| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-31页 |
| ·研究背景 | 第12-14页 |
| ·蛋白质组学中数据处理方法的研究进展 | 第14-25页 |
| ·蛋白质组学所涉及的数据处理环节 | 第14-15页 |
| ·质谱数据检索软件的分类及简介 | 第15-21页 |
| ·关联匹配模式 | 第17-18页 |
| ·基于概率的匹配模式 | 第18-20页 |
| ·随机匹配模型 | 第20-21页 |
| ·基于图论的匹配模型 | 第21页 |
| ·研究现状及热点 | 第21-25页 |
| ·算法的融合和改进 | 第21-23页 |
| ·质谱数据的质量控制 | 第23页 |
| ·假阳性结果的判别 | 第23-25页 |
| ·数据处理所面临的挑战 | 第25页 |
| ·本文的主要研究目的、内容、创新点及意义 | 第25-27页 |
| ·参考文献 | 第27-31页 |
| 第二章 蛋白质组实验流程及数据的标准化管理初探 | 第31-45页 |
| ·PSI工作的起源及主要任务 | 第31-35页 |
| ·HLPP计划中复旦大学相关数据模板的建立 | 第35-42页 |
| ·复旦大学蛋白质组学平台的相关数据标准需求 | 第35-37页 |
| ·相关参数的抽提和模板的构造 | 第37页 |
| ·模板的建立及应用 | 第37-42页 |
| ·实验参数及产生数据类型汇总 | 第37-39页 |
| ·模板建立 | 第39-41页 |
| ·模板的实际应用 | 第41-42页 |
| ·结论 | 第42-43页 |
| ·参考文献 | 第43-45页 |
| 第三章 大规模质谱数据分析中的非同质荷比迭代检索规则 | 第45-67页 |
| ·研究背景 | 第45-48页 |
| ·材料与方法 | 第48-54页 |
| ·数据集 | 第48-49页 |
| ·标准蛋白数据集 | 第48-49页 |
| ·法国人肝数据集 | 第49页 |
| ·谱图的噪音去除 | 第49-52页 |
| ·半小数规则 | 第49-51页 |
| ·峰频度限制 | 第51-52页 |
| ·预搜索 | 第52页 |
| ·非同质荷比迭代检索规则 | 第52-54页 |
| ·结果与讨论 | 第54-63页 |
| ·峰数目与MASCOT检索分数之间的关系 | 第54-56页 |
| ·共享质荷比的数据库统计和模拟搜索 | 第56-57页 |
| ·非同质荷比迭代检索规则在标准蛋白数据集中的应用 | 第57-59页 |
| ·法国人肝蛋白质组数据集中各种搜索策略的比较研究 | 第59-63页 |
| ·结论 | 第63-64页 |
| ·参考文献 | 第64-67页 |
| 第四章 MALDI-TOF/TOF质谱图谱的质量评价及其在检索质量控制中的应用 | 第67-88页 |
| ·研究背景 | 第67-70页 |
| ·材料及方法 | 第70-73页 |
| ·训练集和测试集的构建 | 第70-71页 |
| ·数据库匹配 | 第71-72页 |
| ·PMF及PFF图谱质量评价模型的建立 | 第72-73页 |
| ·结果与讨论 | 第73-85页 |
| ·各数据集中PMF及PFF图谱的质量分布 | 第73-75页 |
| ·PMF和PFF图谱的质量关系 | 第75-76页 |
| ·基于质谱质量分数的PMF和PFF检索 | 第76-82页 |
| ·PMF和PFF联合搜索与质谱质量评价之间的关系 | 第82-84页 |
| ·对未匹配高质量图谱的研究 | 第84-85页 |
| ·结论 | 第85-86页 |
| ·参考文献 | 第86-88页 |
| 第五章 肝脏蛋白质组参考数据集的建立及初步分析 | 第88-100页 |
| ·研究背景 | 第88-89页 |
| ·数据收集过程及质量控制 | 第89-92页 |
| ·数据集建立的质量控制标准 | 第89页 |
| ·数据集的建立过程 | 第89-91页 |
| ·基于Ortholog分析的人和小鼠肝脏蛋白数据整合 | 第91-92页 |
| ·结果与讨论 | 第92-97页 |
| ·数据集的总体描述 | 第92页 |
| ·各数据集的细节描述 | 第92-94页 |
| ·人类肝脏蛋白组计划产出数据与各数据集的比较 | 第94-97页 |
| ·结论 | 第97-98页 |
| ·参考文献 | 第98-100页 |
| 第六章 基于液相等电聚焦预富集方法(LIEF)的小鼠肝脏蛋白质组研究及数据分析 | 第100-113页 |
| ·研究背景 | 第100-101页 |
| ·实验过程 | 第101页 |
| ·结果与讨论 | 第101-110页 |
| ·LIEF技术对二维凝胶分离效果的影响 | 第101-104页 |
| ·LIEF-2-DE和常规2-DE的质谱检测结果 | 第104-106页 |
| ·基于LC和2-DE分离的鉴定结果比较分析 | 第106-108页 |
| ·与已发表小鼠鼠肝脏数据集的比较 | 第108-109页 |
| ·LIEF 2-DE对于蛋白质翻译后修饰的辅助检测 | 第109-110页 |
| ·结论 | 第110-111页 |
| ·参考文献 | 第111-113页 |
| 附录 | 第113-117页 |
| 附:博士阶段的相关论文及成果 | 第117-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
