| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 前言 | 第9-20页 |
| 1 后基因组学与猪基因组的研究 | 第10-11页 |
| 2 单核苷酸多态性(SNP)的研究进展及其应用 | 第11-16页 |
| ·单核苷酸多态性的特点 | 第11-13页 |
| ·单核苷酸多态性的检测方法 | 第13-16页 |
| ·基于PCR的SNP检测方法 | 第13-14页 |
| ·PCR-单链构象多态性 | 第13-14页 |
| ·PCR-限制性片段长度多态性 | 第14页 |
| ·随机扩增多态性DNA | 第14页 |
| ·直接测序法 | 第14-15页 |
| ·基于生物信息学的SNP候选位点搜索 | 第15页 |
| ·基于杂交的方法 | 第15-16页 |
| 3 琥珀酸脱氢酶(SDH)与及其亚基的功能意义 | 第16-19页 |
| ·琥珀酸脱氢酶(SDH)的生理功能 | 第16页 |
| ·琥珀酸脱氢酶(SDH)突变的病理学意义 | 第16-17页 |
| ·琥珀酸脱氢酶亚基的特点与功能 | 第17-18页 |
| ·各亚基在人染色体的结构特点 | 第17页 |
| ·各亚基的突变意义 | 第17-18页 |
| ·猪SDHD基因以及SDH其它亚基的研究现状 | 第18-19页 |
| 4 研究目的和意义 | 第19-20页 |
| ·本研究的目的 | 第19页 |
| ·本研究的意义 | 第19-20页 |
| 材料与方法 | 第20-35页 |
| 1 试验材料 | 第20-24页 |
| ·样品 | 第20-21页 |
| ·群体中遗传变异检测的DNA样品: | 第20-21页 |
| ·性状关联分析的DNA样品 | 第21页 |
| ·表达谱研究的组织样品 | 第21页 |
| ·辐射杂种克隆板定位的DNA样品 | 第21页 |
| ·主要仪器设备 | 第21-22页 |
| ·主要试剂 | 第22页 |
| ·主要试剂的配制 | 第22-24页 |
| 2 试验方法 | 第24-35页 |
| ·猪SDHD基因CDS区域寻找SNP引物的设计 | 第24-26页 |
| ·引物设计序列信息分析 | 第24-26页 |
| ·人SDHD基因的结构分析 | 第24页 |
| ·猪SDHD基因cDNA与人SDHD基因序列比较 | 第24-26页 |
| ·PCR反应 | 第26-27页 |
| ·PCR反应体系参数 | 第26-27页 |
| ·反应条件参数 | 第27页 |
| ·SNP的检测 | 第27-30页 |
| ·SNP的SSCP检测 | 第27页 |
| ·SSCP带型差异个体PCR产物的测序与分析 | 第27-28页 |
| ·SNP的RFLP检测 | 第28-29页 |
| ·等位基因频率计算与群体间基因频率差异显著性检验 | 第29-30页 |
| ·等位基因频率计算的计算方法 | 第29页 |
| ·群体间基因频率与基因型差异显著性检验的计算方法X~2 | 第29-30页 |
| ·SDHD基因SNP的RFLP基因型与性状的关联分析方法 | 第30页 |
| ·RT-PCR进行SDHD基因组织表达谱研究 | 第30-32页 |
| ·总RNA的提取 | 第30页 |
| ·总RNA完整性检测 | 第30-31页 |
| ·总RNA的DNase-Ⅰ处理 | 第31页 |
| ·RT-PCR | 第31-32页 |
| ·总RNA反转录，合成cDNA第一链 | 第31-32页 |
| ·PCR | 第32页 |
| ·IMpRH杂种板定位 | 第32-35页 |
| ·定位引物设计 | 第32-33页 |
| ·定位引物扩增及其分型方法与数据分析 | 第33-35页 |
| 结果 | 第35-49页 |
| 1 猪SDHD基因cDNA序列的分析 | 第35-38页 |
| ·猪SDHD基因cDNA的ORF及氨基酸序列推导 | 第35-36页 |
| ·猪SDHD跨膜特性预测 | 第36页 |
| ·猪SDHD氨基酸序列的系统发生聚类分析 | 第36-38页 |
| 2 SDHD基因Exon4中序列的分离 | 第38-41页 |
| ·目的片段分离结果的初步鉴定 | 第38页 |
| ·目的片段分离的进一步确定与SNP候选位点的鉴定结果 | 第38-41页 |
| ·SSCP的检测结果 | 第38-39页 |
| ·PCR产物测序结果 | 第39-40页 |
| ·测序结果的相互比较与SNP候选位点的确定 | 第40-41页 |
| ·猪SDHD基因Exon4中CDS区SNP位点的特点 | 第41页 |
| 3 SDHD基因的SNP检测与性状关联分析 | 第41-46页 |
| ·SSCP基因型及基因频率分析 | 第42-43页 |
| ·SSCP带型的单倍型频率 | 第42页 |
| ·利用X~2检验SSCP单倍型频率在不同猪品种分布的差异显著性 | 第42-43页 |
| ·采用X~2检验SSCP基因型在不同猪群中分布的显著性 | 第43页 |
| ·RFLP基因型及基因频率分析 | 第43-45页 |
| ·RFLP检测的分型结果 | 第43-44页 |
| ·RFLP基因频率分析 | 第44页 |
| ·RFLP等位基因在各个猪群体中频率分布的显著性 | 第44-45页 |
| ·RFLP基因型在各个猪群体中频率分布的X~2显著性检验 | 第45页 |
| ·RFLP不同基因型与部分生产性状的关联分析 | 第45-46页 |
| 4 猪SDHD表达谱研究结果 | 第46-47页 |
| ·总RNA的质量 | 第46页 |
| ·猪SDHD基因表达谱初步分析结果 | 第46-47页 |
| 5 SDHD基因IMpRH的染色体精细定位结果 | 第47-49页 |
| ·定位引物扩增的分型结果 | 第47页 |
| ·猪SDHD基因的RH定位结果 | 第47-49页 |
| 讨论 | 第49-53页 |
| 1 关于CDS区未知SNP的检测策略 | 第49-50页 |
| 2 SSCP、RFLP以及直接测序法检测SNP的比较 | 第50页 |
| 3 关于基因频率在猪群间的分布差异与基因--性状关联分析 | 第50-52页 |
| 4 表达谱研究的分析 | 第52页 |
| 5 定位结果的讨论 | 第52-53页 |
| 小结 | 第53-54页 |
| 1 主要研究结果 | 第53页 |
| 2 本研究的特色与创新点 | 第53页 |
| 3 本研究的不足之处 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 附录1 猪SDHD基因cDNA全长 | 第59-60页 |
| 附录2 主要性状的中英文对照和缩写 | 第60-61页 |
| 附录3 密码子表 | 第61-62页 |
| 附录4 SSCP检测的试剂配制与实验步骤 | 第62-63页 |
