| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第13-18页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第13-15页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第15-18页 |
| 1.2 PPI 网络相关的计算方法研究现状 | 第18-24页 |
| 1.2.1 静态 PPI 网络功能模块检测 | 第18-22页 |
| 1.2.2 PPI 网络的动态特性研究 | 第22-24页 |
| 1.3 本文的研究内容及主要创新点 | 第24-26页 |
| 1.4 论文的章节安排 | 第26-28页 |
| 第2章 PPI 网络研究的基础 | 第28-42页 |
| 2.1 PPI | 第28-35页 |
| 2.1.1 蛋白质 | 第28-30页 |
| 2.1.2 PPI 的生物实验采集 | 第30-33页 |
| 2.1.3 PPI 的计算预测方法 | 第33-34页 |
| 2.1.4 公共 PPI 数据 | 第34-35页 |
| 2.2 PPI 网络及其基本特性 | 第35-41页 |
| 2.2.1 PPI 网络的基本特性 | 第36-37页 |
| 2.2.2 图论相关基础 | 第37-41页 |
| 2.3 本章小结 | 第41-42页 |
| 第3章 基于输出层多数据融合的蛋白质功能模块检测 | 第42-54页 |
| 3.1 问题描述 | 第42页 |
| 3.2 多视图数据的相似度计算 | 第42-45页 |
| 3.2.1 基因共表达相关系数 | 第43-44页 |
| 3.2.2 GO 功能相似度系数 | 第44-45页 |
| 3.3 基于完全信息表达的聚类集成算法 | 第45-49页 |
| 3.3.1 完全信息表达图模型 | 第46-47页 |
| 3.3.2 基于 Symmetric NMF 的最优化逼近 | 第47-49页 |
| 3.4 实验结果分析 | 第49-53页 |
| 3.4.1 实验数据与实验说明 | 第49-50页 |
| 3.4.2 对比算法 | 第50-51页 |
| 3.4.3 不同方法的结果比较分析 | 第51-52页 |
| 3.4.4 融合结果比较 | 第52-53页 |
| 3.5 本章小结 | 第53-54页 |
| 第4章 基于模型层多数据融合的蛋白质功能模块检测 | 第54-66页 |
| 4.1 问题描述 | 第54页 |
| 4.2 基于模型融合的网络功能模块检测算法 | 第54-58页 |
| 4.2.1 CoNMF 算法介绍 | 第54-56页 |
| 4.2.2 收敛性论证 | 第56-58页 |
| 4.3 实验结果分析 | 第58-63页 |
| 4.3.1 对比算法 | 第58-59页 |
| 4.3.2 算法实验结果比较 | 第59-63页 |
| 4.4 本章小结 | 第63-66页 |
| 第5章 动态 PPI 网络中的关键蛋白质检测算法 | 第66-86页 |
| 5.1 问题描述 | 第66-68页 |
| 5.1.1 动态 PPI 网络构建问题 | 第66-67页 |
| 5.1.2 关键蛋白质检测问题 | 第67-68页 |
| 5.2 动态 PPI 网络的构建 | 第68-69页 |
| 5.2.1 活性预测 | 第68-69页 |
| 5.2.2 结合共表达系数和活性系数的动态网络 | 第69页 |
| 5.3 深度置信网络 | 第69-76页 |
| 5.3.1 基于能量的模型 | 第69-71页 |
| 5.3.2 限制性玻尔兹曼机 | 第71-72页 |
| 5.3.3 梯度下降方向的近似求解 | 第72-74页 |
| 5.3.4 深度学习的训练过程 | 第74-76页 |
| 5.4 动态 PPI 网络中关键蛋白质检测 | 第76-79页 |
| 5.4.1 多数据源的深度置信网络构建 | 第76-78页 |
| 5.4.2 动态 PPI 网络中关键蛋白质检测 | 第78-79页 |
| 5.5 实验结果分析 | 第79-84页 |
| 5.5.1 实验数据与模型参数设定 | 第79页 |
| 5.5.2 动态网络构建方法中的参数设定 | 第79-80页 |
| 5.5.3 不同动态网络构建方法的比较 | 第80-82页 |
| 5.5.4 关键蛋白质检测的结果讨论 | 第82-84页 |
| 5.6 本章小结 | 第84-86页 |
| 第6章 动态 PPI 网络中的关键蛋白质功能模块检测 | 第86-98页 |
| 6.1 问题描述 | 第86页 |
| 6.2 贝叶斯网络模型 | 第86-89页 |
| 6.3 基于贝叶斯图模型的 Auto-K 功能模块检测算法 | 第89-93页 |
| 6.4 动态模块检测的算法 | 第93-94页 |
| 6.4.1 合并相似模块 | 第93页 |
| 6.4.2 模块的活性变化分析 | 第93-94页 |
| 6.5 实验结果分析 | 第94-97页 |
| 6.5.1 结果比较 | 第94-96页 |
| 6.5.2 活性动态变化分析 | 第96-97页 |
| 6.6 本章小结 | 第97-98页 |
| 结论 | 第98-102页 |
| 总结 | 第98-99页 |
| 展望 | 第99-102页 |
| 参考文献 | 第102-110页 |
| 攻读博士期间所发表的学术论文 | 第110-112页 |
| 致谢 | 第112页 |
