| 中文摘要 | 第1-10页 |
| 英文摘要 | 第10-14页 |
| 第一章 导论 | 第14-26页 |
| ·海底和污染环境中微生物群落结构与功能多样性 | 第14-17页 |
| ·海底的反硝化作用与反硝化细菌群落多样性 | 第14-15页 |
| ·海底的硫循环与硫酸盐还原细菌的多样性 | 第15-16页 |
| ·污染环境中微生物群落结构与功能多样性 | 第16-17页 |
| ·环境微生物多样性的基因组学分析方法 | 第17-21页 |
| ·基因的选择 | 第17-18页 |
| ·微生物多样性分析常用的基因组学方法及其优缺点 | 第18-21页 |
| ·基因芯片技术及其在环境微生物研究中的应用 | 第21-26页 |
| ·基因芯片技术及其在环境微生物研究中的优势 | 第21页 |
| ·用于环境微生物研究的基因芯片 | 第21-23页 |
| ·基因芯片在环境微生物研究中的应用 | 第23-25页 |
| ·基因芯片在环境微生物研究中的技术难点 | 第25-26页 |
| 第二章 太平洋墨西哥海域大陆边缘海底亚硝酸盐还原酶基因的分子多样性 | 第26-39页 |
| ·前言 | 第26页 |
| ·材料与方法 | 第26-30页 |
| ·研究海域及海底沉积物样品的采集 | 第26-27页 |
| ·海底沉积物样品氧的含量及化学性状分析 | 第27-28页 |
| ·DNA提取、引物设计、PCR扩增及限制性内切片段长度多态性(RFLP)分析 | 第28-29页 |
| ·基因测序与系统发育分析 | 第29页 |
| ·统计分析方法 | 第29页 |
| ·核苷酸序列登录号 | 第29-30页 |
| ·结果与分析 | 第30-37页 |
| ·海底沉积物的生物地理化学性状 | 第30页 |
| ·nirK和nirS克隆文库的RFLP分析 | 第30-33页 |
| ·nirS和nirK基因的测序结果和系统发育分析 | 第33-37页 |
| ·讨论 | 第37-39页 |
| 第三章 两个不同大陆边缘海底生境中硫还原细菌的分子多样性 | 第39-48页 |
| ·前言 | 第39页 |
| ·材料与方法 | 第39-41页 |
| ·样地与生物地理化学性状参数 | 第39-40页 |
| ·基因组DNA提取与纯化 | 第40-41页 |
| ·dsrAB克隆文库的RFLP分析 | 第41页 |
| ·dsrAB基因的测序与序列分析 | 第41页 |
| ·核苷酸序列登录号 | 第41页 |
| ·结果与分析 | 第41-45页 |
| ·样地的生物地理化学性状 | 第41-42页 |
| ·dsrAB克隆文库的RFLP分析 | 第42-43页 |
| ·dsMB基因的测序结果和系统发育分析 | 第43-45页 |
| ·讨论 | 第45-48页 |
| 第四章 铀污染地下水中硫酸盐还原细菌的分子多样性 | 第48-56页 |
| ·前言 | 第48页 |
| ·材料和方法 | 第48-49页 |
| ·研究样地及地下水的收集 | 第48-49页 |
| ·基因组DNA的提取和纯化 | 第49页 |
| ·dsrAB克隆文库的RFLP分析 | 第49页 |
| ·dsrAB基因的测序与序列分析 | 第49页 |
| ·结果与分析 | 第49-53页 |
| ·地下水的地理化学性状 | 第49-50页 |
| ·dsMB克隆文库的RFLP分析 | 第50-51页 |
| ·dsrAB基因序列的多样性分析 | 第51-53页 |
| ·讨论 | 第53-56页 |
| 第五章 发展和应用寡聚核苷酸基因芯片检测微生物群落中生物降解基因的分子多样性 | 第56-78页 |
| ·前言 | 第56-57页 |
| ·材料与方法 | 第57-61页 |
| ·细菌株系、生长条件及土壤样品 | 第57-58页 |
| ·富集培养和微环境的建立 | 第58页 |
| ·核酸的提取与定量 | 第58页 |
| ·寡聚核苷酸探针的设计 | 第58-59页 |
| ·基因芯片的构建和后处理 | 第59页 |
| ·目标DNA和RNA的荧光标记 | 第59-60页 |
| ·基因芯片杂交 | 第60页 |
| ·图象处理和数据分析 | 第60-61页 |
| ·实时定量PCR分析 | 第61页 |
| ·结果与分析 | 第61-74页 |
| ·设计的寡聚核苷酸探针 | 第61-62页 |
| ·应用人工合成的探针确定杂交特异性和鉴别力 | 第62-63页 |
| ·应用纯培养物基因组DNA评判芯片的杂交特异性 | 第63-66页 |
| ·分析由萘诱导的P. putida G7的基因表达 | 第66页 |
| ·寡聚核苷酸基因芯片的检测灵敏度 | 第66-68页 |
| ·基因芯片的定量性能 | 第68-69页 |
| ·用基因芯片分析富集培养细菌中萘降解基因及其表达情况 | 第69-70页 |
| ·应用芯片检测土壤微环境中的萘降解基因 | 第70-71页 |
| ·应用基因芯片检测环境样品中微生物群落的组成与结构 | 第71-72页 |
| ·实时定量PCR对基因芯片杂交结果的验证 | 第72-74页 |
| ·讨论 | 第74-78页 |
| 参考文献 | 第78-91页 |
| 附录 | 第91-96页 |
| 缩略词表 | 第96-98页 |
| 作者简历 | 第98-102页 |
| 致谢 | 第102页 |
