| 图形目录 | 第1-12页 |
| 表格目录 | 第12-13页 |
| 中文摘要 | 第13-16页 |
| 英文摘要 | 第16-20页 |
| 第一章 黄孢原毛平革菌代谢转换期基因表达研究 | 第20-60页 |
| 摘要 | 第21-22页 |
| 1 引言 | 第22-23页 |
| 2 材料和方法 | 第23-38页 |
| ·实验材料 | 第23-27页 |
| ·实验方法 | 第27-38页 |
| 3 结果 | 第38-50页 |
| ·代谢阶段差异表达基因研究的总策略 | 第38-39页 |
| ·P.chrysosporium mRNA的分离纯化 | 第39页 |
| ·cDNA的SMART合成和RsaI酶切效果 | 第39-40页 |
| ·抑制消差减杂交 | 第40-41页 |
| ·抑制消减文库的构建 | 第41页 |
| ·cDNA芯片制作与杂交 | 第41-45页 |
| ·荧光定量PCR确定差异表达基因 | 第45-46页 |
| ·差异片段的DNA序列分析 | 第46-50页 |
| 4 讨论 | 第50-55页 |
| ·SSH结合Microarray技术可高效分析基因的表达差异 | 第50-52页 |
| ·P.chrysosporium代谢阶段转换期的基因表达谱 | 第52-53页 |
| ·新基因EST片段的发现 | 第53页 |
| ·P.chrysosporium次生代谢期H_2O_2有关基因的表达 | 第53-55页 |
| 5 小结 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-60页 |
| 第二章 黄孢原毛平革菌EST序列生物信息学分析 | 第60-86页 |
| 摘要 | 第61-62页 |
| 1 引言 | 第62-64页 |
| 2 EST序列分析系统的构建 | 第64-68页 |
| ·硬件配置与Linux操作系统的安装 | 第64页 |
| ·数据的获取与预处理 | 第64页 |
| ·相关程序的获取与安装 | 第64-65页 |
| ·EST载体序列的去除及Blast数据库的建立 | 第65-66页 |
| ·数据处理过程及自动化实现 | 第66-67页 |
| ·蛋白质三维模型构建和对该模型的分析 | 第67-68页 |
| 3 结果 | 第68-79页 |
| ·EST的序列同源性分类结果及冗余序列的去除 | 第68-72页 |
| ·EST序列的组装 | 第72-73页 |
| ·基因的预测 | 第73-74页 |
| ·SSH2330基因的蛋白三维结构和功能分析 | 第74-77页 |
| ·基因家族的发现 | 第77页 |
| ·具有不同的Poly(A)位点的基因 | 第77-79页 |
| 4 讨论 | 第79-82页 |
| ·EST序列分析系统在处理SSH产生的EST片段中的必要性 | 第79页 |
| ·基因预测的准确性问题 | 第79-80页 |
| ·序列分析中发现的基因家族和其它信息 | 第80-81页 |
| ·蛋白质三维结构的预测有助于新基因功能的分析 | 第81-82页 |
| 小结 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-86页 |
| 第三章 黄孢原毛平革菌木质纤维素降解酶基因表达研究 | 第86-112页 |
| 摘要 | 第87-88页 |
| 1 引言 | 第88-89页 |
| 2 材料与方法 | 第89-93页 |
| ·实验材料 | 第89-90页 |
| ·实验方法 | 第90-93页 |
| 3 结果 | 第93-99页 |
| ·总RNA的提取 | 第93页 |
| ·RT-PCR引物的设计及验证 | 第93-95页 |
| ·P.chrysosporium木质素降解系统相关基因的RT-PCR分析 | 第95-99页 |
| 4 讨论 | 第99-106页 |
| ·营养因子对木质素过氧化物酶基因转录的影响 | 第99-101页 |
| ·营养因子对其它木质纤维素降解相关基因表达的影响 | 第101-102页 |
| ·lip、mnp、cbh1、glx基因在木片上生长时的基因表达模式 | 第102-104页 |
| ·lip基因家族的组成形式与基因调控间的关系 | 第104页 |
| ·木质素降解相关基因基因转录调控机制的研究方法 | 第104-106页 |
| 5 小结 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-112页 |
| 第四章 黄孢原毛平革菌木质素过氧化物酶基因转录调控序列的鉴定 | 第112-137页 |
| 摘要 | 第113-114页 |
| 1 引言 | 第114-115页 |
| 2 材料和方法 | 第115-122页 |
| ·实验材料 | 第115-117页 |
| ·实验方法 | 第117-122页 |
| 3 结果 | 第122-126页 |
| ·探针DNA片段的制备和放射性标记 | 第122页 |
| ·黄孢原毛平革菌菌丝体总蛋白的提取 | 第122-123页 |
| ·凝胶迁移率变动分析 | 第123-126页 |
| 4 讨论 | 第126-132页 |
| ·丝状真菌基因5′顺式作用元件及其相应的转录因子的研究策略 | 第126-127页 |
| ·lipA、lipC、lipF基因转录调控顺式作用元件的鉴定 | 第127-132页 |
| 5 小结 | 第132-133页 |
| 参考文献 | 第133-137页 |
| 文献综述 | 第137-186页 |
| 摘要 | 第140-142页 |
| 引言 | 第142-143页 |
| 1.木质素降解相关基因的分子生物学 | 第143-154页 |
| ·lip基因家族 | 第143-147页 |
| ·mnp基因基因家族 | 第147-149页 |
| ·纤维素酶基因家族 | 第149-152页 |
| ·H_2O_2产生有关的基因 | 第152-154页 |
| ·P.chrysosporium中其它与木质素降解有关的基因 | 第154页 |
| 2.木质素降解相关基因的转录调控研究 | 第154-161页 |
| ·C，N等营养因子对lip基因表达的影响 | 第155-156页 |
| ·C，N，Mn~(2+)等营养因子对mnp基因表达的调控 | 第156-157页 |
| ·C，N等营养因子对cbhⅠ和glx基因表达的调控 | 第157-158页 |
| ·P.chrysosporium生长于天然木片时lip、mnp、cbhⅠ、glx基因表达模式 | 第158-159页 |
| ·lip基因家族的组成形式与基因调控间的关系 | 第159页 |
| ·C-AMP对木质素降解相关基因的表达调控 | 第159-160页 |
| ·藜芦醇(VA)木质素降解中的作用 | 第160-161页 |
| ·基因表达的时间特异性 | 第161页 |
| 3.P.chrysosporium木质素降解相关基因的异源表达 | 第161-163页 |
| ·P.chrysosporium转化系统的建立 | 第161-162页 |
| ·木质素降解酶的表达 | 第162-163页 |
| 4 P.chrysosporium的基因组计划 | 第163-169页 |
| ·P.chrysosporium的基因组结构和特点 | 第164-165页 |
| ·装配序列的总特征 | 第165-166页 |
| ·P.chrysosporium中的蛋白家族和结构域 | 第166-169页 |
| 5.展望 | 第169-171页 |
| 参考文献 | 第171-186页 |
| 在读期间发表的论文 | 第186-187页 |
| 附表 Supplementary Table | 第187-204页 |
| Table1 72 SSHlibrary and Their Gene Model, Ratiao Kinds and Blast Homology in Genbank Database | 第188-193页 |
| Table2 48 SSHlibrary and Their Gene Model, Ratiao Kinds and Blast Homology in Genbank Database | 第193-200页 |
| Table3 Putative Function of ESTs, in the Homology Analysis with Phanerochaete chrysosporium | 第200-204页 |
