| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT(英文摘要) | 第5-10页 |
| 第一章 引言 | 第10-19页 |
| ·生物信息学及其计算软件 | 第10-13页 |
| ·网格的概念 | 第13-15页 |
| ·E-SCIENCE 及其研究发展现状 | 第15-16页 |
| ·E-SCIENCE 在生命科学中的应用研究现状 | 第16-17页 |
| ·本论文的主要研究工作 | 第17-19页 |
| 第二章 BOD 概述 | 第19-25页 |
| ·用户输入文件 | 第19-21页 |
| ·BOD 数据处理流程 | 第21-22页 |
| ·BOD 组织体系 | 第22-23页 |
| ·BOD 工具包 | 第23-25页 |
| ·网页程序包 | 第23-24页 |
| ·调度程序包 | 第24页 |
| ·解析器程序包 | 第24-25页 |
| 第三章 计算流程及其调度 | 第25-41页 |
| ·BOD 计算流程模型 | 第25-28页 |
| ·工作流技术基本概念 | 第28-30页 |
| ·工作流管理系统 | 第30-34页 |
| ·工作流管理系统与BOD 系统开发 | 第34-36页 |
| ·计算流程建模 | 第34-35页 |
| ·计算流程运行控制 | 第35页 |
| ·人机交互 | 第35-36页 |
| ·BOD 系统的流程管理的开发 | 第36-38页 |
| ·BOD 任务调度机制 | 第38-41页 |
| ·集中式调度策略 | 第38页 |
| ·调度时间策略 | 第38-39页 |
| ·用户任务的调度 | 第39-40页 |
| ·计算任务的调度 | 第40-41页 |
| 第四章 XML 任务描述机制 | 第41-51页 |
| ·任务描述机制需要解决的问题 | 第41-43页 |
| ·XML 任务描述文件 | 第43-46页 |
| ·XML 任务描述文件中的指令和描述项 | 第46-50页 |
| ·处理针对计算项的计算指令和流程 | 第46-47页 |
| ·处理计算任务、子计算任务和计算项任务之间的输入和输出文件 | 第47-49页 |
| ·处理前后步骤任务之间的输入和输出文件 | 第49-50页 |
| ·XML 任务描述文件中的宏变量 | 第50-51页 |
| 第五章 其他重要功能模块 | 第51-59页 |
| ·BOD 网页入口 | 第51-52页 |
| ·中心数据库 | 第52-53页 |
| ·通讯管理器 | 第53-54页 |
| ·计算节点的任务处理 | 第54-56页 |
| ·任务状态浏览器 | 第56-57页 |
| ·BOD 系统模块总览 | 第57-59页 |
| 第六章 BOD 系统开发及其应用实例 | 第59-73页 |
| ·BOD 系统的开发 | 第59页 |
| ·一个基因组研究计算流程的实现 | 第59-70页 |
| ·计算流程简介和软件的选取 | 第59-62页 |
| ·序列片断的拼接 | 第60页 |
| ·基因区域的预测 | 第60页 |
| ·基因功能的预测 | 第60-62页 |
| ·计算流程模型的构建 | 第62-63页 |
| ·计算实例一:大规模蛋白质的折叠单元预测计算工作 | 第63-65页 |
| ·计算实例二:SARS 冠状病毒的生物信息学分析 | 第65-70页 |
| ·讨论 | 第70-73页 |
| 结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-83页 |
| 致谢及声明 | 第83-84页 |
| 个人简历、在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第84页 |