| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-19页 |
| 1 驴的简介 | 第10-11页 |
| 2 驴夜眼简介 | 第11页 |
| 3 阿胶产业发展现状 | 第11-12页 |
| 4 转录组学和蛋白组学 | 第12-17页 |
| 4.1 转录组学概述 | 第12页 |
| 4.2 动物皮组织转录组研究进展 | 第12-13页 |
| 4.3 基于iTRAQ技术的蛋白质组学 | 第13-16页 |
| 4.3.1 蛋白组学概述 | 第13-14页 |
| 4.3.2 iTRAQ技术原理 | 第14-15页 |
| 4.3.3 iTRAQ技术操作流程 | 第15-16页 |
| 4.3.4 iTRAQ的技术优势 | 第16页 |
| 4.4 iTRAQ技术在蛋白质组学的研究 | 第16-17页 |
| 5 生物信息学 | 第17-19页 |
| 5.1 基于基因组学分析的生物信息学 | 第17页 |
| 5.2 基于转录组学分析的生物信息学 | 第17-18页 |
| 5.3 基于蛋白组学分析的生物信息学 | 第18-19页 |
| 第二章 驴夜眼的转录组学研究 | 第19-37页 |
| 1 材料与方法 | 第19-23页 |
| 1.1 供试材料 | 第19页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第19页 |
| 1.3 方法步骤 | 第19-20页 |
| 1.3.1 TotalRNA的提取 | 第19-20页 |
| 1.3.2 RNA提取质量检测 | 第20页 |
| 1.3.3 测序文库的构建 | 第20页 |
| 1.4 数据过滤与比对分析 | 第20-22页 |
| 1.4.1 CleanReads的获得 | 第20-21页 |
| 1.4.2 测序质量评估 | 第21页 |
| 1.4.3 参考基因组比对 | 第21页 |
| 1.4.4 新转录本预测 | 第21-22页 |
| 1.5 基因表达水平(RPKM)计算 | 第22页 |
| 1.6 差异表达基因检测 | 第22页 |
| 1.7 差异基因表达分析 | 第22-23页 |
| 2 结果与分析 | 第23-34页 |
| 2.1 测序数据过滤分析 | 第23-24页 |
| 2.2 测序质量评估 | 第24-26页 |
| 2.3 测序数据与参考基因组比对结果 | 第26-27页 |
| 2.4 新转录本预测 | 第27页 |
| 2.5 驴皮、夜眼基因差异表达量(DEG)分析 | 第27-29页 |
| 2.6 差异表达基因的GO富集分析 | 第29-32页 |
| 2.6.1 差异表达基因的GO功能注释 | 第29-30页 |
| 2.6.2 差异基因的GO功能分析 | 第30-32页 |
| 2.7 差异表达的pathway富集分析 | 第32-34页 |
| 2.7.1 差异表达的pathway功能注释 | 第32-33页 |
| 2.7.2 差异表达的pathway显著性分析 | 第33-34页 |
| 3 讨论 | 第34-37页 |
| 第三章 驴夜眼蛋白质组学的研究 | 第37-60页 |
| 1 材料与方法 | 第37-43页 |
| 1.1 供试材料 | 第37页 |
| 1.2 主要仪器设备 | 第37页 |
| 1.3 主要试剂及溶液 | 第37-38页 |
| 1.4 方法步骤 | 第38-39页 |
| 1.4.1 蛋白质的提取 | 第38页 |
| 1.4.2 蛋白提取质控 | 第38-39页 |
| 1.5 蛋白酶解与iTRAQ标记 | 第39-40页 |
| 1.5.1 蛋白的酶解 | 第39页 |
| 1.5.2 iTRAQ肽段标记 | 第39页 |
| 1.5.3 肽段分离 | 第39页 |
| 1.5.4 强阳离子交换(SCX)分离 | 第39-40页 |
| 1.6 iTRAQ定量蛋白质组学的实验流程 | 第40页 |
| 1.7 质谱检测 | 第40-41页 |
| 1.8 数据生物信息学分析 | 第41-43页 |
| 1.8.1 质谱数据的处理 | 第41页 |
| 1.8.2 蛋白质数据库的选择 | 第41页 |
| 1.8.3 蛋白质鉴定软件Mascot | 第41-42页 |
| 1.8.4 蛋白质iTRAQ定量 | 第42页 |
| 1.8.5 iTRAQ定量流程 | 第42页 |
| 1.8.6 差异表达蛋白层次聚类分析 | 第42页 |
| 1.8.7 差异蛋白质的GO功能分析 | 第42-43页 |
| 1.8.8 差异蛋白质的COG分析 | 第43页 |
| 1.9 差异蛋白质的Pathway分析 | 第43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-57页 |
| 2.1 蛋白样品的定量标准曲线和凝胶电泳检测 | 第43-44页 |
| 2.2 驴皮和夜眼蛋白浓度检测 | 第44-45页 |
| 2.3 蛋白质鉴定 | 第45页 |
| 2.4 蛋白质鉴定结果 | 第45-47页 |
| 2.4.1 蛋白相对分子质量分布 | 第45-46页 |
| 2.4.2 肽段序列长度分布 | 第46-47页 |
| 2.5 蛋白定量重复性分析 | 第47-48页 |
| 2.6 差异表达蛋白结果分析 | 第48-51页 |
| 2.7 差异蛋白的表达聚类分析 | 第51页 |
| 2.8 差异表达蛋白的COG分析 | 第51-52页 |
| 2.9 差异表达蛋白的GO分析 | 第52-54页 |
| 2.9.1 差异表达蛋白的GO注释 | 第52页 |
| 2.9.2 差异表达蛋白的GO富集分析 | 第52-54页 |
| 2.10 差异表达蛋白的pathway富集分析 | 第54-56页 |
| 2.11 驴皮和夜眼转录组和蛋白组的关联性分析 | 第56-57页 |
| 2.11.1 驴皮和夜眼转录组和蛋白组差异表达关联分析 | 第56-57页 |
| 2.11.2 差异蛋白及其与对应基因的关联分析 | 第57页 |
| 3 讨论 | 第57-60页 |
| 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 致谢 | 第65页 |