页 |
| ·估计准确度 | 第32-33页 |
| ·不同参考群大小下的 GEBV 准确度 | 第33-35页 |
| ·不同遗传力下的 GEBV 准确度 | 第35-36页 |
| ·不同 QTL 数目下的 GEBV 准确度 | 第36-38页 |
| ·1002 代至 1007 代的 GEBV 准确度的变化 | 第38-41页 |
| ·R-SMA 方法制作低密度芯片的结果 | 第41-46页 |
| ·emBayesB 和 GBLUP 算法下标记效应的分布 | 第41-42页 |
| ·SME 和 SMA 方法筛选之后标记效应的分布 | 第42-45页 |
| ·R-SMA 的 GEBV 准确度 | 第45-46页 |
| 4 讨论 | 第46-52页 |
| ·不同参考数目对 GEBV 准确度的影响 | 第46页 |
| ·不同遗传力对 GEBV 准确度的影响 | 第46页 |
| ·不同 QTL 数目对 GEBV 准确度的影响 | 第46-47页 |
| ·不同 QTL 数目下筛选标记对 SME-EMBAYESB 的影响 | 第47页 |
| ·不同 QTL 数目下筛选标记对 GBLUP 的影响 | 第47-48页 |
| ·估计准确度随世代的变化 | 第48-49页 |
| ·SMA 在保留标记数目少时存在的缺陷 | 第49页 |
| ·R-SMA 下的 GEBV 准确度 | 第49-50页 |
| ·预选标记法的优势和劣势 | 第50-51页 |
| ·利用预选标记法制作低密度芯片 | 第51-52页 |
| 5 结论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第59页 |
