| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 引言 | 第12-22页 |
| 0.1 蛋白质折叠研究概况 | 第12-14页 |
| 0.1.1 蛋白质折叠概念 | 第12页 |
| 0.1.2 蛋白质的错误折叠 | 第12-13页 |
| 0.1.3 酵母中蛋白的错误折叠 | 第13-14页 |
| 0.1.4 蛋白质错误折叠的调控 | 第14页 |
| 0.2 分子伴侣概况 | 第14-18页 |
| 0.2.1 分子伴侣的发现 | 第14-15页 |
| 0.2.2 分子伴侣Hsp70分类、结构与功能 | 第15页 |
| 0.2.3 分子伴侣Hsp40分类、结构与功能 | 第15-17页 |
| 0.2.4 分子伴侣Hsp40与Hsp70的相互作用 | 第17-18页 |
| 0.3 计算生物学研究概述 | 第18-20页 |
| 0.3.1 计算生物学简介 | 第18-19页 |
| 0.3.2 分子动力学模拟简介 | 第19页 |
| 0.3.3 拉伸分子动力学模拟简介 | 第19-20页 |
| 0.4 研究目的和意义 | 第20-22页 |
| 第一章 Ydj1p二聚体复合物的拉伸分子动力学模拟研究 | 第22-29页 |
| 1.1 研究背景 | 第22-23页 |
| 1.2 计算方法 | 第23页 |
| 1.2.1 分子动力学模拟 | 第23页 |
| 1.2.2 拉伸分子动力学模拟 | 第23页 |
| 1.3 结果与讨论 | 第23-28页 |
| 1.3.1 模拟的稳定性 | 第23-24页 |
| 1.3.2 拉伸过程能量分析 | 第24-25页 |
| 1.3.3 重要的氨基酸能量分析 | 第25-26页 |
| 1.3.4 拉伸模拟中氢键的分析 | 第26-27页 |
| 1.3.5 α3-loop与domainⅢ分离过程中疏水盒子的分析 | 第27-28页 |
| 1.4 小结 | 第28-29页 |
| 第二章 Ydj1p锌指结构突变体对底物结合影响的分子动力学模拟研究 | 第29-38页 |
| 2.1 研究背景 | 第29-30页 |
| 2.2 计算方法 | 第30-32页 |
| 2.2.1 突变体模型构建 | 第30页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第30-31页 |
| 2.2.3 拉伸分子动力学模拟 | 第31页 |
| 2.2.3 模拟结果分析软件 | 第31-32页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第32-37页 |
| 2.3.1 突变体稳定性分析 | 第32-33页 |
| 2.3.2 Ydj1p及各突变体与多肽底物的静电能量和范德华能量分析 | 第33页 |
| 2.3.3 氢键存活时间分析 | 第33-34页 |
| 2.3.4 RMSF分析 | 第34-35页 |
| 2.3.5 锌指结构变化分析 | 第35页 |
| 2.3.6 Ydj1p与Hsp70对接结果分析 | 第35-37页 |
| 2.4 小结 | 第37-38页 |
| 第三章 Ydj1p锌指结构与Hsp70C-末端相互作用的对接-拉伸分子动力学模拟研究 | 第38-46页 |
| 3.1 实验背景 | 第38页 |
| 3.2 实验对象及软件 | 第38-39页 |
| 3.2.1 蛋白结构来源 | 第38-39页 |
| 3.2.2 Gromacs-4.0：分子动力学模拟 | 第39页 |
| 3.3 分子动力学模拟 | 第39页 |
| 3.4 拉伸动力学模拟 | 第39-41页 |
| 3.4.1 拉伸速度的确定 | 第39-40页 |
| 3.4.2 拉伸弹簧系数的确定 | 第40-41页 |
| 3.5 实验结果与讨论 | 第41-45页 |
| 3.5.1 野生型与Hsp70对接蛋白的稳定性分析 | 第41-42页 |
| 3.5.2 Ydj1p锌指结构与HscASBD结构域分离过程的能量分析 | 第42-43页 |
| 3.5.3 Ydj1p锌指结构中单个氨基酸静电和范德华能量分析 | 第43-44页 |
| 3.5.4 Hsp70C-末端的单个氨基酸静电和范德华能量分析 | 第44-45页 |
| 3.6 小结 | 第45-46页 |
| 结论与展望 | 第46-48页 |
| 致谢 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文情况 | 第54-55页 |
