| 中文摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-19页 |
| §1．1 前言 | 第9页 |
| §1．2 生物信息学的研究发展现状 | 第9-14页 |
| §1．2．1 生物信息学的背景与现状 | 第10-11页 |
| §1．2．2 生物信息学的主要研究内容 | 第11-13页 |
| §1．2．3 生物序列分析软件和服务 | 第13-14页 |
| §1．3 基因组序列的CGR图形方法及研究进展 | 第14-15页 |
| §1．4 分形理论的研究发展现状 | 第15-17页 |
| §1．4．1 分形理论的发展及基本问题 | 第15-16页 |
| §1．4．2 多重分形理论的提出 | 第16-17页 |
| §1．5 本文研究目标和组织结构 | 第17-19页 |
| 第二章 基因组序列的CGR图形表示 | 第19-30页 |
| §2．1 分子生物学知识 | 第19-21页 |
| §2．2 基因组序列的CGR图形表示方法 | 第21-27页 |
| §2．2．1 基因组序列CGR图形的生成过程 | 第21-25页 |
| §2．2．2 基因组序列CGR图形的几点讨论 | 第25-27页 |
| §2．3 基因组序列CGR图形的分形模式比较 | 第27-28页 |
| §2．4 其它图形方法 | 第28-29页 |
| §2．5 结论 | 第29-30页 |
| 第三章 基因组序列CGR图形的简单分形计算 | 第30-40页 |
| §3．1 分形维数及其计算 | 第30-32页 |
| §3．2 分形中的标度问题 | 第32-34页 |
| §3．3 CGR图形的几种简单分形维数计算 | 第34-39页 |
| §3．3．1 不同长度序列CGR图形的分形维数计算和比较 | 第34-37页 |
| §3．3．2 不同特征序列CGR图形的分形维数计算和比较 | 第37-39页 |
| §3．4 结论 | 第39-40页 |
| 第四章 基因组序列CGR图形的多重分形计算 | 第40-51页 |
| §4．1 CGR图形的多重分形计算 | 第40-42页 |
| §4．1．1 多重分形的统计计算方法 | 第41页 |
| §4．1．2 CGR图形的多重分形计算 | 第41-42页 |
| §4．2 CGR图形多重分形计算中的几个问题 | 第42-48页 |
| §4．2．1 lnXq-lnr曲线和无标度范围 | 第43-44页 |
| §4．2．2 权重因子q的选择范围 | 第44-47页 |
| §4．2．3 广义维数和简单维数的关系 | 第47页 |
| §4．2．4 谱图的形态意义 | 第47-48页 |
| §4．3 序列长度和字长度对CGR图形多重分形计算的影响 | 第48-50页 |
| §4．4 结论 | 第50-51页 |
| 第五章 基于CGR图形多重分形分析的基因预测 | 第51-63页 |
| §5．1 不同特征片断的多重分形分析谱图比较 | 第51-55页 |
| §5．2 不同特征片断多重分形分析谱图的参数比较 | 第55-58页 |
| §5．3 编码区含量对多重分形谱图的影响 | 第58-61页 |
| §5．4 基于CGR图形及其多重分形分析的基因预测系统构建 | 第61-62页 |
| §5．5 结论 | 第62-63页 |
| 第六章 基于CGR图形聚类分析的分子进化研究 | 第63-76页 |
| §6．1 基于CGR图形及其多重分形分析的系统树建立过程 | 第63-67页 |
| §6．1．1 聚类分析算法 | 第64-66页 |
| §6．1．2 基于CGR图形的分子序列系统树建立和检验 | 第66-67页 |
| §6．2 锌指蛋白基因家族的系统树建立 | 第67-69页 |
| §6．3 基于细菌全基因组的系统树建立 | 第69-71页 |
| §6．4 乙型肝炎病毒D基因型系统的系统树建立 | 第71-75页 |
| §6．5 结论 | 第75-76页 |
| 第七章 讨论和展望 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 附录 博士期间发表的论文 | 第83-84页 |
| 论文独创性声明 | 第84页 |
| 论文使用授权声明 | 第84页 |
