| 前言 | 第4-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| 英文摘要 | 第8-10页 |
| 主要缩略词 | 第11-15页 |
| 第一章 绪论-植物的遗传变异 | 第15-48页 |
| 1.1 引言 | 第15页 |
| 1.2 突变的产生,修复机制及影响因素 | 第15-31页 |
| 1.2.1 突变的产生机制 | 第16-17页 |
| 1.2.2 DNA损伤与突变的修复机制 | 第17-26页 |
| 1.2.3 基因组稳定性及突变的影响因素 | 第26-31页 |
| 1.3 重组的产生机制,种类及影响因素 | 第31-43页 |
| 1.3.1 重组的分布情况 | 第32-35页 |
| 1.3.2 减数分裂重组在基因组特殊区域的分布 | 第35-36页 |
| 1.3.3 重组中的同源序列匹配 | 第36-38页 |
| 1.3.4 重组形成的分子机制 | 第38-43页 |
| 1.4 环境因素对基因组稳定性的影响 | 第43-46页 |
| 1.4.1 环境因素直接影响重组和突变的实验证据 | 第43-45页 |
| 1.4.2 环境因素影响基因组稳定性的机制 | 第45-46页 |
| 1.5 本研究的背景,目的和意义 | 第46-48页 |
| 第二章 植物杂合体与纯合体突变的比较 | 第48-72页 |
| 2.1 引言 | 第48-49页 |
| 2.2 材料与方法 | 第49-58页 |
| 2.2.1 材料与测序方法 | 第49-51页 |
| 2.2.2 测序结果拼装及突变筛选 | 第51-52页 |
| 2.2.3 假阳性率估计 | 第52-54页 |
| 2.2.4 假阴性的估计 | 第54页 |
| 2.2.5 物种间差异度和物种内多样性的相关性 | 第54-55页 |
| 2.2.6 F2-F3以及F3-F4减数分裂突变率的理论推导 | 第55-58页 |
| 2.2.7 突变分布及统计分析 | 第58页 |
| 2.3 结果 | 第58-68页 |
| 2.3.1 突变筛选结果 | 第58-62页 |
| 2.3.2 突变与重组间的相关性 | 第62-64页 |
| 2.3.3 突变与杂合度间的相关性 | 第64-68页 |
| 2.4 讨论 | 第68-71页 |
| 2.4.1 杂合位点的突变提升作用 | 第68-69页 |
| 2.4.2 高突变率基因与其功能的关系 | 第69页 |
| 2.4.3 杂合位点诱变的可能机制 | 第69-71页 |
| 2.5 小结 | 第71-72页 |
| 第三章 植物胁迫条件下重组与突变的研究 | 第72-104页 |
| 3.1 前言 | 第72-73页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第73-80页 |
| 3.2.1 植物材料 | 第73-74页 |
| 3.2.2 重测序 | 第74-76页 |
| 3.2.3 基因组拼装及标记识别 | 第76-77页 |
| 3.2.4 基因型及CO事件鉴定 | 第77-78页 |
| 3.2.5 基因转换事件的识别 | 第78-79页 |
| 3.2.6 CO及基因转换热点和冷点区域的识别 | 第79-80页 |
| 3.3 结果 | 第80-100页 |
| 3.3.1 水稻两亲本标记的准确鉴别 | 第80-82页 |
| 3.3.2 正常条件下水稻中的重组交换率 | 第82-84页 |
| 3.3.3 胁迫条件水稻的重组率和突变率 | 第84-86页 |
| 3.3.4 F_2植株中重组交换的分布 | 第86-94页 |
| 3.3.5 基因转换事件数目极少 | 第94-98页 |
| 3.3.6 高重组率基因 | 第98-100页 |
| 3.4 讨论 | 第100-102页 |
| 3.4.1 重组对水稻驯化和改良的贡献 | 第100-101页 |
| 3.4.2 胁迫处理个体具有较高重组率和突变率 | 第101-102页 |
| 3.4.3 水稻基因组中基因转换发生率较小 | 第102页 |
| 3.5 小结 | 第102-104页 |
| 全文结论 | 第104-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 攻读博士期间已发表和待发表的研究论文 | 第106-107页 |
| 参考文献 | 第107-131页 |
| 附录 | 第131-183页 |