| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 1 前言 | 第14-24页 |
| 1.1 日本沼虾及其养殖现状 | 第14页 |
| 1.2 转录组测序的发展与应用 | 第14-17页 |
| 1.2.1 转录组与转录组学 | 第14-15页 |
| 1.2.2 第二代测序技术 | 第15-17页 |
| 1.2.2.1454 焦磷酸法平台 | 第15-16页 |
| 1.2.2.2 Solexa基因组分析仪 | 第16页 |
| 1.2.2.3 SOLiD高通量测序仪 | 第16页 |
| 1.2.2.4 LifeTechnologie平台 | 第16-17页 |
| 1.2.2.5 BGISEQ-500平台 | 第17页 |
| 1.3 代谢组学 | 第17-19页 |
| 1.3.1 代谢组学研究技术 | 第18页 |
| 1.3.2 常用数据采集方法 | 第18-19页 |
| 1.3.2.1 核磁共振技术 | 第18页 |
| 1.3.2.2 气相色谱-质谱 | 第18-19页 |
| 1.3.2.3 液相色谱-质谱 | 第19页 |
| 1.3.2.4 毛细管电泳-质谱 | 第19页 |
| 1.4 水体环境因子对甲壳动物影响的研究 | 第19-20页 |
| 1.5 氨氮来源与危害 | 第20-22页 |
| 1.5.1 水体中氨氮的来源 | 第20-21页 |
| 1.5.2 氨氮对水产动物的危害 | 第21页 |
| 1.5.3 甲壳动物在氨氮胁迫下解毒代谢机制 | 第21-22页 |
| 1.6 补体和凝血级联通路 | 第22-24页 |
| 1.6.1 丝氨酸蛋白酶抑制剂 | 第22页 |
| 1.6.2 酚氧化酶原激活系统中的丝氨酸蛋白酶抑制剂 | 第22-24页 |
| 1.6.3 Serpin家族 | 第24页 |
| 1.7 本研究的目的与意义 | 第24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-36页 |
| 2.1 试验材料 | 第24-27页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第24页 |
| 2.1.2 主要仪器设备 | 第24-25页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第25页 |
| 2.1.4 常用溶液配制 | 第25-26页 |
| 2.1.5 主要数据库及生物软件 | 第26-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-36页 |
| 2.2.1 纳氏试剂法测定实验用水氨氮含量 | 第27-28页 |
| 2.2.1.1 标准曲线的制作 | 第27页 |
| 2.2.1.2 水样测定 | 第27-28页 |
| 2.2.2 氨氮胁迫试验 | 第28页 |
| 2.2.3 日本沼虾肝胰腺RNA提取 | 第28-29页 |
| 2.2.3.1 前期准备工作 | 第28页 |
| 2.2.3.2 总RNA提取及其纯化 | 第28-29页 |
| 2.2.4 RNA质量和浓度检测 | 第29-30页 |
| 2.2.5 反转录获得cDNA | 第30页 |
| 2.2.6 转录组文库构建、库检及上机测序 | 第30-32页 |
| 2.2.7 代谢组实验方案 | 第32-33页 |
| 2.2.8 引物合成 | 第33页 |
| 2.2.9 Mn-SPI基因的克隆 | 第33-34页 |
| 2.2.10 PCR产物片段回收 | 第34页 |
| 2.2.11 PCR产物与载体的连接 | 第34页 |
| 2.2.12 大肠杆菌的转化及测序 | 第34-35页 |
| 2.2.13 生物信息学分析 | 第35页 |
| 2.2.14 荧光定量PCR | 第35-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-54页 |
| 3.1 RNA的提取及其质量检测 | 第36-38页 |
| 3.1.1 琼脂糖凝胶电泳检测结果 | 第36-37页 |
| 3.1.2 核酸分光光度计检测结果 | 第37页 |
| 3.1.3 RNA毛细管电泳检测结果 | 第37-38页 |
| 3.2 Illumina测序和序列组装结果 | 第38-47页 |
| 3.2.1 原始测序数据及质量检测评估结果 | 第38-39页 |
| 3.2.2 Illumina测序结果 | 第39页 |
| 3.2.3 Trinity拼接结果 | 第39-40页 |
| 3.2.4 基因功能注释 | 第40-41页 |
| 3.2.5 Unigene的GO分类结果 | 第41-43页 |
| 3.2.6 Unigene的KOG分类 | 第43-44页 |
| 3.2.7 Unigene的KEGG分类 | 第44-46页 |
| 3.2.8 基因差异表达分析 | 第46页 |
| 3.2.9 差异基因KEGG富集分析 | 第46-47页 |
| 3.2.10 差异基因荧光定量验证 | 第47页 |
| 3.3 青虾Mn-SPI基因的克隆与表达分析 | 第47-51页 |
| 3.3.1 青虾Mn-SPI基因完整ORF的克隆结果及分析 | 第47-48页 |
| 3.3.2 青虾Mn-SPI基因编码蛋白的生物信息学分析 | 第48-50页 |
| 3.3.2.1 氨基酸序列分析 | 第48-49页 |
| 3.3.2.2 Mn-SPI蛋白的信号肽预测 | 第49页 |
| 3.3.2.3 Mn-SPI蛋白的跨膜区域预测 | 第49页 |
| 3.3.2.4 Mn-SPI蛋白的功能域分析 | 第49-50页 |
| 3.3.2.5 Mn-SPI蛋白的二级、三级结构预测 | 第50页 |
| 3.3.3 Mn-SPI差异表达规律 | 第50-51页 |
| 3.4 氨氮胁迫后青虾代谢组分析 | 第51-54页 |
| 3.4.1 数据前处理和代谢物注释 | 第51页 |
| 3.4.2 主成分分析(PCA) | 第51-52页 |
| 3.4.3 偏最小二乘方-判别分析(PLS-DA) | 第52-53页 |
| 3.4.4 热图分析 | 第53页 |
| 3.4.5 差异代谢物统计 | 第53-54页 |
| 4 讨论 | 第54-57页 |
| 4.1 转录组测序数据与抗氨氮胁迫免疫相关通路 | 第54-55页 |
| 4.2 氨氮胁迫对青虾代谢物的影响 | 第55-56页 |
| 4.3 转录组与代谢组数据关联分析 | 第56-57页 |
| 5 结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-68页 |
| 致谢 | 第68页 |
