| 致谢 | 第5-6页 |
| 前言 | 第6-9页 |
| 中文摘要 | 第9-10页 |
| Abstract | 第10页 |
| 插图清单 | 第11-12页 |
| 附表清单 | 第12-13页 |
| 缩写 | 第13-14页 |
| 目次 | 第14-17页 |
| 1 绪论 | 第17-23页 |
| 1.1 细菌基因组学研究热点 | 第17-21页 |
| 1.1.1 细菌基因组测序现状 | 第18-20页 |
| 1.1.2 细菌染色体及复制复合体的的结构 | 第20-21页 |
| 1.2 本文的研究方向 | 第21-23页 |
| 2 不同dnaE聚合酶对细菌GC含量的影响 | 第23-39页 |
| 2.1 简介 | 第23-24页 |
| 2.2 材料与方法 | 第24-25页 |
| 2.2.1 基因组学数据 | 第24页 |
| 2.2.2 细菌生理学特征 | 第24-25页 |
| 2.2.3 Mutator基因的鉴定 | 第25页 |
| 2.3 结果 | 第25-34页 |
| 2.3.1 三组聚合酶类细菌GC含量的变化 | 第25-27页 |
| 2.3.2 三组聚合酶类细菌生理学特征差异对GC含量的影响 | 第27-30页 |
| 2.3.3 dnaE2和polC基因分别参与调控GC的增加和减少 | 第30-31页 |
| 2.3.4 基因组大小与GC含量的关系 | 第31-34页 |
| 2.4 讨论 | 第34-37页 |
| 2.4.1 Mutator基因与细菌GC含量变化 | 第34页 |
| 2.4.2 dnaE2和polC是影响GC变化的主要因素 | 第34-35页 |
| 2.4.3 基因组减小与AT增加 | 第35-36页 |
| 2.4.4 环境因素对细菌GC含量变化的影响 | 第36-37页 |
| 2.4.5 GC含量变化——内在因素影响VS.外在环境选择 | 第37页 |
| 2.5 结论 | 第37-39页 |
| 3 不同dnaE聚合酶对细菌链间基因分布的影响 | 第39-55页 |
| 3.1 简介 | 第39-40页 |
| 3.2 材料与方法 | 第40-42页 |
| 3.2.1 基因组数据 | 第40-41页 |
| 3.2.2 前导链基因比例lesGP的计算 | 第41页 |
| 3.2.3 链特异性保守基因的定义 | 第41-42页 |
| 3.2.4 必需基因和横向转移基因的分布 | 第42页 |
| 3.2.5 链内碱基变化 | 第42页 |
| 3.3 结果 | 第42-50页 |
| 3.3.1 链间基因分布差异 | 第42-44页 |
| 3.3.2 基因重排类型 | 第44-48页 |
| 3.3.2.1 必需基因重排对lesGP的影响 | 第44-45页 |
| 3.3.2.2 保守基因重排对lesGP的影响 | 第45-47页 |
| 3.3.2.3 横向转移基因重排对lesGP的影响 | 第47-48页 |
| 3.3.3 lesGP与链内碱基变化的关系 | 第48-49页 |
| 3.3.4 链内碱基变化的原因 | 第49-50页 |
| 3.4 讨论 | 第50-54页 |
| 3.4.1 LesGP的起源 | 第50-52页 |
| 3.4.2 横向转移基因的插入与缺失对lesGP的影响 | 第52页 |
| 3.4.3 突变与选择 | 第52-53页 |
| 3.4.4 链内基因分布的统一性解释 | 第53-54页 |
| 3.5 结论 | 第54-55页 |
| 4 dnaE聚合酶进化模型及细菌基因组进化方向 | 第55-77页 |
| 4.1 简介 | 第55-57页 |
| 4.2 材料与方法 | 第57-58页 |
| 4.2.1 基因组学数据 | 第57页 |
| 4.2.2 蛋白质结构域的鉴定 | 第57-58页 |
| 4.2.3 序列间进化距离的计算 | 第58页 |
| 4.2.4 进化分析 | 第58页 |
| 4.3 结论 | 第58-68页 |
| 4.3.1 四种聚合酶在序列结构及功能上的差异 | 第58-61页 |
| 4.3.2 四种聚合酶在不同门类细菌中的分布 | 第61-63页 |
| 4.3.3 dnaEl和dnaE3进化树与细菌分类 | 第63-65页 |
| 4.3.4 dnaE2的分布及进化 | 第65-66页 |
| 4.3.5 四种聚合酶的进化模型及对细菌进化的影响 | 第66-68页 |
| 4.4 讨论 | 第68-76页 |
| 4.4.1 dnaE2——细菌征服陆生环境的背后功臣 | 第68-69页 |
| 4.4.2 dnaE2是应急表达基因且受lexA2调控 | 第69-70页 |
| 4.4.3 四种dnaE聚合酶功能上的巨大差别与结构有关 | 第70-71页 |
| 4.4.4 衡量细菌进化的新基因marker | 第71-73页 |
| 4.4.5 四种聚合酶的进化 | 第73-75页 |
| 4.4.6 dnaE聚合酶的分化及复制酶的替换对宿主进化的影响 | 第75-76页 |
| 4.5 结论 | 第76-77页 |
| 5 展望 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-90页 |
| 附图 | 第90-97页 |
| 附表 | 第97-98页 |
| 科研成果 | 第98页 |
