摘要 | 第6-8页 |
Abstract | 第8-9页 |
缩略词 | 第13-14页 |
第一章 文献综述 | 第14-29页 |
1.1 猪繁殖性状 | 第14-16页 |
1.2 猪繁殖性状研究进展 | 第16-19页 |
1.2.1 猪繁殖性状QTL定位情况 | 第16-18页 |
1.2.2 猪繁殖性状候选基因研究进展 | 第18-19页 |
1.3 全基因组关联分析 | 第19-23页 |
1.3.1 GWAS试验设计及其统计分析 | 第20页 |
1.3.2 GWAS的群体分层问题 | 第20-21页 |
1.3.3 GWAS的多重比较检验 | 第21-22页 |
1.3.4 猪重要性状GWAS研究进展 | 第22-23页 |
1.4 拷贝数变异 | 第23-28页 |
1.4.1 CNV的形成机制 | 第23-24页 |
1.4.2 CNV的作用机制 | 第24-25页 |
1.4.3 CNV的检测方法 | 第25-26页 |
1.4.4 CNV在畜禽上的研究进展 | 第26-28页 |
1.5 本研究的目的意义 | 第28-29页 |
第二章 母猪繁殖性状遗传参数分析 | 第29-36页 |
2.1 试验材料与方法 | 第29-31页 |
2.1.1 数据来源 | 第29页 |
2.1.2 数据统计与分析 | 第29-30页 |
2.1.3 统计模型 | 第30-31页 |
2.2 结果与分析 | 第31-34页 |
2.2.1 表型基本统计量 | 第31页 |
2.2.2 影响繁殖性状的效应分析 | 第31-32页 |
2.2.3 遗传参数估计结果 | 第32-34页 |
2.3 讨论 | 第34-35页 |
2.3.1 遗传参数估计 | 第34页 |
2.3.2 遗传力与遗传相关 | 第34-35页 |
2.4 小结 | 第35-36页 |
第三章 母猪繁殖性状全基因组关联分析 | 第36-63页 |
3.1 试验材料与方法 | 第36-42页 |
3.1.1 试验群体 | 第36页 |
3.1.2 表型记录 | 第36页 |
3.1.3 主要试剂和溶液配制 | 第36-37页 |
3.1.4 主要试验仪器 | 第37页 |
3.1.5 样品采集及基因组DNA提取 | 第37-38页 |
3.1.6 SNP分型与质控 | 第38-40页 |
3.1.7 统计分析方法 | 第40-42页 |
3.1.8 功能注释 | 第42页 |
3.2 结果与分析 | 第42-59页 |
3.2.1 初产母猪繁殖性状全基因组关联分析 | 第42-53页 |
3.2.2 仔猪均匀度与胎间距性状全基因组关联分析 | 第53-59页 |
3.3 讨论 | 第59-62页 |
3.3.1 猪繁殖性状GWAS研究 | 第59页 |
3.3.2 群体分层 | 第59-60页 |
3.3.3 初产母猪繁殖性状功能基因 | 第60-61页 |
3.3.4 仔猪均匀度与胎间距性状功能基因 | 第61-62页 |
3.4 小结 | 第62-63页 |
第四章 基于猪80K芯片进行拷贝数变异的检测与分析 | 第63-78页 |
4.1 试验材料与方法 | 第63-68页 |
4.1.1 试验群体 | 第63页 |
4.1.2 表型记录 | 第63页 |
4.1.3 主要试剂和溶液配制 | 第63页 |
4.1.4 主要试验仪器 | 第63页 |
4.1.5 样品采集及基因组DNA提取 | 第63-64页 |
4.1.6 CNV的推断 | 第64-66页 |
4.1.7 CNVR与繁殖性状之间的关联分析 | 第66页 |
4.1.8 CNVR包含的基因及其功能分析 | 第66页 |
4.1.9 CNVR的荧光定量PCR验证 | 第66-68页 |
4.2 结果与分析 | 第68-75页 |
4.2.1 质控后样本数 | 第68页 |
4.2.2 CNVs推断结果 | 第68-69页 |
4.2.3 CNVR与繁殖性状之间的关联分析 | 第69-70页 |
4.2.4 CNVR包含的基因及其功能分析 | 第70-73页 |
4.2.5 荧光定量PCR验证 | 第73-75页 |
4.3 讨论 | 第75-76页 |
4.3.1 关于CNV检测技术 | 第75页 |
4.3.2 与其他CNV研究的比较 | 第75页 |
4.3.3 CNVR内基因功能分析 | 第75-76页 |
4.4 小结 | 第76-78页 |
第五章 结论 | 第78-79页 |
参考文献 | 第79-93页 |
致谢 | 第93-94页 |
附录 | 第94-111页 |
个人简介 | 第111-112页 |