| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 目录 | 第6-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-36页 |
| 1.1 引言 | 第9-10页 |
| 1.2 DNA 测序技术进展 | 第10-34页 |
| 1.2.1 Sanger 双脱氧终止法测序技术 | 第10-12页 |
| 1.2.2 第二代测序技术 | 第12-19页 |
| 1.2.2.1 基于边合成边测序的二代测序技术（sequencing by synthesis, SBS） | 第12-17页 |
| 1.2.2.1.1 Illumina 公司的 Solexa 技术 | 第12-13页 |
| 1.2.2.1.2 罗氏公司的焦磷酸测序技术（454） | 第13-15页 |
| 1.2.2.1.3 基于公式一的其他 SBS 测序方法 | 第15-16页 |
| 1.2.2.1.4 基于可逆染料的 SBS 测序方法 | 第16-17页 |
| 1.2.2.2 基于连接法的二代测序技术（sequencing by ligation, SBL） | 第17-19页 |
| 1.2.2.3 基于杂交法测序的二代测序技术（sequencing by hybridization, SBH） | 第19页 |
| 1.2.3 第三代测序技术 | 第19-34页 |
| 1.2.3.1 单分子合成测序技术 | 第19-23页 |
| 1.2.3.1.1 分步合成测序 | 第19-21页 |
| 1.2.3.1.2 实时检测测序 | 第21-23页 |
| 1.2.3.2 纳米孔测序技术 | 第23-31页 |
| 1.2.3.2.1 纳米孔直接测序 | 第23-28页 |
| 1.2.3.2.2 结合纳米孔的其他测序技术 | 第28-31页 |
| 1.2.3.3 显微镜类单分子测序 | 第31-34页 |
| 1.3 研究内容 | 第34-36页 |
| 第2章 基于纳米孔的单分子 DNA 测序基础研究 | 第36-52页 |
| 2.1 材料与仪器 | 第36-38页 |
| 2.1.1 实验材料与试剂 | 第36-37页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第37-38页 |
| 2.2 方法 | 第38-42页 |
| 2.2.1 氮化硅基底的制备 | 第38-39页 |
| 2.2.2 石墨烯的制备与转移 | 第39页 |
| 2.2.3 石墨烯纳米孔的制备 | 第39页 |
| 2.2.4 半导体单壁碳纳米管（S-SWNT）纳米孔的制备 | 第39-41页 |
| 2.2.5 纳米孔膜片钳检测装置 | 第41-42页 |
| 2.2.5.1 膜片钳装置搭建 | 第41-42页 |
| 2.2.5.2 DNA 穿越石墨烯纳米孔实验 | 第42页 |
| 2.2.5.3 dNMPs 穿越 SWNT 纳米孔实验 | 第42页 |
| 2.3 结果与分析 | 第42-52页 |
| 2.3.1 DNA 穿越石墨烯纳米孔 | 第42-47页 |
| 2.3.1.1 氮化硅基底的制备与表征 | 第42-43页 |
| 2.3.1.2 石墨烯纳米孔表征 | 第43-44页 |
| 2.3.1.3 λ-DNA 穿越石墨烯纳米孔的初步信号检测 | 第44-46页 |
| 2.3.1.4 DNA 穿孔噪音分析 | 第46-47页 |
| 2.3.2 dNMPs 穿越 SWNT 纳米孔 | 第47-52页 |
| 2.3.2.1 SWNT 的结构表征 | 第47-49页 |
| 2.3.2.2 dNMPs 穿孔检测 | 第49-52页 |
| 第3章 基于纳米阵列的单分子 DNA 测序基础研究 | 第52-67页 |
| 3.1 材料与仪器 | 第52-54页 |
| 3.1.1 实验材料与试剂 | 第52-53页 |
| 3.1.2 实验仪器 | 第53-54页 |
| 3.2 方法 | 第54-58页 |
| 3.2.1 纳米坑阵列的制备 | 第54-55页 |
| 3.2.1.1 石英基片的清洗 | 第55页 |
| 3.2.1.2 表面镀金膜 | 第55页 |
| 3.2.1.3 表面金膜粗糙度表征 | 第55页 |
| 3.2.1.4 纳米坑阵列的制备 | 第55页 |
| 3.2.2 DNA-STV 复合物的制备 | 第55-57页 |
| 3.2.2.1 biotin-dsDNA 的制备 | 第56页 |
| 3.2.2.2 DNA-STV 的结合 | 第56-57页 |
| 3.2.2.3 DNA-STV 的分离 | 第57页 |
| 3.2.3 DNA-STV 的初步穿孔实验 | 第57页 |
| 3.2.4 纳米坑固定 DNA-STV 的化学处理 | 第57-58页 |
| 3.2.5 纳米坑固定结果的检测 | 第58页 |
| 3.2.5.1 AFM 检测 | 第58页 |
| 3.2.5.2 TIRF 检测 | 第58页 |
| 3.3 结果与分析 | 第58-67页 |
| 3.3.1 dsDNA 产物纯化及浓度测定 | 第58-59页 |
| 3.3.2 dsDNA-STV 结合物的琼脂糖电泳与 AFM 检测 | 第59-61页 |
| 3.3.3 dsDNA-STV 复合物的电泳分离 | 第61-62页 |
| 3.3.4 DNA-STV 的初步穿孔数据及分析 | 第62-63页 |
| 3.3.5 纳米坑的表征 | 第63-64页 |
| 3.3.6 纳米坑 dsDNA-STV 固定结果 | 第64-67页 |
| 第4章 结论 | 第67-71页 |
| 4.1 总结与分析 | 第67-69页 |
| 4.2 进一步工作研究 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 攻读学位期间的学术成果目录 | 第86-88页 |
